在事业单位当中，内部审计能够发挥经济监督和经济评价的作用，使事业单位的工作人员遵守财经法规和财务制度，从而避免出现经济犯罪的问题。科学有效进行内部审计，能够证实事业单位收支情况，确保事业单位财产安全。不过在内部审计实施的过程中，需要综合考虑投入与产出，也就是要重视内部审计的成本以及效率。
一、事业单位内部审计成本控制存在的问题
1.成本控制意识不强
事业单位内部各个部门往往缺乏成本控制观念，从而未能在财务管理的过程当中认真落实成本核算。除此之外，因为我国事业单位财务预算管理方面的工作比较粗放，所以也就未能自觉进行成本控制，这一状况就在事业单位内部审计部门也非常常见。具体来说，一些事业单位内部审计的工作人员一方面缺乏成本控制的观念，另一方面在具体的内部审计工作过程当中也没有将投入产出以及成本效益进行综合的考量，所以习惯于进行人海战术，而不去考虑内部审计工作的效率，同时不会在实施内部审计项目的过程当中强调成本节约以及提高工作效率，这样一来就导致内部审计的成本居高不下，同时也严重浪费事业单位的人力物力资源。
2.审计方法比较落后
总的来说我国事业单位的内部审计在程序方面还存在着过于繁琐以及不够规范的问题，内部审计的程序比较僵化。对事业单位的内部审计来说，审计程序可以说是保证实现内部审计目标的一个重要环节，内部审计的程序越繁琐，那么内部审计的成本自然也会越高。很多事业单位还停留在使用对会计凭证来进行逐笔审查这样的内部审计方式，未能充分应用分析性的复核方式。除此之外，事业单位在进行内部审计的过程当中更多地选择手工审计，没有广泛应用计算机进行辅助的审计，从而导致内部审计的效率较为低下。
3.成本预算管理不够规范
预算管理是事业单位在内部审计过程当中的重要环节，但是目前我国的事业单位在预算管理方面普遍存在着不够规范以及不够全面的问题，内部审计的成本预算一方面体现于预算层次，另一方面也体现在预算内容缺乏系统性。事业单位目前只是将培训费用、购置固定资产的费用以及办公费用等纳入到内部审计部门的经费预算当中，这就意味着内部审计的成本并没有实现单独的核算，同时被审计部门的配合成本也没有纳入到成本管理内容当中，在这样的条件下，审计项目容易占用大量的被审计部门的资源，从而导致预算管理方面出现严重的脱钩问题，另一方面也会导致事业单位内部审计的成本预算不够全面系统图。除此之外，事业单位审计成本的预算没有同审计的项目实现挂钩，一方面导致各种消极怠工问题在审计的过程当中经常出现，另一方面也在无形当中提高了内部审计的成本。
二、提高事业单位内部审计的成本控制与效率的措施
1.完善内部审计管理体制
第一，整合内部审计资源。内部审计成本高低受内部审计资源利用情况的影响，所以目前我国事业单位在控制内部审计成本的关键措施就是结合己有审计力量以及审计对象。尤其是在审计计划管理过程当中，事业单位需要根据内部审计工作的要求，突出审计的重点，对年度的审计目标要加以明确，同时要对内部审计机构设置加以合理调整，优化配置审计力量，有效发挥审计人员作用，从而降低内部审计的成本。第二，建立健全激励机制。事业单位的内部审计应当充分发挥审计工作人员的能动性，积极建立健全激励机制，从而在根本上控制内部审计的成本并提高内部审计的工作效率，可以考虑推行节约奖励的制度。第三，编制内部审计计划。事业单位内部审计计划编制的过程中需要选择性安排内部审计的项目。首先是要选择重点的领域、资金、部门以及事项进行审计工作。其次是要选择可以将审计影响和审计效果结合起来的事项，尽可能避免那些花费大量人财物但是缺乏成效的内部审计项目。第四，提高审计工作人员素质。事业单位应当提高审计人员培训的力度，积极探索审计工作人员选拔模式，将过去以经验为主的筛选方式转为科学选拔，可以考虑委托高校来制定内部审计工作人员选拔的标准，从而明确要求审计工作人员素质能力。
2.重视内部审计实施效率
第一，事业单位要转变内部审计的方法。在审计的过程中，事业单位需要充分运用先进审计方法，实现分析性复核以及内部控制评审，从而更好地控制内部审计的项目，实现对内部审计项目成本和被审部门相配合来控制成本的目的。事业单位要充分运用计算机来辅助进行审计，不过要确保审计软件兼容被审计部门的财务数据，从而显著减少内部审计的时间，提高内部审计的效率，从而实现控制内部审计成本的目的。第二，事业单位要整合内部审计资源。事业单位应当加强调查研究，对内部审计的对象以及事项进行全面深入了解，从内部审计工作的要求出发选配内部审计工作人员，实现审计资源利用的最优化。
3.强化预算管理机制
一方面，事业单位要强化预算控制管理工作。事业单位在内部审计的过程中应当定额预算，根据审计项目确定工作人员以及时间，之后根据人员时间安排来确定经费。事业单位应当根据内部审计工作经验，定额管理审计项目性质、类型以及规模，从而控制预算编制过程当中的非必要因素。另一方面，事业单位要转变传统的预算管理方式。事业单位应当在总成本中分离出内部审计成本的预算并加以有效控制。事业单位应当推动财务部门从总管角色转变为监督角色，控制内部审计成本预算，同时辅以综合性的奖惩措施，这样就可以降低内部审计成本控制的难度，同时提高内部审计成本控制的主动性。
综上所述，事业单位在参与政府管理、推动社会进步和改善群众生活的过程当中有着不可或缺的作用，这就要求事业单位不断强化自身职能，在工作过程当中落实成本管理以及控制，进一步提高内部审计效率，优化事业单位的工作环境，从而顺利履行事业单位担负的职责。
