杨兆龙1963年9月23日被逮捕，1971年6月2日以“历史与现行反革命罪”判处无期徒刑。
1972年的一份监狱对杨兆龙的鉴定材料这样写道：“主要罪恶：解放前长期充任反动要职（笔者按：最高代理检察长其实是中共地下党要他担任的），犯有起草反动法令（笔者按：其实杨兆龙起草的都是关于抗战动员、惩治日本战犯等具有积极意义的法律法规），参与杀害共产党员（笔者按：指“王孝和一案”，此案由蒋介石亲自批示定夺，详见《世纪》2015年第一期），镇压学生运动等反革命罪行（笔者按：杨于1946年年底出国考察欧美司法制度，至1947年9月22日才回国，1947年南京等地发生全国性“五二”学运时，杨兆龙身在国外；1949年南京“四一”惨案发生时，杨兆龙恰巧正在按照南京地下党的指示积极营救关在监狱里的共产党“政治犯”，可见镇压学生运动是毫无根据的）。解放后坚持反动立场，一九五七年猖狂向党进攻，被定为右派分子（编者按：主要指杨发表的一系列关于社会主义法治的评论）。嗣后，不思悔改。竟然于一九五九年策划偷渡，阴谋投敌叛国，书写反动文章，拟定反革命计划（笔者按：这是没有的事情）。又积极指使他人叛国和收集、书写反动资料，妄图为蒋帮复辟效劳（笔者按：其时蒋介石因为杨兆龙“投共”而下发的“通缉令”还在生效）。被捕后在审理期间有恶毒攻击污蔑我党中央的反动言论。”
杨兆龙如此“罪行累累”，原来是准备判处死刑的。其女杨黎明去第一看守所询问被扣押家产之事时，一位接待人员干部很轻松地说杨兆龙早就死了，杨黎明说明明上午刚探视过他，该人打电话核实后告诉杨黎明：“哦！后来改判为无期了。”
20世纪80年代初期，北京一位领导也告知杨黎明杨兆龙原来是判死刑的，后来改判了，为什么会改判呢？原来，1971年在“一打三反”运动中发生了上海乐团著名指挥家陆洪恩因患有见红就撕的精神分裂症，撕了“红宝书”而被判处死刑立即执行的事情，传诸国外，舆论一片哗然。按照国际社会惯例，对精神病患者是不能处死刑的。这事引起中央重视，随后特意作了规定，凡属对有重大影响的统战对象及高级知识分子判处死刑案件，必须报经中央核准。这一规定使杨兆龙免于一死，改判无期徒刑。
1975年12月15日，中央对国民党县团级以上人员进行特赦。杨兆龙在狱中度过了四千多个日日夜夜之后，终于获赦出狱。
一个曾经身为国际刑法学会副会长、中国刑法学会会长、中国比较法学会会长的著名刑法学家，杨兆龙是怎样以一个囚徒的身份度过那十二年多的铁窗生涯的？
个性正直 遭受迫害
杨兆龙在狱中初期是抗争的，经常表达对极左思潮、“文革”等事情的强烈不满，发表符合法治精神的正直言论，因此还遭了不少罪。杨兆龙在1971年下半年所写的一份思想改造总结中就说：“我由1963年被捕以后至判决之日为止，有时违反监规，有时抗拒管教，改造表现一贯很坏，这说明我不认罪、不服法，对自己所犯的罪行没有痛恨的决心。”
杨黎明第二次去探监时，遇到了另一位探监者，他告诉杨黎明自己是杨兆龙复旦大学的学生，来看望被判“反革命罪”的、与杨兆龙同组的十八岁儿子。他儿子曾对他说，杨兆龙吃了不少苦――“长时间的反铐” （笔者按：那是日本式手铐，手一动，铐得就紧一点，以致越来越紧，嵌到肉里，导致皮肤受伤化脓，留下疤痕）。原因是杨兆龙说召开一次党的会议来撤销刘少奇的国家主席职务是不对的，违反了宪法。确实，杨兆龙1975年特赦出狱后，双手的手腕处还留有深深的手铐铐伤化脓后结下的疤痕。
