为了进一步规范审计行为，提高审计质量，防范审计风险，充分保障被审计对象的合法权益，修订后的《审计法》对审计程序作了一些新的规定，主要是增加了审计通知书送达的例外情形，提出了“审计组的审计报告”的概念并明确了其编审程序，将“审计机关的审计报告”确定为对外发表审计意见的 法律 文书，规定了审计机关审议审计组的审计报告的程序等。
审计通知书送达的例外规定
修订后的《审计法》第三十八条，在原有规定审计机关应当在实施审计三日前向被审计单位送达审计通知书的基础上，增加规定了审计通知书送达的例外情形，即：“遇有特殊情况，经本级人民政府批准，审计机关可以直接持审计通知书实施审计”。
理解本条规定，应当注意把握以下三点：
第一，在正常情况下，审计机关应当在实施审计三日前向被审计单位送达审计通知书。直接持审计通知书实施审计，属于特殊情况下的例外规定，不得随意扩大范围。
第二，修订后的《审计法》对特殊情况的范围没有作出具体规定，有待于修订《审计法实施条例》时进一步明确。我们认为，这里的特殊情况仅限于办理一些紧急审计事项或突击审计事项。根据《审计署关于贯彻落实修订后审计法若干 问题 的意见》，在下列三种特殊情况下，审计机关可以直接持审计通知书实施审计：一是办理交办的紧急审计事项的；二是发现被审计单位涉嫌严重违法违规需要突击审计的；三是其他不宜提前三日送达审计通知书的。
第三，遇有特殊情况需要直接持审计通知书实施审计的，审计机关必须严格按法定程序办事，即应当事先获得本级人民政府的批准，履行书面的审批手续。
提出审计组的审计报告
修订后的《审计法》第四十条规定“审计组对审计事项实施审计后，应当向审计机关提出审计组的审计报告”，要求将审计组的审计报告“征求被审计对象的意见”，并强调“审计组应当将被审计对象的书面意见一并报送审计机关”。
本条这几处修改的理由是：第一，将原《审计法》规定的“审计报告”改为“审计组的审计报告”，主要是为了与“审计机关的审计报告”相区别；第二，要求将被审计对象对审计组的审计报告的书面意见一并报送审计机关，是为了保障被审计对象的意见得到审计机关应有的重视，从而保证审计结论更加客观与公正。
理解本条规定，应当注意把握以下三点：
第一，审计组的审计报告不同于审计机关的审计报告。根据修订后的《审计法》，将审计报告分为两个层次：审计组的审计报告和审计机关的审计报告。其中，审计组的审计报告是审计组对审计事项实施审计后，就审计结果提出的书面报告，虽然在要素和 内容 上与审计机关的审计报告基本一致，但反映的是审计组代表审计机关提出的初步审计意见。它是形成审计机关的审计报告的基础。审计机关的审计报告，是审计机关按照审计署规定的程序对审计组的审计报告进行审议后，对被审计单位财政收支、财务收支的真实、合法、效益发表审计意见的书面文书，它是审计机关对外出具的审计法律文书，是审计结果的最终载体，反映的是审计机关的最终审计意见。因此，审计组的审计报告和审计机关的审计报告，二者在法律地位和法律效力等方面存在明显差异。
第二，本条所指“被审计对象”，包括被审计单位和接受 经济 责任审计的单位主要负责人。修订后的《审计法》第二十五条明确规定，审计机关有权对国家机关和依法属于审计机关审计监督对象的其他单位的主要负责人，在任职期间应负经济责任的履行情况进行审计监督。为了保证审计评价意见的客观与公正，保障接受经济责任审计的单位主要负责人的陈述权和申辩权，审计组的审计报告除征求被审计单位的意见外，还应当征求接受经济责任审计的单位主要负责人的意见。
第三，根据本条，结合审计署6号令和《审计署关于6号令贯彻执行中若干问题的意见》（审法发〔2005〕48号）的规定，审计组的审计报告的编审程序如下：
一是审计组对审计事项实施审计后，应当起草审计组的审计报告。审计组的审计报告落款为审计组，由审计组组长签名。
二是审计组组长应当对审计组的审计报告进行审核，重点关注报告的要素是否齐全、内容是否客观真实，是否真实、完整地反映了审计工作底稿记录的重大问题。
