刘家义审计长“国家审计免疫系统论”的提出，是国家审计理论在新形势下的深化、发展和丰富，是对国家监督本质更加完整的描述，为今后国家审计指明了方向。“国家审计免疫系统”在审计模式上偏重于实现审计的保护功能、修复功能、预警功能。作为基层审计机关，如何更好发挥“审计免疫系统”功能作用，笔者认为应做好以下几项工作。
一、把
查处经济犯罪线索，作为审计部门提升审计质量的有效手段。在审计实务中，审计人员要有审计职业敏感性，不放过任何可疑的蛛丝马迹，并追踪到底；在方法上采取财务收支审计与基建造价审核结合起来，既查清账面收支情况，又到实地调查，测试其基建项目的真实性情况，从中发现有无贪污、私分、损失浪费等问题，并将违法违纪线索及时移送纪检、监察以及司法机关进一步查处，以提升审计部门的威慑力。
二、要把推进预算执行审计，作为促进建立公共财政体系的有效手段。在对本级预算执行审计过程中，要把预算执行审计作为一项系统工程来抓，把预算编制、执行、绩效以及各个预算执行单位的整个经济活动都纳入审计范围，把预算执行审计放在当地经济发展，公共财政体制改革的大系统中去定位。在实际工作中，应坚持做到以完整性、真实性、合法性审计为基础，加强对财政资金的监督，按照公共财政职能要求，把预算编制的科学性、合理性和预算资金分配使用的规范性作为审计重点。注重规范财政收支行为，优化财政支出结构，促进财政资金有效地使用，减少损失浪费。
三、要把推进领导干部经济责任审计，作为加强对领导干部权力监督的有效手段。在审计中，应坚持实事求是，客观公正原则，以财政财务收支真实、合法为基础，客观地反映情况。在内容上，把执行会议、公务接待和差旅费管理有关规定以及国有资产处置、国有资产保值增值，债权债务增减变化，执行财经法规，个人遵守廉政规定等情况作为审计重要内容，列入必须反映的财务指标；在方式上，做到定性与定量相结合，着重评价领导干部发展经济的责任，管理经济的责任以及个人遵守财经法规的责任。
四、要把加大政府投资工程的审计监督，作为提高政府投资效益的有效手段。实行国家建设项目竣工决算必审制。要坚持和完善政府重点投资项目跟踪审计的做法，应抓好审计监督前移工作，改变以前的事后方式，提前介入，从招投标开始，审计全程参与，加强全过程监督，以提升监督效率，规范国家财政资金的使用管理。
五、要把抓好专项资金的审计和审计调查，作为关注民生的有效手段。专项审计调查是审计工作特有的手段之一，专项审计调查的结果往往能反映改革发展中存在的热点难点问题，能引起有关决策部门的重视。当前应加强涉及人民群众切身利益的公共服务领域专项资金的审计监督，关注弱势群体，促进落实各项惠民政策，认真治理和纠正损害群众利益的不正之风等问题。
六、要把开展好常规性财务收支审计，作为提升审计服务功能的有效手段。应围绕促进部门依法理财、规范财政财务收支行为，通过对行政事业单位的财务收支审计，发现财务管理中存在的薄弱环节和问题，并针对被审计单位存在的问题，提出建立健全制度，加强内部管理，依法依规理财的建议。