杨兆龙一案的“同案犯”卜宗商在狱中也知道杨兆龙因对“文革”不满而遭受批斗。他在一份回忆材料中说：“1968年在‘抓革命促生产’的热潮中，我因抢救机器故障轧断了左手三只指头，在监狱医院里因断指再接未成功，我由医院转到病监继续治疗。医院与病监近在咫尺，通常出院的病犯一通知出院就会立即离开，因为不需办离院手续和整理物品。但医院没让我立即离开，要我留在医院大半天，又吃了一点病号饭。别人笑我口福好。我也不明白是什么原因。直到我傍晚回到监狱才知道，上午狱里开了一个批斗犯人的会。听人议论，这个被批斗的人是复旦大学的一名教授，历史上犯了那么严重的罪，现在还狗胆包天诬蔑文化大革命。我侧面打听这个教授的形态，他们说此人个子不高，一道浓眉，戴金丝边眼镜，我断定此人是杨兆龙。”之所以不让卜宗商与杨兆龙碰面，是因为直到此时还对杨兆龙瞒着卜宗商未能去成香港而已被捕的真相。
根据1972年监狱对杨兆龙表现的鉴定材料，杨兆龙“投入改造初期不认罪，对判处无期心中不服。服刑期觉得年老多病，活不了多久就要死了等错误思想；在学习发言时鼓吹苏修的核讹诈；在犯人中吹嘘自己的丑恶历史，经教育和多次批斗后有所认识”。
这份材料认定，杨兆龙“被捕后在审理期间有恶毒攻击污蔑我党中央的反动言论” 。
碍于形势 主动认罪
1971年判决前夕，杨兆龙承认了审讯方给他所加的“罪行”，希望能够“坦白从宽”。杨兆龙从被逮捕到判决这一时期，心态经历了从对抗到“合作”的变化。这表现在以下几个方面：
对“偷越国境”的目的，杨兆龙一开始坚持就是为了改变艰难的生活环境，能够到境外去读书或教书，到后来则按照审讯者的要求，改变为“偷越国境”是 “反革命”性质。
关于帮助学生卜宗商“偷越国境”一事，杨兆龙起初对审讯者是这样说的：我有个学生卜宗商，是右派，我因搞学术专题讲座而认识他。他在社会科学院毕业后被分配到新疆建设兵团，他不想去，来找我想办法。我就介绍给张良俊帮助他出走。这件事是我不好，原来我把它看成是简单的帮忙性质，事实上是反动的、反政府的。现在我很懊悔。
关于帮助儿子杨定亚“ 偷越国境”一事，杨兆龙起初对审讯者是这样说的：1960年暑假他的小儿子因在交通大学被下放到七宝做重体力劳动（养猪），患了十二指肠溃疡，多次大出血休克（在家中就晕倒过两次），实在吃不消。于是想出国读书，到哪里去没有定。饶大笏把张良俊介绍给我，张说他有办法，后说写信去了广州，那边来信说可以去看看。故我小儿子杨定亚按张的指定去了，后来没走成又回来了。我在这件事上的错误是没有向组织主动谈。为了帮助我儿子出国后生活学习有着落，我替他用英文给庞德写了一封信，大意是：我是杨兆龙的儿子。解放后在历次运动中我的一家都受到了打击和迫害，希望庞德教授帮助办理去美国的入境护照和进入哈佛大学读书。叙述了我在反右运动后的情况，也表达了对政府的不满，我的动机不好。还有一份我写的英文资料是让我儿子逃到香港或澳门后去找美国领事馆用来“会话”的，大意是：我的一家在解放后的历次运动中都受到了迫害，在反右运动中都戴上了右派帽子。现在大陆的粮食不够吃，工资低。请求美国驻澳门领事机构帮助他与庞德教授取得联系。因为他们肯定要问我儿子一些情况和中国的形势，我儿子英文不好，我帮他拟了稿子。内容表达了我对时局的不满，当然反动。 以上是最初的“认识”，但到后来，他对自己的言行愈来愈“上纲上线”。