三是审计组的审计报告经审计组组长审核后，审计机关应发出审计报告征求意见书，将审计组的审计报告送被审计对象征求意见。该审计报告封面上不予编号，并注明“征求意见稿”字样。被审计对象对审计组的审计报告有异议的，应当在收到审计组的审计报告之日起十日内提出书面意见，并将其书面意见送交审计组。对于被审计对象的意见，审计组应当认真进行核实，并作出书面说明。值得注意的是，由于审计机关送交被审计单位征求意见的审计组的审计报告中包含有审计查出的被审计单位违反国家规定的财政收支、财务收支行为的事实、处罚建议以及相关的法律、法规、规章依据等内容，审计报告征求意见书又明确告知了被审计单位享有对审计组的审计报告提出意见的权利，因此，审计机关征求被审计单位意见环节实际履行了《行政处罚法》第三十一条规定的处罚告知程序，审计机关在对被审计单位作出审计处罚决定前不需要再另行发文告知。 四是在征求完被审计对象意见后，审计组应将审计组的审计报告、被审计对象的书面意见、审计组的书面说明以及其他有关材料，一并提交审计机关审议。
出具审计机关的审计报告和审计决定
修订后的《审计法》第四十一条规定：“审计机关按照审计署规定的程序对审计组的审计报告进行审议，并对被审计对象对审计组的审计报告提出的意见一并 研究 后，提出审计机关的审计报告”，从而取消了“审计意见书”，将“审计机关的审计报告”确立为审计机关对外发表审计意见的审计 法律 文书。
本条修改的理由是：第一，为了与国际通行做法接轨，有必要将“审计意见书”改为“审计机关的审计报告”，作为对外发表审计意见、公告审计结果的载体，建立起我国的审计报告制度和审计结果公告制度。第二，规定审计机关要研究“被审计对象对审计组的审计报告提出的意见”，是为了进一步督促审计机关要重视被审计对象的意见，从而保证审计报告的质量。
理解本条规定，应当注意把握以下三点：
第一，自2006年6月1日起，各级审计机关均不再出具审计意见书，代之以审计机关的审计报告。
第二，审计机关应当按照审计署规定的程序对审计组的审计报告进行审议，出具审计机关的审计报告。根据本条，结合审计署6号令和其他有关规定，审计机关应当按照以下程序对审计组的审计报告进行审议：
一是审计组所在部门应当对审计组的审计报告及相关材料进行全面复核，对被审计对象对审计组的审计报告提出的书面意见进行认真研究，提出书面复核意见。
二是审计组所在部门应当在复核审计组的审计报告的基础上，代拟审计机关的审计报告。对被审计单位违反国家规定的财政财务收支行为依法应当给予处理、处罚的，还应当代拟审计决定书；对审计发现的依法应当由其他有关部门纠正、处理、处罚或者追究有关责任人员行政责任、刑事责任的，还应当代拟审计移送处理书。此外，需要对被审计单位和有关责任人员作出较大数额罚款的处罚决定的，还应当代拟审计听证告知书，履行《行政处罚法》第四十二条规定的听证告知程序。
三是法制工作机构应对审计组所在部门代拟的审计机关的审计报告、审计决定书、审计移送处理书等进行复核，对被审计对象对审计组的审计报告提出的书面意见进行认真研究，出具复核意见书。
四是法制工作机构复核后，审计组所在部门应当将代拟的审计机关的审计报告、审计决定书、审计移送处理书、法制工作机构的复核意见书以及被审计对象对审计组的审计报告提出的书面意见，报送审计机关分管领导，由审计机关召开小型审计业务会议或者审计业务会议审定。会后，审计机关应指定专门部门根据审计业务会议决定，修改审计机关的审计报告、审计决定书和审计移送处理书。
五是审计机关的审计报告、审计决定书、审计移送处理书经审计机关审定后，由审计机关分管领导或者主要负责人签发，正式对外出具。
第三，审计机关应当及时将审计机关的审计报告、审计决定书送达被审计单位和有关主管机关、单位，将审计移送处理书送达有关单位。审计机关送达审计文书，可以直接送达，也可以邮寄送达或者以机要交换方式送达。直接送达的，以被审计对象在送达回证上注明的签收日期或者见证人证明的收件日期为送达日期；邮寄送达的，以邮政回执上注明的收件日期为送达日期；以机要交换方式送达的，以机要件的签收或收件日期为送达日期。
