水域生态系统和自平衡理论是指导水域空间规划的一个重要理论。从生态系统上看，水域空间包括如下两个基本内容：
（1）水量平衡
水域空间是一个复杂的系统，它既包括河流、湖泊等水体本身的空间，也包括与水域生态相关的滩地、湿地、坡地、地下水、植被、水生生物等自然元素。它们之间构成了复杂的网络关系，共同起到水量控制、水质净化的作用。在自然状态中，一部分雨水补充了河流水量，而另一部分雨水通过土壤和植被吸收，十分有序而又非常缓慢地渗透到地下，补充了地下水。而河流的多余水量又通过湿地、林地、湖泊和支流等自然蓄水地来吸收和容纳，维持水量的平衡。只有在暴雨季节和其他外力的作用之下，河水才会发生周期性的泛滥，而泛滥的洪水又再次被滩地、支流、湖泊、林地和湿地所分散和消化。
（2）水体的自净
水域空间的生态系统还提供了水体自然净化的功能。降落到地面的水经过土壤、植被、落叶以及腐殖质的层层过滤，最终将洁净的水体渗透到地下或缓释到河流之中。同时，流动的河水本身也具有自净的功能，上游的微量污染物在河水微生物的作用之下，被逐渐分解，随着河水的流动，在下游又成为洁净的水体。因此在自然状态之下，河水始终保持清洁状态，这也是“流水不腐”的道理。
