玉环地处亚热带季风气候区，濒临东海，具有明显的海洋性气候特征。常年温暖湿润，四季分明，雨量充沛，常年降水一般为1300至1500毫米。
但降水季节不均，多年平均径流量25424万立方米，其中地表径流量20675万立方米，地下径流量4749万立方米；全年水资源总量16017万立方米，其中地表水13025万立方米，地下水2992万立方米；年可供水量4819万立方米（包括河流、水库、山塘、地下水在内）。但因境域是沿海丘陵地区，源短流急，河道浅窄，年内洪枯变化大，县境内河流多为浦港疏浚而成，依山脉走向，自成水系。
一年蓄水总量不到0.3亿立方米，人均水资源拥有量仅为全省的四分之一。水资源紧缺状况突出。
然而现状却是：由于海岛地形缺乏建库造坝条件，一边严重缺水，一边是天上掉下来的、外面流进来的3亿立方米水因无处可蓄而白白流入大海，形成“有雨涝灾，无雨旱灾”的窘境。水资源利用率不高，造成生产、生活用水紧张。
是全国水资源供需矛盾最突出的地区。为解决用水紧缺问题，境内上马了漩门二期蓄淡围垦工程和里墩水库等重点水源工程。
漩门二期蓄淡围垦工程位于乐清湾顶东北段，北、东、南三面为低山残丘区，西临乐清湾，工程围区集雨面积166.2km2，坝址以上流域多年平均降水量为1430mm ；水库围垦总面积5.6万亩土地，蓄淡库区2.4万亩，总库容8312万m3，正常库容6410万m3，多年平均调节水量5931万m3。其容积是玉环县现有全县大小山塘、水库和河网容积2.4倍，概算投资5.29亿元，但近年来，由于经济发展、人口膨胀，上游水系由于地表水利用程度不断提高，河道下泄流量减少，加上城市生活和工业排污量增加，库区上游许多河段水体污染严重。
造成水生态系统破坏，功能退化，蓄淡库区富营养化严重，水质恶化趋势日渐显现，如建成库区不能发挥蓄淡供水功能，不仅制约区域经济发展，还将成为当地的主要环境问题，将造成巨大投资浪费。因此，蓄淡库区富营养化已引起了各级水利部门，各级地方政府的高度重视。
由于浅水库区水陆界线模糊、水土界面的物质、能量交换剧烈,富营养化浅水湖泊生态系统与环境的治理具有复杂性和特殊性，因此，开展湖泊富营养化过程与恢复途径及治理技术的研究（包括沉积物再悬浮与风浪的作用、沉积物的特征，与营养盐循环、转化、大型水生植物的作用机理等）。对于湖泊富营养化控治与生态修复，有着非常重要的科学理论意义与实际应用价值。
近年来，漩门二期上游城镇区域的河段，由于工业废水和含磷洗涤剂、人畜粪尿以及其他生活污水大量排放，增加了水中氮、磷等营养成分，造成湖泊内水体溶解氧降低，出现水质发黑发臭，藻类丛生、鱼类大量死亡等现象。城镇水资源、水生态、水环境问题日益突出。
流经城镇的河段普遍受到污染，城镇水生态系统不断遭到破坏，水的自净能力和景观美化功能日渐消失。库区水资源开发、生态环境保护与可持续管理已引起了各级水利部门的高度重视，人工湿地法在漩门二期库区水质处理中的运用研究课题被立为2004年度浙江省水利厅科技计划项目。
