（4）知识产权保护的相关机构在工作中的不力与经验不足，使得高技术企业的知识产权保护未能达到理想的效果首先应该提出指责的是司法机关。法院与仲裁机构在知识产权纠纷案件的处理中无法达到及时、正确的裁断要求，使得确权纠纷中无法及时确定权属，侵权纠纷中无法有力打击侵权行为。
这里存在一个办案效率的问题。效率低的问题既有司法机关人员素质不高、工作作风拖沓的内部原因，同样还有司法机构、组织制度的根本原因。
知识产权案件的处理需要具有专门的知识，这种专业知识不仅包括法律知识，还包括自然科学等科学技术方面的知识，而我国的法官与仲裁人员或者欠缺法律专业知识，或者缺乏科学技术知识的素养，办案中遇到疑难问题无法及时解决。甚至在法庭上，有时出现原被告双方都明白所争议的问题但法官却不明白的情形。
而在司法制度中，专家咨询制度又亟待进一步完善。因此，虽然在法庭组织机构上我国设有专门的知识产权审判庭，但从人员素质上看，却并没有完全达到专业水平。
同样的问题也出现在知识产权的行政管理机构之中。行政权力在中国社会有其深刻的文化心理优势，并与企业、当事人交往更多。
由此，高技术企业普遍对行政机关存在较高期望值。在这种高期望值下，人们的失望落差往往也更大。
而且，行政机关由于在司法组织结构中的不确定地位，对严重的侵权而致犯罪的行为，缺乏防止措施和指控的权限；法院在刑事责任的追究中，按分工习惯，又将此类审判交由刑庭，而普通的刑庭往往缺乏追究知识产权侵权行为人刑事责任的能力。因此，高技术企业中经常反映，难与管理机构打交道，而且很难适用刑罚手段来保护自己，打击侵害者。
另外，知识产权代理机构、集体管理机构未能作为具有专门技术知识的专业经营机构在实践中发挥职能。知识产权中介机构缺乏和相应素质低，也是阻碍我国高技术产业发展，产生众多知识产权纠纷的重要因素。
我国也制定了一些法规来规范这些代理机构，如专利代理方面就有《专利代理条例》来规范。该条例规定了专利代理机关在专利申请前后的咨询工作、专利申请阶段的专利代理服务（如代写专利文件，提出专利申请、实质审查、专利异议，申请宣告专利无效等）以及取得专利权后的代理服务等广泛的服务范围。
然而，实践中，代理的运用并不普遍。这与高技术企业对代理机构工作性质与工作内容的重要性的认识有关；同时，代理机构内部效率与肃纪问题也是不容忽视的一个原因。
代理机构则不仅可以减少高技术企业在申请或注册过程中所需要的时间，同时还可以抓住侵权行为的要害，收集有利证据打击侵权。因为代理机构的职能不仅体现在申请文件的书写等方面，还有为企业提供法律服务的职能。
以著作权代理机构为例，我国于1988年4月1日成立了中华版权代理总公司，后改为中华版权代理公司。该公司代理著作权所有者或使用者收取转付酬金或版税，代理著作权所有者、使用者签订合同，为著作权所有者或使用者提供有关法律咨询服务。
这样，高技术企业便可通过著作权代理机构从繁杂的著作权相关事务中解脱出来。著作权管理中还有著作权集体管理机构。
这一机构在音乐、影视作品的著作权管理中地位尤为重要。信息技术给版权领域带业了巨大冲击，而在这场冲击中，著作权集体管理机构的地位尤其显得尴尬。
机构自身的管理方式面临技术更新，而对新技术下作品的管理，作为公众与著作权的中介者如何实现更好的服务，则是目前这些机构必须解决的问题。新技术要求管理机构在掌握新技术的同时，运用新技术进行著作权的管理。
三、对策与建议实际上，知识产权保护中存在的问题远不止于此。科学技术本质上是一个判断真理的权利问题，而法律则是一个判断正义的权利问题。
这两种分别代表了科学主义与人文主义两种不同的文化。[34]用哈贝马斯（Jürgen Habermas）的观点来说，这不单是“如何能够把技术上可使用的知识转化为社会的生活世界的实践意识”问题，科技进步与公共教育、政治意识等相关。
[35]但是，“判断真理的权利与判断正义的权利是相互依存的，尽管这些陈述分别服从各自的权威，在性质上并不相同。”[36]可以说，自从人类有思想以来，就不可能放弃对这个问题的思考。
知识产权问题可以说是这一问题的一个突出的交叉点；在进入知识经济时代更加凸显出来。因此，我们在研究知识产权保护问题时，不可避免地要与相应的制度、价值及文化等因素联系起来。
同时，高技术领域的形成及保持，需要一批高新技术来支撑。新增长理论认为，内生的技术进步是实现持续增长的决定因素。
[37]所以，在考虑保护知识产权的同时，如何保持企业技术创新能力、建立国家创新系统，也就是一个不得不考虑的因素。另外，由于我国技术落后、经济欠发达、权利意识淡薄等因素，我们在发展高技术产业和完善知识产权保护制度方面，不可能像发达国家一样通过一种自然增长来实现，往往需要实行政府推进才能实现。
这种政府推进型的模式则有不同的特点。