杨兆龙主动坦白自己因对环境不满，也曾想出国。他对审讯者说：“1958年5月之后工资由二百多元减到三十元，心里产生了很大的对立情绪，就想换个环境。我叫饶大笏去问问他的同学潘某（在瑞典领事馆工作），能否通过瑞典领事馆和瑞典轮船设法逃到海外，但潘某回话说没有办法，故未成。1959年又听饶大笏说他的同事张良俊过去在顺风旅行社做过，饶将张良俊介绍与我相识，我企图通过张良俊设法与广州联系偷渡到国外，后因害怕连累老母亲和家庭而取消了这一念头。我个人逃跑到国外的意图是脱离中华人民共和国的统治，享受那种所谓‘自由民主生活’和对中华人民共和国进行污蔑、诽谤、攻击。”
杨兆龙又主动坦白自己有“变天”的“反动思想”。他对审讯者说，1957年反右之后他有了“改变局面”的想法。他说，1957年以后，我认为我的家受到打击面太广，我是右派，三个孩子受我牵连也成了右派，我心里因此希望有一天能够“改变局面”。我有这个“有朝一日改变这个局势”的想法。我曾对人说过，要养好身体，如果共产党政权垮台，换了一个政权，我就可以做点事情。我认为如果现在的政权不做好事，会有一种制度来代替现在的制度。资产阶级政权、修正主义也要比现在的政权好一些。由于我有反动思想，觉得蒋军登陆后能够改进的话，也可以让我们过比较自由的生活。我叫饶大笏好好学点法律，收集资料，作长期打算，将来可以派用场的，这也是“变天”思想的表现。我叫儿子在经济上去找住在台湾的姑母想办法，在前途问题上可以去找香港大学钱清廉教授或到美国找庞德教授，改行学法律，将来为新的政权服务。我认为现在在共产党领导下自由的范围太窄，民主太窄，统一战线太窄。这也是反对政府、共产党的“变天思想”吧。
最后，他还把仅仅是为了支持学生和儿子出国求学说成是“基于变天思想的需要”。他对审讯者说，1959年我准备逃往国外，以及以后我资助卜宗商、教唆次子逃跑，这些当然都是反对政府、反对共产党的政治问题，是反对政府的叛国投敌罪行。
杨兆龙为何在羁押期间愈来愈将自己“上纲上线”？原因大概如下：
一、身体受到了不应有的折磨，他直到去世时还保留的手铐反铐印疤痕足以说明这一点。
二、信了当时不信也得信的“坦白从宽、抗拒从严”政策。因为不管杨兆龙怎样“深挖自己的反动思想”，审讯者还是认为“杨犯被捕后仍顽固坚持反动立场，在监狱内继续散布反革命言论，尤其不能容忍的是，继续恶毒攻击我党中央，罪行极为严重。据此，拟将杨兆龙依法判处无期徒刑，并没收其全部财产”。
三、其他“同案犯”都在深挖自己的“反动思想”，经过审讯者的“传递”、引诱，促使杨不得不说自己“反动”。杨兆龙“同案犯”至少有饶大笏、卜宗商、陈嘉晋等人，还有举报人张良俊（审讯时公安多次说“张良俊和你一样，死不交代，要带着花岗石脑袋进棺材了”，杨到出狱后还深感对不起张良俊，认为张因为他而被牵连重判的）。此外，凡与杨有来往或听到过杨的牢骚的人，当被问及时，一般都只能揭发以自保。有人坦白说杨兆龙认为反右运动中共产党用了“引诱”政策，叫人家上当；有人说杨兆龙抱怨共产党不讲“交情”，他是解放前经过地下党做工作才留下来的，做工作时讲得很好听，可现在对他的地位、待遇都不兑现了，解放后一步步往下跌；有人说杨兆龙早就打算偷渡出境，后来想到自己走后一家子人怎样生活才打消了走的念头，等等。
在一番“上纲上线”的交代下，最后定罪的分量极重，1971年，杨兆龙被判无期徒刑。
被判无期 身陷绝境
判处无期徒刑，远远出乎作为刑法专家杨兆龙的意料之外。他在被判决后的1971年下半年的思想改造总结中说：“在1971年的上半年，我虽然觉得我的罪行很严重，对党的危害性认识不足，以为对自己判刑不会过重。所以对自己的改造缺乏自觉性，不认真对待。等到1971年6月2日判决之日，我听了判处无期徒刑，我大吃一惊，心里颇为不服。”
