我国针对小金库问题，很早展开大范围的治理活动。1998 年全国查出小金库 100 多亿，而到 2003 年小金库数量已高达 200 多亿。2009 年，国务院颁布了《关于深入开展小金库治理工作的意见》，中央政府决定再次整合全国范围内的小金库治理工作。2009―2011年，共查获 23608 个小金库，涉及金额高达金额 119.18亿元，纠正违规违法资金 109.71 亿元，并追究了责任人，对其进行整顿。我国事业单位包括教育、科技、文化、卫生等领域，在我国经济体质结构中占有重要的作用和地位。将事业单位小金库问题作为研究对象对当今社会的发展具有极其重要的意义。
一、小金库的界定
小金库是指违规未记入会计账的共有资金，单位是否把属于共有性质的资金量化到会计账上，是确认小金库的关键所在。
小金库有以下特点：第一，违法违规性。即不按法律法规使用资金且不反应在会计账上。第二，普遍性。小金库现象情况严重，而且三番五次重蹈覆辙，形成了普遍性。第三，复杂性。事业单位的资金来源广泛，有出租国有资产取得的收入、行政事业性收费、罚款收入等。因此小金库的表现形式也非常多样性，比如通过虚假列支、转移财产等方式将罚款、租赁场地费、咨询服务费私立小金库。第四，隐蔽性。私立小金库现象是非法违规行为，因此其行动涉及人群比较隐蔽。第五，危害性。由于小金库的隐蔽性，不受国家财政的预算和监督管理，扰乱了我国的正常经济秩序，损害了人民群众的根本利益。
二、小金库的危害
1.小金库形成的原因
(1)事业单位占国有资产比重较大，房屋建筑物等固定资产居多。有的基层事业单位在缺少经费的情况下，会选择出租固定资产来填补经费。但是该经费不能用于国家不经准许的其他方面开支，更不能随意对外提供担保。不难看出，尽管管理上有严格规定，但固定资产的外租、处置等仍然是小金库的滋生来源。
(2)制度不完善。事业单位缺乏健全的内部控制制度，单位领导的法律法规意识不强，缺乏监督机制，不重要内部资产的管理，财政收支混乱，为私立小金库提供了广阔的空间。
(3)内外监督不到位。一些事业的工作人员，由于职位上的便利，打着为国家谋取利益的幌子，欺上瞒下，对职工滥发补助，搞小群体小范围共同利益，他们相互之间形成小集团，造成事业单位内部监督的乏力。另外，小金库的设立往往是隐蔽的，小范围人知道，从账面上是很难分辨出来的，
(4)惩罚力度不强。国家对私藏小金额的单位和个人处罚力度还不够，一般都是以罚款的形式，而不进行党政处罚和追究刑事责任。这种处罚形式得不到有效地制裁，小金库现象无法从根本遏制。
2.小金库的危害
(1)危害人民群众的切身利益。由于事业单位涉及领域广泛，所以关系到广大人民群众的切身利益。一些有执法职权的单位乱收费、乱罚款，助长了小金库的滋生。
(2)国有资产的流失。事业单位的经费有的来源于固定资产的对外投资、租赁、外借和担保等取得的收入，针对以上收入进行任意截留，就会造成国有资产的无故流失现象。
(3)严重阻碍事业单位的发展。小金库的存在势必会影响我们事业单位的发展。事业单位在管理上有自己独特的特点，这些特点就是滋生小金库的根源，所以事业单位的改革无法顺利进行。
三、治理小金库的提议
(1)提高教育意识。要提高领导干部对小金库治理的意识。把防御和治理小金库的办法和方式都列入事业单位的教育培训计划中，加强党风建设，建立健全的防治小金库制度，在培训过程中，要着重介绍财务管理的规范，让相关领导能了解小金库的来源和危害，列举出小金库违法违纪的事例，作为对事业部门工作人员的警示。
(2)强化日常治理。小金库的治理工作任重而道远，要从日常治理开始，提高思想意识，建立专治小金库的小组，迅速洞察出管理中的问题，落实责任人，并采取妥善的处理办法。要加强财务、资产管理等制度的完善，规范收支秩序，抵制小金库的长效性。
(3)建立制度化模式。内部制度的全局性是事业单位管理的可靠范本，因此，要加强事业单位制度的建设。针对小金库的防治管理，要重点提及，加强现金流的管理工作，加强预算管理，不能出现管理中的漏洞，是会计账及时进行披露，切实解决小金库问题。要从源头上切断小金库资金，强化预算管理的科学化、合理化，杜绝预算截留，规范各项收入和支出的管理和使用，避免财政资金的挪用，防止贪污腐败现象的发展。
四、加强事业单位小金库治理的措施
(1)深化事业单位的改革。国家应对事业单位的结构进行大调整。对一些承担政府职能的部门，可转变为政府机关;而对于一些具有自主经营，能自负盈亏的事业单位，可转变为具有经营性质的企业。另外，一些依靠国家全额拨款的事业单位，应该减少行政职能，压缩国家财政拨款的额度，遏制小金库现象的产生。
(2)对国有资产加强监督管理。要切实提高事业单位的管理效率，建立完善的监督管理机制，加大处罚力度，实行纪委等部门的垂直监管，减少私藏小金库现象的概率。
(3)公开化管理制。量化事业单位的日常工作和收支用途，实行国家和群众共同监督机制。建立健全的财务管理制度，对一些落后的管理办法，要及时修正和改进。限制招待费、办公经费、差旅费的使用额度，规范支出用途，提高资金流的透明度，保证会计核算的可靠性。