1、热电建设资金不足
2、行业管理工作急待加强
3、发展热电联产的产业政策不够落实
国家计委和原能源部发布了一些鼓励支持发展热电联产的文件，但实践中尚存在不少问题，很多方针政策不能落实，例如：
（1）政策不配套热电厂是节能企业，是国家确定优先发展的产业，但税收与金融政策不配套，原贷款利息优惠30％取消了，贷款偿还年限越来越短，供热原来不上税现在也要上税，致使一些盈利的热电厂也变成了亏损户。
（2）热电厂不参加调峰问题国家计委计资源（1989）973号文，明确提出“热电联产机组在供热状况下，不参加电网调峰，企业自备或联产供热小热电站新增自发电自用。供电部门不得扣减其原由电网供应电力、电量指标”。近期由于一些地方生产下滑，用电量减少，尤其是后夜用电负荷更少，有些电力调度部门叫背压机组的热电厂也减少发电量。
（3）上网电价与联网目前各地方对上网电价反映很强烈。有的地区由于上网电价过低，挫伤地方办热电的积极性，江苏省地方热电厂上网电量，电力局付一部分上网电费“三电办”补贴部分电价的做法，对发展热电是促进。
（4）热价问题热价问题是多少年来一直影响热电发展的老问题，电力部属热电厂绝大多数厂是供热亏损，供的越多，亏本越严重，而且从五十年代亏到现在，地方热电厂在“保本微利”的思想指导下，热价也走的较低，有的供工业盈利，供民用赔钱。有的工业与民用全赔钱。由于目前正处于调整时期，各地热电厂收取热费也发生困难，很多单位拖欠热费。
（5）环保效益问题热电联产集中供热能有效地改善环境质量，这已被越来越多的人认可，环保部门大量的调查数据也证明了这一点，但至今热电联产的建设并未从环境改善收到任何效益。
（6）同一城市的电、热价格确走问题最近几年来由于我国热电事业的发展，一个城市已经出现了若干个热电厂。由于这些电厂建设年份不同，有的建的早，已全部偿还完贷款。有的刚建成投产，开始偿还贷款。甚至供热量尚未达设计热负荷：这样不同的厂供电供热成本不大一样，但市里则统一规定电、热价格，造成苦乐不均的不合理状况。
4、科研设计力量弱
科研力量严重不足，至今尚无全国性的热电联产集中供热研究机构，远不能适应形势发展的需要，设计力量目前总的来讲是供大于求、个别地区甚至有过剩现象。
5、自动化水平较低
在热电联产集中供热建设中，前几年强调降低工程造价多，强调提高自动化水平少，一般新工程中，自动化水平都偏低，上微机自动控制的不多，而是投产后，运行单位自己再改造，现在用微机的热电厂已很普遍。
6、法制不健全
目前一些工业发达国家为发展热电联产集中供热，制订了法律、法规，中国尚未健全。今年为贯彻《中华人民共和国节约能源法》国家计委、国家经贸委、电力部、建设部制定了《关于发展热电联产的若干规定》。
7、国家尚无考核
热电的指标国家要求电力工业每年新增发电机组多少万千瓦。但未要求装热电机组多少？由于热电机组比凝汽机组造价高、单机容量小，在计划经济体制下用同样基建投资的情况，为多装机，只有多装大型凝汽机组。
8、凝结水回收太少