从目前基层审计机关的现状来看，还远不能适应开展绩效审计的要求，存在以下制约基层审计机关开展绩效审计的因素有：
1.审计计划缺乏系统性、 科学 性，审计力量相对不足。近年来各级地方审计机关在安排审计计划时，往往只是根据上级指示及工作需要安排审计项目，如上级机关统一组织的审计项目、年度必审项目、领导干部经济责任审计以及领导交办项目等，不能合理地考虑自身力量。当前基层审计机关审计力量相对不足，一个县级审计机关，审计人员往往只有几人、十几人，多的也仅二十几人，而真正在审计一线的审计业务人员更少。人数少但审计任务却一点也不少，人手少、任务重是所有基层审计机关共同面对的尖锐矛盾。虽然通过采用 计算 机辅助审计等 现代 化审计手段，可以在一定程度上缓解这一矛盾，但这一矛盾仍将在相当长的时期内始终困扰着基层审计机关。要开展比财政、财务收支审计更为复杂的绩效审计，必将使这一矛盾更加突出。
2.审计工作人员综合素质欠缺，难以满足绩效审计高标准的要求。开展绩效审计涉及方方面面，必须运用多学科的知识，采用多样化的审计方法，采取多种审计手段。而当前基层审计人员相对老化，知识层次相对较低，知识陈旧，且相对集中于财务 会计 及审计之中，欠缺懂管理、通社会科学、熟 法律 、工程的复合型人才，审计视野相对狭窄，难以满足绩效审计综合性强，层次高的需要。现有审计人才结构、知识结构的矛盾也是开展绩效审计的又一大制约因素。
3.传统财政财务收支审计模式的影响，对绩效审计认识不足。传统财政财务收支审计以真实、合规、合法为其特点。在目前，由于我国经济体制正处于转轨阶段，社会主义市场经济体制的各项规章制度还有待完善，经济领域的违法违规行为屡见不鲜，会计信息中的弄虚作假、欺诈偷漏行为还比较普遍，真实性、合法性问题在相当长的一个时期内，仍然是审计机关要重点关注的内容；同时，审计人员限于自身责任，对绩效审计的重要性认识不足，在实际工作中大都满足于对会计资料的真实性，对经济活动合规、合法性的审查与判断。仅仅着眼于微观、立足于宏观的不多，审计的成果更多地局限于纠错防弊，缺乏对经济活动效益性的分析与评价。
4.欠缺比较成熟的理论作指导，评价指标不明确。当前，我国绩效审计的理论探讨尚存在一定的过程，还没有形成其具有 中国 特色、适合中国实践的理论成果。基层审计机关开展绩效审计目前既无可遵循的相关准则，也无可参照的专业方法，更无相对统一的评价标准。目前现有的评价指标体系中较为完善的只有针对财政、财务收支审计的财务评价指标，缺少绩效审计所需的各类非财务指标。影响单位或项目绩效的因素复杂多变，与之相应的绩效审计的评价指标必然同样具有复杂性和不确定性。要制定适用的、便于操作的绩效评价指标体系，需要各级审计机关进行长期的理论和实践两方面的研究、探索。
针对存在的上述制约因素，基层审计机关除了应该通过合理调配审计人员、采用计算机辅助审计、引进复合型审计人才、强化审计人员培训、探寻评价指标等手段、方法，缓解以上因素的制约，为开展绩效审计积极创造条件外，怎样在目前情况下，利用现有审计机关内外部条件，整合现有资源，找准突破口，选好试点项目，进行绩效审计的实践和探索是一个值得思考的问题。笔者认为，根据基层审计机关实际情况，结合当前审计工作中财政性资金审计、国家投资建设项目审计和领导干部经济责任审计三项重点，从绩效审计的经济性、效率性、效果性出发，从相关资金在收、支、用中的合理性、有效性方面入手，以真实性、合法性审计为基础，开展一些绩效审计方面的探索：
1.对财政性资金的审计。
财政审计是国家审计永恒的主题，不管是真实性、合法性审计还是效益性审计，财政审计都是国家审计工作的重中之重。
