方案将煤炭矿产资源补偿费费率降为零，停止针对煤炭征收价格调节基金，取消山西煤炭可持续发展基金、原生矿产品生态补偿费、煤炭资源地方经济发展费等，取缔省以下地方政府违规设立的涉煤收费基金。
煤炭资源税率幅度确定为2%至10%，由省、自治区、直辖市人民政府在此幅度内拟定适用税率，现行税费负担较高地区要适当降低负担水平。税率公布前要报财政部、税务总局审批。
此外，衰竭期煤矿开采的煤炭可享资源税减征30%优惠，对充填开采置换出来的煤炭，资源税减征50%。
两部门表示，下一步将会同有关部门加快推进其他品目资源税从价计征改革，清理规范相关收费基金，并逐步将水流等自然资源纳入资源税征收范围。