为了克服达氏随机进化论的理论缺陷，笔者提出了一种全新的进化理论，该理论指出生物进化与DNA智力系统和神经元智力系统的活动有关。
从一种生物形态变成另一种生物形态，称为生物重构。生物形态的重构过程遵守自然规律，并受到DNA智力系统或神经元智力系统的控制或参与。这意味着生物与环境之间存在着相互影响，生物既要适应环境条件，同时也在或多或少地改变着环境条件。
对于许多生物来说，DNA自主重构法则与神经元自主重构法则可能存在着交叉或重叠。
一、DNA自主重构法则
1．由DNA控制的生物形态只有一条形成之路
“由DNA控制的生物形态只有一条形成之路”这一法则，是生物进化之树不存在交叉的原因所在。每一个物种在生物进化历史上仅有一次形成的机会，一个新物种的诞生关闭了其他生物继续变成该物种的可能性，例如，人类的出现使得其他灵长类动物永远失去了变成人的机会。遗憾的是，长期以来学术界并没有把这种现象提升到生物法则的高度来认识，而且也没有深入地研究其原理的形成机制和运作机制。
笔者认为，深层次原因，应该可以追溯到生命体对间接信息的使用上。由于不同生物对间接信息的使用，既有共同的部分，也有着各自独特的部分。正是由于所有的生物部使用着许多共同的间接信息，所以才会发生一种生物能够变异成为另一种生物的可能性。与此同时，正是由于不同的生物处于不同的生存环境，因而也在使用着许多不同的间接信息，这才会使一种生物与另一种生物产生差异，而这种差异则是新的生物形态只有一条形成之路的根本原因所存。
这还意味着整个生物界所有的生物是一个整体，它们分别向着各种生存方向发展，开拓着各种可能的生存空间，整个生物界是一种庞大的相互促进和约束的信息网，每一种生物甚至每一个生物都在这个生物信息网内占有独特的一席之地，各自拥有其不可替代的信息值。
2．生物进化公式
A演变出A、A1、A2、A3…Am…An…
其中Am进化成B，B演变出B、B1、B2、B3…Bm…Bn…
其中Bm进化成C，C演变出C、C1、C2、C3…Cm…Cn…
其中Cm进化成D，D演变出D、Dl、D2、D3…Dm…Dn…依此类推。
对上述生物进化公式的说明和解释：A代表某一级别的生物物种，A1、A2等代表与A处于同一级别但是已经发生微小变异的若干近似物种，这种程度的变异有助于该级别生物不断扩展新的生存空间。B代表下一级别的生物物种，B1、B2等代表与B处于同一级别但是已经发生微小变异的若干近似物种。C、D等可依此类推。
与此同时，不能排除An进化成其它物种。
也就是说，同一级别的生物物种，有可能变异出多种下一级别的新物种，尽管这种可能性相对要小一些。例如，由古兽类变异并进化出两种哺乳动物，其一是有袋类哺乳动物，其二是有胎盘类哺乳动物，不过学术界并不十分清楚有袋类动物与有胎盘类动物之间是否完全没有级别差异的存在。
有趣的是，有袋类哺乳动物与有胎盘类动物的若干近似物种存在许多相似性。例如，袋狼与狼相似，袋鼬与黄鼬相似，袋松鼠与松鼠相似，袋熊与旱獭相似，通常将这种现象解释为辐射适应和趋同进化，实际上这是同一级别物种试图扩展其生存空间的具体表现。这种情况的发生很普遍，例如食草类哺乳动物就变异形成了诸如牛、羊、马、鹿等等许多种形态，鱼类更是多种多样。
3．DNA智力系统的工作原理
根据上述生物进化公式，不难看出生物变异和进化过程主要有两种方式，第一种方式是同一级别物种发生的微小变异，第二种方式是由某一级别的物种变异和进化成为下一级别的新物种。显然，这两种变异和进化方式，在DNA内部应该有着相应的不同的机制。
笔者提出的新进化论认为，DNA智力系统主要由基因和智因这两种结构物构成。基因负责生命体的生存运转和繁殖，并能够根据生存环境发生某些微小的有利的变异和进化。
智因(有可能存在于DNA长链上那些所谓的“垃圾基因”、“不表达基因”和“重复基因”等段落之中)则承担着新细胞、新组织、新器官和新躯体的设计工作，而且只有当智因完成设计工作之后，才会交由基因去执行。所谓智因的设计工作，实际上就是在DNA长链上制造新的基因，从而制造新细胞、新组织、新器官和新躯体，于是一个新物种就这样诞生了，用生物进化公式来说即Am变成了B。
显然，智因的上述工作原理和性质，可以很好地解释为什么不存在过渡物种的问题，而这个问题乃是达尔文在《物种起源》一书中最困惑而又力不从心的主要理论困境之一。举例来说，大量新器官特别是那些新的生殖器官并不是缓慢形成的，而是一步到位出现的，一旦出现它们就立即能实现其功能。
实际过程是，包括新的生殖器官在内的生物新器官，它们首先是在DNA层次上由智因逐步进行设计的。只有当智因设计出能够制造新器官的新基因之后，该生物才会制造出新的器官并由此而变异和进化成为新的物种，这一点类似于昆虫由一种形体迅速变成另一种形体的过程，并体现着精确性和资源节约性。
有必要指出的是，DNA智力系统具有“自洽性”和“排他性”。自洽性有可能导致“DNA只有加法，没有减法”的现象。当某些基因不再有用的时候，它们并不是从DNA长链中脱落，而是转变成为“休眠状态”或者“原材料储备状态”。
