针对我国西南地区河流水电开发建设水坝问题，社会上引发了一场争论。主张“保护论”者提出保留一条原生态河流，反对建坝。更有主张拆除已建水坝，“让河流自由奔流”。主张“开发论”者强调水电开发可以解决当地群众脱贫问题。
生态学告诉我们，河流是生态系统物质流、能量流和信息流的载体。河流的连续性，不仅包括水流的水文连续性，还包括营养物质输移的连续性、生物群落的连续性和信息流的连续性。大坝将河流拦腰斩断，形成了河流的非连续性特征，改变了连续性河流的规律。国内外一些大坝工程运行监测资料表明，河流筑坝可能导致河流生态系统不同程度的退化。
摆在我们面前的任务是如何在水资源开发与河流生态保护之间找到某种程度的平衡。首先，水利水电建设必须高度重视环境影响，高度重视生态保护。水利水电工程要在谋求社会经济利益的同时，要兼顾河流生态系统健康，建立和开发生态工程的新理念和新技术。另一方面，如果不具体分析我国经济社会发展需求及发展阶段，片面强调生态负效应，笼统反对一切大坝建设，也不是科学的态度。总之，提倡趋利避害，不可因噎废食，寻求科学的解决方略应该是一种务实的态度。
全面开展大坝工程环境评估；开发与生态友好的水利工程技术；建立合理的河流生态补偿机制；都将是今后大坝建设面临的重大课题。
在建立河流生态补偿机制方面，应该按照我国《21世纪议程》的原则开展对于河流生态服务功能的价值评估并进行量化，以法律的形式纳入国民经济核算体系。在大型水利水电工程立项决策时，可以以此为依据，全面权衡工程的社会经济效益与生态系统服务功能损失之间的利弊得失，以避免为获得直接经济效益的短期行为。其次，也可以促使工程项目业主采取更多的生态补偿措施，缓解对于河流生态系统的胁迫，减少服务功能损失的总价值。最后，这种评估也可以定量地提出工程项目业主应该提供的生态补偿资金数额。
在环境保护管理领域，“誰污染，誰付费”的原则，已经得到了国际社会的普遍赞同。参照这个原则，在大坝建设政策方面，建议以法律的形式明确“誰损害，誰补偿”的原则，明确大坝工程业主是负责生态补偿的主体。补偿的标准不仅仅局限在保护濒危、珍稀动植物或者库区植被恢复等资金需要，似应以河流生态系统服务功能损失总价值作为补偿标准的依据。补偿的范围不应仅仅局限于水库和大坝下游局部，应该是针对全流域的。补偿的时间应与大坝寿命一致，也就是说，在对于生态跟踪监测数据评估基础上，大坝边运行边补偿。补偿的方式除采取生态工程措施外，还应制定法规明确规定水库调度方式要有利于河流生物生长繁衍，由此造成的发电量减少的经济损失，也确定为一种补偿方式。