他愤怒地抗议过，绝望过。杨黎明曾有如下回忆：
1971年6月，我接到弟弟的来信，说他已被判。我想，父亲也应该判决了，总不能一直关在看守所不判决。但一直到年底，仍无父亲的信息。原来，此前狱方告诉他可以写信到家里，于是他写了许多信到四川北路润德坊18号，但均被退回。无奈之际，他致信我妈的表哥杜健伯，要求他去接见。杜设法把信转给我，说：“去看望三妹夫本是义不容辞之事，但不便之处，你当能理解。”这样我才确信父亲在提篮桥监狱。 我遂致信提篮桥监狱，问及我父是否已判决收监，为何不见来信，希望狱方给予服刑犯人应有之接见权，作为家属亦有接济与敦促其改造之义务。几天后，突然接到父亲来函，要求我去沪接见，父亲果然在提篮桥。我立即带着女儿动身赴沪。
接见日那天，我看到父亲穿着我寄去的新棉袄新棉大衣新鞋新棉帽，围了一条白毛巾。我急忙跑过去，父亲已经老泪纵横，泣不成声。他只说：“无期啊！我们见不了面啦！”我强自镇定地说：“爸爸，党的政策是活的，你如果表现得好，会减刑的！管教在后面做出鄙夷不屑的表情，之后还对我说：“杨兆龙表现得不怎么样！”
我女儿细声细气地叫外公，父亲自然地伸出手，但遇到了隔栏，父亲又哭了。他接着问我：“你妈妈呢？”“在我处（实际上沙溯因已在‘文革’期间自杀）。”“松年、小宝呢（即：我的哥哥和弟弟）？”“都好！（实际上一个被劳教，一个在服刑）。” “家里的东西呢？”“都在我处（实际上已被没收得荡然无存）。” “陆锦璧（即我的丈夫）在哪里？” “他很远，所以不能来（实际上在青海服刑）。”父亲又哭着摇头： “无期啊！”我说：“你要有信心啊！” “时间到了！”管教们在喊了。父亲无奈地站起，泪流满面地回去，我望着他，他也频频回首。
但到后来，大概有两件事使杨兆龙的情绪有了变化，一是管教人员不断地劝戒他只要努力改造，就有减刑的希望；二是杨兆龙在狱中患了高血压，狱方给与了一定的治疗，减轻了他的病痛。同时有了家属的接见与劝解，尤其看到已有孙辈，囚徒们的精神面貌总会大大改善。
杨兆龙在1971年的一份思想改造总结中提到：“1971年6月判决之后虽因量刑过重而大吃惊、不服。然经过反复思考，并经过政府的历次教育和同犯们的帮助，才认识到自己犯罪的严重危害性。政府为了挽救我，处以无期徒刑，是要我防止再犯罪，促动我的灵魂深处，使我积极改造成为新人，并不是要将我一棍子打死。可是虽有这种认识，我仍然很消极。认为年老多病中过风，至今没有完全恢复，活不了多久，不要等到改造好，就要与世长别了。我只是怨恨自己为什么犯罪，落得这样的下场，而没有从积极争取改造方面加以考虑。现在经过学习之后，认识到了这种态度是不对的。伟大领袖毛主席教导说：‘在我们伟大的社会主义制度下，只要改恶从善，都有自己的前途。’我虽然年纪较大，身体不好，但是只要积极争取改造，改恶从善，总有自己的前途的。我过去曾有过不容易得到宽大处理的看法，这次通过教育和学习毛主席的著作，我认识了毛主席所教导的：‘对于一切反革命分子，都应当给与生活出路。’‘不给出路的政策，不是无产阶级的政策。’我对于党和政府的改造政策有了明确的理解，因此改造信心也增强了。”
