近年来，随着工业化、城镇化以及农业产业化步伐的逐步加快，农村一些有条件的地方也开展了农村垃圾集中清理专项行动，推进了农村环境卫生整治。但这些工作还刚刚起步，从农村大局来看其所起的作用是微不足道的，根本无法遏制愈演愈烈的农村环境污染的趋势。
在一些地方，农村环境污染问题日益加剧，脏、乱、差、危等现象十分普遍，农村生态遭到严重破坏，农村居民健康程度不断下降，患恶性肿瘤的病例逐年增多，给农业生产和农民生活造成很大危害。因此，加强农村生态环境建设、加强农村环境保护，加强农村整洁工程建设已迫在眉睫。
一、农村整洁工程建设当前面临的难点问题
第一，农村垃圾的大量产生和农药化肥的滥用，对农村环境造成越来越严重的污染。对农村垃圾的处理，大多数地区还处于无人管理的状态。
过去，人畜粪便，生活垃圾是上等农家肥，是农民们争取粮食丰收的宝贝；而如今是直接排入水沟、池塘，进入河流，使大量的水质变黑、变臭。“室内现代化，室外脏乱差”已成为一些先富村庄的形象写照。
如今种田不用农家肥了，大量垃圾造成一次污染；盲目滥用农药、化肥造成越来越严重的环境二次污染。农药品种较少，单一农药品种多年重复使用，导致农业害虫和病原菌抗药性增强，降低了农药使用效果，使农药用量一再增加，不仅污染了农作物还通过食物链在生物体内浓缩最终危害人类。
第二，农村养殖业滥用激素和抗生素，形成恶性循环，由此引发的食品安全问题已经到了关乎我们民族繁衍的程度。由于集约化养殖，为了避免由于拥挤和不卫生的养殖环境导致的疾病暴发和传播，鸡鸭、猪、奶牛甚至是人工饲养的鱼、虾、黄鳝、鳖等，食用的都是添加了多种激素和抗生素的饲料。
由于动物会对抗生素产生耐药性，因此，养殖户们需要不断投入新的抗生素，而且添加量会越来越多。据专家披露，以前使用的土霉素、黄胺霉等抗生素，现在养殖场都不用了，改为混霉素、罗璇霉素等，也就是说，用在人身上的抗生素基本都出现在了禽畜行业里。
中国社会科学院中医药事业国情调研组的调研也证明了这点：在我国养殖业中，特别是在中小养殖户中，抗生素的滥用已登峰造极。不仅大量使用具有严重毒副作用的已被淘汰的抗生素，就连人类还在试用的某些新抗生素也已用于动物。
许多动物不是病死的，而是过量用药致死的。由于长期食用“有抗食品”，消费者的耐药性也会不知不觉增强，等于在人体内埋下一颗“隐形炸弹”，将来一旦患病，很可能就无药可治。
很多养殖户自身也都意识到抗生素的问题，他们自己也尽量不吃自己养出来的猪、鸡、鱼、鳖，而转向寻求土生土长或是野生的食品。
