1、申请与受理交易各方经协商一致，达成贸易协议之后，登录公证网络平台，将经电子签名的电子合同加密后传送到电子商务公证网络中心提出公证申请，由电子商务公证网络中心予以证据保全确认，指定电子公证员办理，交易各方就成为公证当事人。电子公证员受理后，开始初步审查，与当事人就双方主体资格、意思表示、合同内容等各方面在公证网络平台系统聊天密室交谈，将交谈内容制作电子谈话记录，由当事人加具电子签名后予以证据保全确认。
2、公证审查。审查是指电子商务公证网络中心的电子公证员受理当事人的电子商务公证申请后，在制作公证书之前，对当事人申请公证的事项及提供的有关的证明材料从事实和法律两方面所进行的全面调查、核实工作。
审查是电子商务公证的最重要、最基本环节，也是区别于CA认证机构的关键所在。审查的好坏直接关系到电子商务公证文书的质量、电子商务交易的安全、当事人的合法权益、电子公证职能作用的发挥。
重点审查以下几方面内容：
（1）、审查当事人的主体资格、民事权利能力、民事行为能力。电子公证员监督当事人将电子签名提交电子商务公证网络中心验证。
从而审查当事人的身份、行为能力，电子商务企业的名称、法定代表人、是否拥有与电子商务行为相应的资证。
（2）、审查交易客体的真实性与合法性。其中，重点是审查当事人的意思表示和相应权利。
主要是审查当事人的意思表示是否真实，是否享有与申请的公证事项相适应的权利，有无弄虚作假．欺诈．乘人之危．重大误解等情况存在。
（3）、审查电子合同内容是否完善、合法。审查合同文字是否准确，有无歧义，模糊字眼，多重解释。内容是否合法，有没有损害社会公共利益。条款是否完善、合法。
（4）、审查与交易相关的事实的真实性与合法性。
3、公证调查。公证调查是指电子商务公证网络中心的电子公证员为确认公证事项的真实性．合法性而到网络中心以外实地核实．查证．取证工作。
调查取证是法律赋予公证机构的重要职权，也是公证机构收集证据的重要方式之一，调查可通过自行调查或者委托调查的方式进行。
4、出证。电子商务公证网络中心的电子公证员根据审查的结果，对符合出证条件的电子商务公证，在法定期限内，根据法定程序审批．制作．向当事人发送公证书。
5、公证书的送达．备份。电子商务公证网络中心电子公证员出具的电子公证书除通过网络平台送达当事人外，还应保存于网络平台，允许当事人凭电子签名自由查询。并备份防止意外。
（四）、吸纳人材，培训合格的电子公证员，办理电子商务公证。电子公证员是已取得公证员资格，成为电子商务公证网络中心成员，通过公证网络平台独立办理电子商务公证事务的公证业务人员。
电子公证员应当既是电子商务公证网络中心的电子公证员，同时也是各公证处的公证员。对于电子公证员的任职应当具备一定的条件，首先其应当是公证员，具备公证员应有的素质，掌握电脑网络基本知识，熟悉公证网络平台的硬件、软件环境，能在公证网络平台上独立操作，办理电子商务公证事务。
再经司法行政机关考核合格，取得任职资格，所有电子公证员的电子签名章必须由司法行政机关特别备案。结 语公证业务介入电子商务领域，是一个崭新的工作领域，是一项重大的系统工程，不仅有利于电子商务的蓬勃．健康发展，也有利于公证行业自身业务的开拓。
虽然目前仍受立法．网络硬软件技术．公证员电脑网络技能等方面的制约，我国电子商务公证的事业仍处于探索起步阶段，但正如 “公证在线”的何峻峰先生指出的：“与美国和欧洲这些传统强国相比，中国在电子商务公证建设上是国际领先的”，因为和其他国家或地区相比，中国的“电子商务公证”起步虽晚，但发展迅速。语美国相比较，美国虽然是电子商务公证这个概念的发源地，但因为英美法系从来都是重律师而轻政府，所以美国的电子商务公证由全美律师协会提出，而不是由美国的司法部提出，所以不具备普遍的约束力，因而推进缓慢。
而最重要的是，我们在理论上突破了同属于大陆法系的欧共体遇到的概念界定的瓶颈。欧共体至今还在为电子数据到底应该怎么界定而争论不休时，我们就提出“先画出大轮廓，然后再细描”的原则，先行了一步。
按何峻峰的话讲，“大轮廓描对了，是人还是动物总能分出来，那么大方向就不会错了。虽然在粗描的过程中会产生一些问题，但只要控制得当，为今后的细描打好基础，电子商务公证肯定会成为公证服务在电子商务时代一个全新的服务形态。
”同时，我们也要看到，电子商务公证涉及到社会信用安全，关乎大众的利益，其影响之深远关系到方方面面，这就不是仅仅依靠法律规范就能解决的。因此，在建立电子商务公证服务体系的同时，除必须制订相应的法律制度，确立其业务原则、确认其行为效力以外，还有赖于许多其他因素的配套扶持，而这些因素中有制度性的如经济制度，也有非制度性的，如提高整个社会的诚信度。
另外，电子商务面临的不仅有法律风险，更有技术风险，同样，电子商务公证成功与失败的首要因素，在于是否有基础性法律规范的支持，但同时还有赖于信息安全技术的成熟，而这一切都需要时间，需要努力。