杨兆龙1974年获知其小儿子被释放出狱的消息之后，争取“好好改造”、早日出狱的想法倍增。他在这一年的思想改造总结中写道：“我关于认罪伏法方面自1972年即开始逐渐认识自己的罪错，对过去的违法行为深自后悔。但自己觉得年纪太大，深恐不能活着出狱。以后经过历次大课及宽严大会的实况教育，才相信只要自己认真改造，刑期是活的。尤其通过宽严大会的报告，有好多起判处无期徒刑的犯人获得释放和减刑。这对于我有极大的鼓舞力。尤其我的儿子去年九月被释放出狱，成为新人。”
1968年杨兆龙中风，1974年又患了高血压，此次得到了狱方的积极治疗，杨兆龙对此心存感激。他写道：“我因为患过中风，血压高，手脚动作不便，并且手发抖，剥云母片有困难，监狱管教人员规定我可以不参加劳动。虽然这种事情政府照顾我，我内心实在感到不安。不过我在一中队拆回丝，尚能勉强应付。将来病好些回到一中队，仍当继续劳动，以求更好地改造。”
1974年狱方给其所做的鉴定写道：“在批林批孔教育运动中对工农兵写的批判文章还有看不起的思想。经教育，认识上有所转化，对其治疗高血压教育很深，体会到无产阶级政策伟大。由于思想改造上取得了一点收获，1974年曾受到中队大会表扬。”
积极“改造” 争取减刑
杨兆龙的“思想改造”以认识自身错误为出发点，开始涉及社会生活的各个方面。在1971年的思想改造总结里，杨兆龙写道：“我在学习方面的罪错是很多的。一是我学习不努力，容易有自满情绪，因而放松学习。二是我借口年老多病，有时不克服困难，加紧学习。三是有时我讲话不当，对于引用毛主席语录，容易有讲错、写错、漏字等情形，这是不尊敬毛主席，不严肃对待学习的态度。四是我在平时常责备人家不把毛主席著作放在适当的地方，而我自己却有一次将《毛主席著作选读（甲种本）》放在了极不适当的地方，这是对毛主席不恭敬的表示。五是有一次在学习小组上竟用轻视学习的词汇称呼学习，这是污蔑学习的表示。六是我有一次在控诉蒋介石反动政府对外政策时，引用了蒋匪帮惯用的‘攘外必先安内’这句话，污浊了学习气氛。又有一次我说苏联对于我国拒绝参加它提议召开的五个核大国会议时，替苏修的核讹诈做了宣传。七是没有把学习毛主席著作当作改造自己的首要任务看待。”
为了附和潮流而达到减刑的目的，在批林批孔运动中，杨兆龙说：“我最初因受孔丘‘克己复礼’流毒的影响，认为秦始皇是中国历史上最著名的“暴君”，现在我认识到他是中国历史上第一个最大的采行法家路线的政治家。孔丘的复古性、倒退性、天命论，等等，一味梦想恢复西周时代奴隶主贵族的分封制，实际上将中国闹得一塌糊涂。法家是反对分裂而主张统一的。秦始皇一生努力于统一事业，遇有闹分裂者，立即镇压，毫不留情，所以秦臣中鲜有闹分立者。”
据与杨兆龙关在一起的复旦大学物理系学生李梧龄后来在网上发表的《不堪回首》一书透露，杨兆龙当时写过一些迎合时政的文章，目的是争取机会减刑：“我遇见他时，他已很衰老了。是因为心脏病住在八号间里。他天天在写东西，我问他写什么？他说写歌颂秦始皇的文章，我就大不以为然，问他难道真认为秦始皇值得歌颂吗，他说当然不是，那我就说你又何苦破坏自己的一生名誉呢？他说，任何在强制的条件下写的东西，在法律上都是无效的，我已判了无期徒刑，只有这一条路可争取了。”可见杨兆龙并非真的思想上有了天翻地覆的改变，只是出于希望能够得到减刑、回到亲人身旁之目的，违心地按照当时的形势要求去表态和表现。
