参照企业IPO的要求，拟挂牌新三板企业也应具有独立性，实务中对于公司的独立性审查也比较严格。独立性主要表现为公司应在资产、人员、机构、财务、业务5个方面独立于控股股东、实际控制人及其控制的其他企业。
关于公司的独立性方面，无论是上市企业还是拟在新三板挂牌的企业，都无法回避两个重要的问题：关联交易和同业竞争问题。因为这两个问题都涉及到发行主体的利益，从而直接关系到中小股东的权益。对于IPO的企业来讲，同业竞争是红线，不可触碰;关联交易是黄线，必须规范。但对于到新三板挂牌的企业，一般不会有上市公司那样严苛的要求，在实务中处理的原则是：公司和控股股东、实际控制人之间尽可能不要有同业竞争，如果有相同或竞争的业务，就要剥离、停止和规范;另外，显失公平的关联交易要尽量规范和避免。对于同业竞争和显失公平的关联交易的界定，新三板的尺度要比IPO更宽。
一、新三板之定义
新三板是相对于旧三板而言，现在的新三板特指全国中小企业股份转让系统(National Equities and Exchange and Quotations, NEEQ，以下简称股转系统)，其是指全国中小企业股份转让系统有限责任公司(以下简称股转公司)运营的，为未能达到主板、中小板以及创业板上市要求，但符合《全国中小企业股份报价转让系统业务规则》(试行)规定的挂牌条件的股份有限公司的股份公开转让提供交易的平台。
其实，现在的股转系统与原来三板市场有很大的不同，不能简单地加个新字就能解释，应该称为股转系统比较合理，为说清问题，则延用大家都比较熟悉的新三板称呼。
二、关联交易
(一)定义
《全国中小企业股份转让系统挂牌公司信息披露细则(试行)》第三十一条规定：挂牌公司的关联交易，是指挂牌公司与关联方之间发生的转移资源或者义务的事项。《深圳证券交易所股票上市规则》第10.1.1条规定，关联交易是指在上市公司或者其控股子公司与上市公司关联人之间发生的转移资源或者义务的事项。故关联交易的定义是指公司或是其附属公司与在本公司直接或间接占有权益、存在利害关系的关联方之间所进行的交易。
(二)新三板对关联交易的认定和要求
1、如何认定为关联交易
《全国中小企业股份转让系统挂牌公司信息披露细则(试行)》第三十二条规定：挂牌公司的关联方及关联关系包括《企业会计准则第36号-关联方披露》规定的情形，以及挂牌公司、主办券商或全国股份转让系统公司根据实质重于形式原则认定的情形。对于关联方的认定，目前股转公司的审核态度是公司关联方根据公司法和会计准则确定即可，可不参考IPO标准。
2、监管部门要求
关联交易在符合一定条件的情形是允许存在的，监管部门对于公司关联交易的基本态度是减少和规范。公司存在的关联交易必须符合以下条件：
(1)实体上应符合市场化的定价和运作要求，做到交易价格和条件公允;
(2)在程序上必须严格遵循公司章程和相应制度的规定;
(3)在数量和质量上不能影响到公司的独立性;
(4)必须对关联交易进行信息披露。
(三)解决方案
对公司确实存在关联交易的情况，应该对此进行处理并解决。公司在挂牌上市前，需根据自身情况采取以下方法处理关联交易事项，以便顺利实现挂牌：
1、主体非关联化
主要方法有：将产生关联交易的公司股权转让给非关联方，对关联交易涉及的事项进行重组和并购，对已经停止经营、未实际经营或者其存在可能对拟挂牌公司造成障碍或不良影响的关联企业进行清算和注销，设立子公司完成原来关联方的业务等;
2、业务非关联化
即购买发生关联交易所对应的资产和渠道等资源，并纳入公司的业务运营体系;
3、程序合法化
即严格按公司章程和公司制度对关联交易进行审批和表决;
4、价格公允
即准备足够的证据证明交易的价格遵循市场定价机制。
三、同业竞争
(一)定义
所谓同业竞争，可借鉴已经失效的《股票发行审核标准备忘录第1号》的定义：同业竞争是指一切直接、间接地控制公司或对公司有重大影响的自然人或法人及其控制的法人单位与公司从事相同、相似的业务。故同业竞争是指发行人的控股股东、实际控制人及其控制的其他企业从事与发行人相同、相似的业务，从而使双方构成或可能构成直接或间接的竞争关系。
(二) 新三板对同业竞争的认定和要求
在具有同业竞争的两家公司之间，尤其是具有控制与被控制关系的两家公司之间，控股股东或实际控制人可以任意转移业务与商业机会，这样很容易损害被控制公司和投资者的利益。所以，为维护挂牌公司和以中小股东为主的广大投资者的利益，很多国家的资本市场对同业竞争都实行严格的禁止。
(三)解决方案
同业竞争如果存在，对挂牌是一大障碍，因此，如果判断公司存在同业竞争的情形，必须采取各种措施解决，具体如下：
1、收购合并
将同业竞争的公司股权、业务收购到拟挂牌公司或公司的子公司，吸收合并竞争公司等;
2、转让股权和业务
由竞争方将存在的竞争性业务或公司的股权转让给无关联关系的第三方;
3、停业或注销
直接注销同业竞争方，或者竞争方改变经营范围，放弃竞争业务;
4、作出合理安排
如签订市场分割协议，合理划分拟挂牌公司与竞争方的市场区域，或对产品品种或等级进行划分，也可对产品的不同生产或销售阶段进行划分，或将与拟挂牌公司存在同业竞争的业务委托给拟挂牌公司经营等;
5、多角度详尽解释同业但不竞争，关于这点前面已经提及，不再详述对于律师来说，只要发现有同业竞争的情况，必须如实披露，在法律意见书中对此进行详细说明，并出具明确的法律意见。