《审计署2003至2007年审计工作 发展 规划》将积极开展效益审计，促进提高财政资金的管理水平和使用效益作为今后审计工作的主要任务之一，制定了到2007年，投入效益审计力量占整体审计力量的一半左右的工作日标，并明确提出，财政审计应由收支审计并重向以支出审计为主转变。“财政审计作为国家审计永恒的主题”，其支出的效率、效益、效果如何不但关系到公共财政制度的建立，也必然是各级审计机关开展效益审计的重要 内容 。
财政支出效益审计程序
相对传统的财务收支审计，财政支出效益审计也应分为前期准备、具体实施和工作 总结 三个阶段，但各个阶段有共特殊性。
前期准备阶段，除下达效益审计通知书，通知被审计单位做好评价资料的准备，在审计调查的基础上制定审计实施方案外，还应根据被审计单位的特点成立专家咨询组，在专家的协助下制定效益评价工作方案。削定方案时应注意以下几个环节；一是注意审计评价体系与审计目标和审计对象的相关性；二是要考虑审计证据和评价指标数据的可获得性，三是效益评价工作方案的制定过程要有专家组成员参与其中并充分听取他们的意见；四是严格按照评价体系确定审计范围、内容、制定审计程序。
具体实施阶段，除摸清家底，查错纠弊外，重点应放在收集整理相关评价资料、核实评价基础数据上，并在实施过程中根据情况变化适时调整效益评价工作方案，根据修正后的目标和评价标准体系，及时调整审计工作思路。由于效益评价结论其有很大的弹性，该阶段工作的关键是统一标准。
工作总结阶段，主要是在对审计取证进行综合和相关数据处理的基础上，对审计发现的 问题 进行揭示，对问题产生的原因进行 分析 ，针对审计发现的问题和原因提出建设性的审计建议，通过这些建议来解决所发现的问题，在征求有关专家意见的基础上，形成最后的效益审计评价报告。
财政支出效益评价组织
财政支出效益涉及诸多方面，不仅表现为 经济 效益，还表现为 政治 效益和 社会 效益，这在实践中给效益评价增加了难度。因此，财政支出效益审计组在传统意义审计组的基础上，还应根据被审计单位或项目的特点从行业协会、科研机构、大专院校、社会中介机构和有关部门聘请专业人员组成专家咨询组。
一是由专家咨询组负责提供政策、技术等方面的咨询意见和建议。同时，为保证评价结果的客观公正，所聘请的专家组成员必须独立于所评价的单位或项目，即与所评价的单位或项目没有任何的经济利益关系；二是评价过程要相对公开化，评价小组在评价过程中要登记评价日志，记录所有重要的评价过程，建立评价档案，以备日后查询。三是审计部门应在实践中加大自身效益审计专家的培养力度，并逐步建立审计专家人才库，以提高审计效率，节约审计成本。
财政支出效益评价 方法
在长期的财政实践中，国际上 总结 出了一系列针对效益形式不同的支出项目的效益 分析 模型，总的说可以分为两类：对于那些有直接 经济 效益的支出项目一般采用“投入——产出”的效率／效益评价模型；对于那些只有 社会 效益且其产品不能进入市场的的支出项目可采用“投入——效果”或“投入——产出——效果”的有效性评价模型，也就是通常所说的“最低费用选择法”。
对经济建设类支出，一般来说测算其直接投入和直接产出比较容易，因此“投入——产出”的效率／效益评价模型在这一领域得到了广泛的 应用 。业务评价指标应包括项目规划的 科学 性、可行性、创新性、项目与国家或地区总体规划的一致性、立项目标完成情况、项目组织管理情况、项目的政策效应、社会效益、生态效益、经济效益等 内容 。财务评价指标应包括财务计划的科学性、资金配套落实情况、实际支付情况、财务信息质量及财务管理状况等内容。以上指标中，财务评价指标在传统财政财务收支审计的基础上，加上财务比率分析方法基本能够实现，而业务评价指标的实现在此基础上必须有所创新。如项目的社会效益应通过定性标准征求社会民众的意见；项目的生态效益应征求相关部门及专家的意见；项目的经济效益除对实际产出与立项指标进行纵向比较外，还应测算出全国或某一地区的经济效益标准，再与具体资金支出单位的实际经济、技术数据加以比较以评价该项目的实际运行效果。
对文教、行政、国防、医疗卫生等非经济类建设支出，由于财政支出公共性的特点，其产品的社会效益要远大于其经济效益。因此，对此类支出可将财政支出后引发的直接后果与政府确定的最终目标连接起来。在评价指标的选择上，由于政府在市场经济中的功能及其对经济 发展 的作用无法通过细微的单项指标进行反映，只有较大型的综合指标才能较为合理的用于非经济类建设支出的评价，因此应结合该类支出的特点以评价宏观效益指标为主，微观效益指标为辅。同时，由于各部门所要完成的目标差异较大，因此不同部门有不同的效益评价指标和方法。如对道路建设工程的评价，由于道路建谈的根本目的是为了解决 交通 堵塞 问题 ，项目建成后，不仅要评价道路修建的质量及资金的使用情况，即以上所提及的业务指标和财务指标，更重要的是要评价其他道路交通堵塞的缓解情况，社会民众的满意度等。在具体的评价方法上，可采用问卷调查、专家判断等形式。
财政支出效益评价的原则及标准
在进行财政支出效益评价时必须坚持以下原则：一是客观公正原则，即所采用的资料、数据必须是真实、可靠的，建立在审计机关对政府各部门财政财务收支及其经济活动真实性、合法性进行审计核实的基础上；二是科学完整原则，即所设计的评价指标要从被审计单位或项目的实际出发，兼顾国际、国内差别，将预算标准与客观实际相结合，并根据项目特点，科学设计评价标准，全面准确的反映财政支出的规模、使用重点及综合效益；三是简便合理原则，即根据支出项目的特点选择操作性、适应性较强的评价方法，进行评价的指标要简洁明显，易于判断。
审计人员可以利用的评价标准分为两类，即强制性标准和 参考 标准。强制性标准包括 法律 法规以及国家、地区或行业正式公布的部分标准，这是审计人员在进行评价时使用最多也是风险最小的标准参考标准包括专业机构 研究 或制定的专业标准、行业或地区平均水平和先进水平等公认的实践标准或最佳实务标准、其他国家的标准和经验总结、可行性报告、预算、产出能力等被审计单位稳定的标准、以前审计的经验总结等，参考标准对被审计单位来说不具有强制性，但对审计人员正确进行效益评价有着重要的参考价值。