当时的形势是一方面要反对美帝国主义，另一方面又要反对苏联社会帝国主义。因此，杨兆龙检查了自己解放前崇拜欧美、解放初期又转而崇拜苏联的“错误”。他在1974年的思想改造总结中说道：“我在解放前本有崇洋思想，对欧美的科学及工业文明真是‘五体投地’。我认为中国非学欧美国家不可。尤其对于政治制度，我觉得非照欧美不可。所以我走进学校，要进教会学校及国外学校。回国之后，无形中做了欧美各国的义务宣传员。举一例，拿欧美的‘议会制度’及‘多党制度’而论，虽然有许多缺点，不能代表广大人民的意思，但我觉得它们还是可取的、民主的。解放后，我这种思想虽然略微改变一些，但对于修正主义的制度渐渐地感兴趣。在1962年被捕之前，我认为苏修的制度是真正社会主义制度。我国如果不学欧美，至少应该学习苏联。所以我努力研究苏联的法律和文艺，等等。这是因为苏联的制度有许多和欧美资本主义国家相同或相似。在反右前夕，我竭力宣传苏修的制度好。我认为苏修的法律、文艺及教育制度大体相似，可以仿效的。大学也给学位，如硕士、博士等；法律上也‘保护一般人’的权利；文艺也主张不分阶级描写各方面的人物及事情。我误认为这是真正的社会主义。等到被捕前夕虽然知道苏修的制度不大对头，但没有晓得它事实上是社会帝国主义。近年来苏修的外交官员及专家，披着‘善良朋友’的外衣，处处做特务人员的工作，并颠覆其他国家政府，如捷克斯洛伐克。苏联社会主义国家变为修正主义后，必然会变成帝国主义。”
杨兆龙是1975年12月15日被释放出狱的，1975年12月13日他向狱方提交了最后一份“思想小结”。他除了例行公事地陈述对国内外“一派大好形势”的认识之外，再次被迫检查自己对所犯“罪行”的认识。
杨兆龙说，我过去犯罪是与我反动世界观分不开的。我在解放后对人民政府许多措施看不惯，初时忍耐不响，后来便逐渐发展到任意说怪话、诋毁。等到宣布为右派之后，不仅不思悔改反而变本加厉，攻击人民政府不给“言论自由”，指责为什么对我发表了两篇关于司法制度和教育制度的文章就认为是犯罪而宣布我为右派呢？还将责任推到是《文汇报》和《新闻日报》编辑部派党员来请我写的，不应看作是我的过失。这种思想在头脑里搞不通。再加上右派帽子之后，各种待遇都不同，工资被停发，身体有病，有时还要劳动，觉得“太不自由”。其实我这些思想都是错误的。按照我的逻辑，只有资产阶级统治的自由，不准无产阶级专政的自由。只准资产阶级有压迫广大人民的自由，可以有胡作非为的“特权”。这种想法是帝修反一贯强加于弱小的霸道说教，是反动的。我后来知道我这种荒唐谬论和行为是犯罪的。但又错误地认为解放前曾替人民做过一些有益的事，政府会从宽处理。便不认真反省认罪。后来虽有所提高，但不料竟判我无期徒刑。故入监改造后，思想搞不通，消极悲观，想到自己年已七十，身患高血压和心脏病，不会久活将死在狱内。后来经过队长长期教育，才明白刑期是活的，在于自己争取，只要认真改造，政府是会给予宽大的，于是改造信心与决心逐渐树立起来。现在我认识到所犯罪行的确严重……所以改造劲头大起来。我坚信毛主席的教导“改恶从善，都有自己的前途”在我们每个要求改造的犯人身上都有落实的机会。
两天之后，杨兆龙终于走出了监狱的大门。1976年1月6日，他回到了女婿陆锦璧、女儿杨黎明的家里――浙江省海宁县庆云镇。
《麦田里的守望者》里有这样一句话：“一个成熟男子的标志，是他愿意为某种事业卑贱地活着。”杨兆龙是一个真性情的人，他热爱生命和家人，在守住良知底线的前提下，积极争取能够减刑、和家人团聚的机会。他在狱中的这句话最值得人们品味：“任何在强制的条件下写的东西，在法律上都是无效的。”这是杨兆龙所做违心“悔罪”言行时的信条，莫非是老子“大智若愚”处世之道的写照？