水利基建项目内部审计范围十分广泛，它不仅涉及到建设单位的财务收支，而且涉及到决策、规划、设计、概预算、招标、投标、物资采购、施工、监理等一切与建设项目有关的管理活动，它通过对这一系列的管理活动进行检查和监督，提出建设性的意见和建议，来帮助建设单位堵塞管理中的漏洞，进一步完善内部控制制度，提高管理效率、效果和投资效益。
审计的方法与技巧是取得审计证据的关键，它们直接关系到审计结论的正确与否和审计成功与失败的风险。而审计事项的目的不同、要求不同，审计的方法和技巧也就不同，死搬教条则会陷入困境，甚至出现错误。因此，根据项目的特性选择与之想适宜的审计方法就需要一定的技巧，而这种技巧不是凭空想象出来的，必须是从多年的社会实践中摸索出来。笔者根据自身的社会实践，结合水利基建项目的特性，归纳出几种水利基建项目内部审计的方法，现在这里抛砖引玉。
一、全方位参与法
就水利基建项目内部审计工作而言，内部审计人员的职责就是对水利基建项目进行监督和管理，适时地提出有利于投资控制的建议和意见，以帮助建设单位完善内部控制制度，改进工作方式、方法，进一步优化建设单位管理模式，从而最终达到降低投资成本，规范投资行为的目的。由于水利基建项目具有特定的运转程序，每个环节都是环环相扣的，即不能将每个环节孤立起来，也不能将它们顺序颠倒。因此，开展水利基建项目内部审计就必须要求内审人员积极主动地全身心投入，全过程参与，按照基本建设程序和规范，从头至尾地逐一检查与督促。只有这样，才能做到对该基建项目的运转情况了如指掌；才能得出正确的审计结论；才能适时地提出有利于投资控制的建议和意见，发挥内部审计的最佳潜能。
二、广泛收集信息法
内部审计不同于外部审计，它们的目的不同。内部审计的主要目的是帮助建设单位完善内部控制制度，改进工作方式、方法，优化建设单位管理模式；外部审计的主要目的是规范建设单位的投资行为。所以，内部审计不能象外部审计那样，单纯地依靠财务部门提供的信息资料是远远不够的。虽然财务牵扯的范围甚广，但是，由于它只是一个孤立的机构，掌握的信息资料必然带有有一定的局限性和片面性。因此，内部审计人员必须多方位、多渠道地去广泛收集一切于基建项目有关的信息和资料。可以通过参加会议，参与基建项目的可行性研究、立项、初步设计，咨询施工图设计人员、施工人员、监理工程师等等途径，收集最广泛的信息资料。只有在这样的基础上，才能使内部审计工作取得最佳效果。