DNA的排他性，表现在DNA拒绝有害的基因片断和基因段落加入到自己的DNA长链上，如果不能够拒绝这种加入，那么整个DNA长链便会停止运转，以毁灭自我(某个生命体)的方式来保持群体其他生命体的DNA的纯洁和正常运转。
DNA自洽性的生殖体现是“生殖允许”，它除了表面的正常繁殖过程之外，也包括对已经在改变着的DNA的自我认可，即允许其复制和遗传。DNA排他性的生殖体现是“生殖隔离”，它通过不育和怪胎、死胎、畸形胎、不成形胎来拒绝外来基因的进入及其复制和遗传。当然，某些病变和其他因素也会导致不育和怪胎。但是，总体上来说，生殖允许和生殖隔离，是导致生物变异和进化以及生物多样性的基础。
4．生物形态的分布规律
学术界在讨论水生动物如何上岸时，往往强调呼吸器官和运动器官变异的作用。其实，在这里真正起作用的或者有着关键作用的因素，乃是从体外受精到体内受精的变异。这是因为，动物的体外受精只能在水环境中实现，因此水生动物如果要想上岸生存，就必须放弃体外受精方式，而构建出全新的体内受精方式。显然，这个变异过程，首先是在DNA内悄悄地进行着，即由智因设计制造出新的生殖器官基因。
接下来，对于那些已经上岸生存的体内受精的动物来说，它们又面临着两种选择：其一是让受精卵在自然环境中自行孵化，这样的孵化率很低；其二是由亲体参与受精卵的孵化过程。 但是，如果亲体要想参与受精卵的孵化过程，那么亲体就必须具有某种与自然环境条件不同的功能，我们知道这种新的功能就是动物躯体的恒温技术，它促成一部分冷血动物变异成为恒温动物。恒温技术不仅使动物的生存空间进一步得到扩展，而且也使某些动物获得了由亲体孵化受精卵的功能，并进一步增加了亲代与子代的信息传输能力。
在体内受精和恒温技术的基础上，一部分动物才有可能从卵生变异成为胎生。胎生动物的胎儿与母体有着更紧密的信息传输，长时间的哺乳，以及长时间的养育过程，使得子代可以从亲代获得更多的生存信息，这些生存信息储存并积累在子代的DNA智力系统和神经元智力系统上，这种信息储备和积累，是人类诞生的必要准备过程。
综上所述，生物形态的分布规律，与若干重大的关键的新器官及其新功能的出现有着直接的关系。每一种新器官的出现，都会导致新的生存方式，形成新的生存空间，这也就意味着一大批同级动物的诞生和发展。有鉴于此，生物形态分布图，有必要根据新器官的出现来进行绘制。进一步说，生物形态分布图，实际上要根据DNA出现的那些能够导致新器官形成的关键新基因来绘制。
二、神经元自主重构法则
1．DNA制造的生物人和神经元缔造的智慧人
关于人类起源的讨论已经持续许多年了，这里的关键是如何定义“人”的标准。笔者主张，对“人”的定义要分两步走。具体来说，第一步是DNA制造的生物人，第二步是神经元缔造的智慧人。
所谓DNA制造的生物人，是一种已经消失了的灵长类动物，它能够直立行走，手已经相当灵巧，可以制造并使用简单的工具，有着比较复杂的表情、手势动作和能够传达比较复杂信息内容的呼叫声，食物种类多而杂，脑容量大。
这种灵长类或灵掌类动物，在大约一百万年前左右，它的神经元智力系统指导其肢体举起了火把，将火当成了工具和信号，正是从这一刻起，DNA制造的生物人变异成为了神经元缔造的智慧人。举起火把是神经元智力系统最伟大的创造之一，它使神经元智力系统拥有了超越DNA智力系统的新能力，并树立起前所未有的自信心，以及迅速积累和发展起来的改变自然环境和生物环境的能力，而这种能力的表现之一就是智慧人对DNA的干预。
2．智慧人对DNA的干预
在北京的医院妇产科，近年有越来越多的孕妇放弃了正常分娩，而选择了剖腹产。对于从分娩到剖腹产的变化，用达尔文的进化论是无法解释的，因为这显然不是“无数随机的微小的”变异过程，而是一种整体的突变，并且是在智力系统直接指导下发生的。
类似剖腹产的情况非常多，事实上智慧人对DNA的干预从智慧人诞生的时候就开始，而且大有愈演愈烈之态势。当然，DNA系统对神经元智力系统等外来干预，并不是没有反抗和抵制；许多时候，遗传工程的目的并不是总能够达成，那些成功的遗传工程通常都是因为它们符合DNA的自洽性，而那些不成功的遗传工程则是由于它们遇到了DNA的排他性。
3．不完全水基生命和非水基生命
今天的人类自身，已经不再是纯粹的水基生命了，人的躯体不再是单纯由DNA制造出来的了：人们穿着用石油提炼物制造的服装，戴着复杂的机械表或电子表，手上拿着手机，残疾人安装着假肢，心脏病人佩戴着心脏起博器，时髦青年用化学染料把头发原色遮盖。……凡此种种，都在表明人类已经从水基生命变成了不完全水基生命，而这一切的主谋都是人的大脑这个迄今为止最复杂的神经元智力系统。
与此同时，人类还在试图制造出非水基生命，它们就是电脑和机器人。目前，电脑和机器人已经拥有了复杂的信息储存和处理功能，它们距离“生命”只有一步之遥，一旦电脑和机器人拥有了自己的生存乐趣，它们就会变成名副其实的生命体，尽管它们没有DNA，却仍然可以称之为生命，而且可以在更广阔的空间和更恶劣的环境里生存发展下去。从这个角度来说，神经元智力系统的自主重构法则，有朝一日也可能被非水基生命的自主重构法则所取代。