由于计算机辅助审计起步较晚，又受经费不足、人才紧缺等因素的影响，在现阶段我国计算机辅助审计的发展尚存在着许多不足之处，主要表现在以下几个方面摘要：
一、计算机辅助审计的发展处于初级阶段，计算机的功能和优势没有得到充分发挥。审计人员使用计算机进行辅助审计，在现阶段使用得最多的是为了方便汇总数据而统一使用的一些汇总系统，或者是使用文字处理和表格处理程序，在很大程度上把计算机当成了功能更强一些的“打字机”和“计算器”，而在对被审计单位的计算机操作系统的测试和检验、利用计算机对数据资料进行分析处理等更高层次的计算机辅助审计工作方面，也只是个别审计机关或部门进行过试点，尚未在大范围内进行推广。计算机辅助审计尚处在一个摸索的阶段。
二、辅助审计软件发展滞后，在很大程度上制约着计算机辅助审计事业发展。从目前辅助审计软件的使用情况来看，还存在着软件功能不够完善、无法直接和被审计单位数据建立连接、运行轻易出错等缺点。辅助审计软件的种类缺乏，现有绝大多数的辅助审计软件往往只能满足某一个特定审计项目或某一种类型审计的需要，还没有一种功能比较完备、可以广泛适用于各种类型审计的通用软件，使得计算机辅助审计经常出现“无米之炊”的状况。而且，辅助审计软件基本上都由审计机关出资或组织人员进行开发，使用范围也基本限于审计机关，应该说没有形成一个真正的审计软件产业和市场，软件的质量没有经过市场的检验，也缺乏市场的资金和人力物力的支持。
三、审计机关计算机硬件的建设落后，和计算机辅助审计发展的要求不适应。计算机技术的发展一日千里，硬件设备也不断更新换代。然而审计机关由于经费紧张等原因，总的来说计算机硬件建设比较落后，尤其是基层审计机关在计算机方面的投资不多，人均计算机占有量还很低，许多还是已经淘汰的落后机型，给计算机辅助审计的发展造成很大的障碍。
四、对审计人员培训不够，相当部分审计人员计算机操作水平不高，还没有建立起一支能够熟练利用计算机进行辅助审计的审计队伍。很多审计机关无论是在招聘录用干部方面，还是在日常的业务培训方面，对审计人员计算机知识的把握和应用水平没有充分引起重视，对计算机辅助审计的扶持和发展还没有形成制度化。近几年各级审计机关逐步采取一些办法，如举行过计算机应用知识考试等，使现有审计人员的计算机操作水平有所提高，但和熟练运用计算机进行辅助审计尚有一定距离，同时精通审计业务和计算机技术的审计人员更是寥寥无几。计算机人才紧缺新问题是发展计算机辅助审计面临的最难克服的“瓶颈”。
