寒冷季节多窖藏 香菜在窖内堆放高度一般为25～30厘米。入窖初期，可堆放在菜窖两道大门之间的过道或离窖门、气窗较近处。待气温明显下降后再移到菜窖内部贮藏。贮藏期，应控制窖内的温度不能超过5℃，否则香菜叶子易变黄腐烂。
气温较高季节可冷藏 选棵大、株壮、颜色鲜绿、无病虫的植株。收获时留根1.5～2厘米，收获后勿受热，及时加工处理，剔除病、伤等黄叶，捆成0.5千克左右的小捆，上架预冷，在库温0℃条件下预冷12～24小时，然后装入聚乙烯塑料袋。每袋装8千克香菜。松扎袋口，可以方便调节袋内气体成分，使袋内二氧化碳的平均值在7.8%左右，氧气为10.3%左右，商品率和保鲜指数均达90%以上，损耗在7%～8%。贮藏香菜的库温，最好恒定在-1.5℃～1℃，不能过低。此法可贮藏到翌年5月。
家庭贮藏的方法 1.将香菜摘净，不去根，洗净，装入塑料袋，最好是保鲜袋，封口前将袋内吹入空气然后置入冰箱保鲜层，可保存一周左右。或将香菜装入保鲜袋，同时放入一小块萝卜或胡萝卜（可为香菜提供水分），再将保鲜袋口扎紧并放入冰箱冷藏室，可延长香菜的保鲜时间。2.无冰箱的家庭，可选棵大、颜色鲜绿、带根的香菜，捆成0.5千克左右的小捆，外包一层纸（不见绿叶为好），装入塑料袋，松散扎袋口，让香菜根朝下叶朝上置于阴凉处，随吃随取，此法贮藏可使香菜在7～10天内菜叶鲜嫩如初。如要长期贮藏，可将香菜根部切除，摘去老、黄叶，摊开晾晒1～2天，编辫挂阴凉处风干，食用时用温开水浸泡即可保持香菜色绿不黄，香味犹存。