毕业论文要有正确的立意，还要有严密的逻辑性。就是说论文不仅要做到“言之有理”、“言之有物”，还要做到“言之有序”。
任何事物的发展，都有它的规律性。论文的结构也有规律性，这就是论证所遵循的“序”。
遵循了“序”，论文在布局谋篇上就会更完整，结构就会更严谨。论文的结构安排，要在中心论点的统率和支配下，把各个论证部分严谨周密地组织起来，分清主次轻重，做到层次分明，详略疏密有致。
毕业论文在结构上存在的毛病，常见的主要有下列几种：
一、结构不完整、不平衡一般毕业论文大致上可以分成三个部分：开始列有小序对全文的概括，使读者有个全面的了解，或者鲜明地提出问题，领挈全文；然后，便分层展开论述，在总论点领辖下各分论点依次铺开，深入分析问题，这是论文的主体；最后是结论部分，依据论述的需要确定结尾的长短和详略，这就使论文浑然一体，布局完整。有的文章缺少某一重要部分，如无头(绪)或无尾(结论)，不能形成一个完整的整体。
如有的论文，开头没有说明课题的来源或研究目的、意义，也不交代调查的手段和方法，一上来就列举大量事实和数据，让人觉得“没头没脑”。有的文章结尾处没有明确的结论，没有个人的观点和见解，缺乏必要的分析和评论。
有的论文该详细的不详细，该简略的却过于冗长；对中心论点的论证不充分，而对其它分论点却津津乐道。这样，论文的结论就不平衡了。
二、结论松散，缺乏条理一般来说，文章采用的基本推理形式，决定着文章的内在结构形式。例如，一篇文章主要是探讨某一事物产生的原因，反映在结构上，必然有因果关系的两个部分，或者是结果推及原因，或者由原因推断结果，缺一不可。
文章要有层次，有条理。如果在写作中，材料的安排不当，就会使层次不分明、条理不清楚。
事物之间有各种不同的关系，反映这种关系的材料之间也有各种不同的关系，例如，平行关系、递进关系、接续关系、对立关系等。总之，理清了事物之间的相互关系，并在结构中体现出来，文章的眉目就清楚了。
而有的文章内容上拼拼凑凑，论文层次既不遵循各部分内在逻辑顺序，也不符合作者和读者的认识规律。作者心中缺乏总体布局，写作时信马由缉，任笔端自由驰骋，因而出现前后不衔接，甚至前后重复、前后矛盾，或颠三倒四，东拉西扯，上下两段明显地割裂开来，缺少自然的过渡，使人感到突冗、生硬，意思不连贯。
有的论文分段太长，甚至一连好几页也不分段，显得层次不明，看起来费力。
三、论证不得力，缺少逻辑性论证不力的情况有两类：一类只有理论分析，从理论到理论，缺少必要的和充分的事例和数字的依据；另一种是材料很多，但在选材和组织材料上欠佳，缺少周密严谨的逻辑性。后一类毛病在许多论文中常出现，其表现为：忽视“新颖性”的选材要求，，材料陈旧，用一些人们熟知的老例子，缺乏新鲜感、吸引力；不能有选择地利用典型、精当的材料形成自己的观点，例子滥而散，没有从中整理出自己立论的角度和起笔的由头；论据缺乏典型性、必要性，仅凭在特定环境中极少发生的某些事实，得出与该环境中大量发生事实所不同的结论，因而论证缺乏说服力；提出论点、罗列论据之后，不作深入分析甚至不作任何分析，没有论证过程，便用“由此可见”、“大量事实证明”等语句，转而扣合所提出的论点；以偏概全，以点代面，以小论据支撑大论点，论据不足，犯“推不出”的毛病；结构混乱，缺乏逻辑性。
前后颠倒，层次不清。胡子眉毛一把抓。
有的主次不分明，重点不突出。有的论点与论据之间没有必要的联系，二者或互相脱节，或互相矛盾，犯“引论失据”的毛病，其原因是对概念和事实并没有真正理解；分析问题时不是从实际出发，从对事实的分析中得出结论，而是用观点去套例子，用事实去印证观点；前后论点有矛盾，中心论点与分论点有矛盾，或回避论题，或主观臆断，分析不客观，没有进行必要的和充分的论证。
有的结构单一，缺乏层次性。一篇四五千字的长文章，中间不用序码，也不加小标题，读起来很吃力，有的首尾脱节，缺乏完整性。
四、绪论、结论写作不当在一些毕业论文中，绪论和结论写作不当是一个较为突出的问题，其原因是作者对绪论和结论的作用了解不够，不懂得怎样写好绪论和结论。有些论文的绪论洋洋洒洒，篇幅相当大，却写了一些与毕业论文没有多大关系甚至无用的话，离题千里，既臃肿繁杂又内容贫乏，没有很好地起到导引本论的作用。
有些论文的绪论整段抄录教科书的有关内容，对一些入所共知的一般知识，不厌其烦地作介绍，却不认真提及自己的设计任务和课题的意义，没有说清论文的要害所在，因而内容空泛，文不对题。很多论文的结论也不符合写作要求。
有的论文根本没有结语，有头无尾，不能完整、准确地表达自己的研究成果或结果。例如，有的论文在写完调查过程和所能获得的数据材料之后，就突然停笔，没有结论，没有归纳和总结，也没有评价与建议。
这样的论文，反映不出工作的最终成果，没有作者的见解、意见和建议，看不出研究或设计任务是否完成和完成的质量。有些毕业论文在结尾处写上几点一般性者生常谈的体会，而不能把自己研究成果深刻地反映出来。
这种肤浅的认识和感受，是不能代替论文结论的。
五、论证方法单调有的毕业论文在论证主题过程中，方法比较单调，文章显得平铺直叙，没有波澜起伏。例如，有的文章从头至尾采用一种例证法，围绕大论点，提出小论点，用一个事例说明，由是得出一个大结论。
论证就缺乏科学性和说服力。有的文章格式也单调，往往是现状、存在问题及原因，然后提出几点对策，再加上陈旧的观点和数据，文章就没有论证的力度和说服力。
有的文章结构刻板，缺乏创造性。论文结构干篇一律，总是“三部曲”(现状——原因——对策)或“四部曲”(成绩——问题——成因——对策)，读之令人生厌。
要改变这种毛病，就要在文中反复用各种论证方法，除了例证法以外，还要学会用喻证法——运用比喻的方法把道理引出来，说明论点的论证方法；类比法——根据两种事物在某些特征上的相似，得出它们在其他特征也可能相似的结论；对比法——把两种事物加以对照、比较，从而推导出它们的差异点；反驳法——通过否定对方的观点和看法，来阐明自己观点；归谬法——反驳对方论点，首先假设对方的论点是正确的，然后加以引申、推论，从而得出极其荒谬的结论来。