财政预决算审计是对一级政府财政资金的收入与支出的审计，要做到收的合理、支的恰当并保证收与支的平衡。对基层审计机关来说，除了审核各项收与支的真实、合法合规情况外，要向效益性方面延伸，就应该在审计中注重以下几个问题：一是各项税、费是否足额、及时收缴，能否做到足额、及时入库。并通过比较各类税费、各个年度的征管成本的变动分析征管费用的合理性。二是应掌握财政有无以各种方式借入资金。分析、评价财政借入资金的金额、占比，分析财政借款方式、借款期限等是否合理；分析财政借入资金的对财政产生的风险程度和归还借款对今后财政状况的影响。三是要重点把握审计财政支出预算安排的合理性，拨款的及时性，特别是对 教育 、科技、农业等重点专项资金是否能足额、及时安排，能否做到眼前效果与长远效益的统筹安排。 对机关事业单位的绩效审计，是财政性资金审计的重要组成，也是对财政预决算审计的收支合理性和效益性审计的进一步细化落实。审计中除了预决算审计中应注意的审计重点外，还要审核其单位财政、财务收入是否全部纳入财政统一管理；通过对单位各项收、支进行纵向、横向的比较来分析其机关行政职能的履行情况；要审核单位执行政府采购制度情况。
对财政专项资金的绩效审计，则应在审计真实性和合法性的同时，重点审计专项资金有无被挤占挪用；项目实施预算、实施时间有无重大变动；了解已完成项目的现实使用、管理、效果等情况。从中反映项目实施的 经济 性、效率性和效果性。在方式上可以按资金类型采用专项审计调查的方式，关注资金使用、管理是否合规以及资金的使用效果，注意跟踪和应用财政绩效评估的成果；也可按项目类型在合规性审计的基础上，确定项目的决策、管理和绩效。 编辑。
2.对国家投资建设项目的审计。
这是目前绩效审计最直接、最有效的突破口。随着财政体制、政府投资管理体制的根本转变和国库集中支付、 会计 集中核算、部门预算等制度的逐步建立完善，政府投资绩效审计应重点审查建设主管部门上报的部门预算和同级财政部门批复的部门建设性预算，看财政部门和主管部门对项目建设资金的分配和审批是否合理、合法，是否存在“暗箱操作”和挤占挪用建设资金等违规问题。在具体的国家投资建设绩效审计项目中，应着重抓住投资决策、资金使用、建设管理和投资效果四个环节开展审计。
投资决策环节主要审查立项是否规范、 科学 ，重点审查项目审批是否严格遵守程序、论证是否充分、可行性研究是否确实可行，是否建立了完善的决策责任制。资金使用环节主要审查建设资金安排和管理情况，看建设资金筹集是否及时到位；资金使用是否规范合理；政府各职能部门对建设资金拨付、使用和管理各环节的监管是否到位、有效。建设管理环节主要审查各种管理制度的落实情况，通过对国家建设资金投资活动取得的有用效果的审核和评价，重点揭示项目建设管理中存在的问题，评价项目的投资绩效，规范招投标程序，促进建设单位内控制度建设，防止国有资产的合法流失；关注政府领导有无违规搞“政绩工程”、“形象工程”的行为，监督政府领导对财政性资金的支配权。投资效果环节要重点衡量建设项目满足社会共同需要的优劣程度及推动国民经济和社会事业持续、快速、健康 发展 的效果，从宏观效益、社会效益及生态效益方面评价项目的投资效益。通过实际效益和设计效益的对比分析，对项目的投资效益做出客观评价。在具体实践中，要根据建设项目的行业性质和审计目的进一步探索细化的绩效审计评价指标体系。
3.对领导干部经济责任的审计。
经济责任审计本身就是绩效审计的一种特殊形态，它既包括了合规、合法性审查，也包括了经济性、效果性、效率性的评价，是财务审计、合规审计、绩效审计的综合。领导干部直接经手的具体经济事项可能并不多，领导干部在任期内取得的经济成果，重大决策的正确与否，更多地要从领导干部所在地方、单位取得的经济效果中反映出来。因此，反映、评价其任期内取得的经济效益是领导干部经济责任审计的重点。
在国有 企业 领导干部经济责任审计中，除对领导干部个人经济事项实施审计外，要注重企业总体绩效的评价，应在同行业、同规模、同地区企业间对重要经济指标进行纵向和横向比较，通过企业取得的效益来评价企业领导经济责任。
在地方党政领导干部经济责任审计中，要着重审核地方重要经济指标的变化。包括：税费征缴情况，财政收支总量，对农业、水利、 交通 、 教育 、卫生、城建等重点部门、重点行业的投入情况；对涉及社会安定的社保、失业、医疗等专项基金的征缴、管理情况。
在行政机关领导干部经济责任审计中，则应着重审核机关履行职能的有效性。包括：行政事业性收费、罚款的合规情况；代管的专项资金、基金的使用情况；历年来各项规费、资金的收支变动情况等。
