农民负担过重的根本原因是什么？简单地来说，就是乡镇财政支出过大，而农村税源严重不足；农业成本直线攀升，而农民收入相对减少；农民没有享受“国民待遇”，而负担了过多本不该负担的费用，等等。目前正在全国各地进行试点的农村税费改革，应该说是减轻农民负担的一个较好的措施，但是由于这个改革实质上还是调节性的，并没有改变长期形成的财税体制，因而仍然只能起到有限的作用，不能从根本上解决农民负担过重的问题。
究竟如何才能从根本上解决农民负担过重的问题呢？笔者以为必须从以下几方面下硬手：
一、撤乡并镇、压缩机构和精简干部，彻底减少乡镇开支 根据农村管理实际需要测算，根本不需要设立那么多的乡镇，也不需要设置那么多的机构，更不需要配备那么多的干部。由于县乡财政是“分灶吃饭”的，因而这么多的机构和人员，所需的办公和工资费用，都无一例外地要从农民哪里收来，费用之高大大超过了农民所能供养的限度，农民负担岂有不重之理！因此，只有撤乡并镇、压缩机构和精简干部，才能大幅度减少乡镇开支，堵住农民负担过重的源头。1999年，江苏省在全国进行了乡镇撤并的试点，撤并幅度最高达到50%，对于减轻农民负担收到了良好的效果。
目前正在进行的乡镇机构改革，就是以精简机构和人员为目标的，但是精简的力度远远不够，只在原来的基础上精简20%左右，虽然能缓解一下乡镇财政的压力，但是还不能把农民负担彻底减下来。因为乡镇干部原来的基数就很大，精简后干部的总数还很多，因而由人头产生的开支仍然不会少。要彻底解决乡镇机构和人员膨胀的问题，应该确定在今后若干年内，继续压缩乡镇机构和干部编制，直到缩减到一个合理的范围内为止。同时，为了防止出现以往多次出现过的边精简、边膨胀的恶性循环，必须长期冻结乡镇机构编制，坚决把乡镇进人的入口堵死。只要切实把乡镇过多的机构和人员压下来，把乡镇过大的开支减下来，大幅度降低了乡镇机构运转成本，农民负担何愁不能减轻！
二、国家财政应当担负农村社会事业性经费，取消本不该由农民承受的负担
农民负担过重的另一个重要的原因，是农民负担了过多的社会事业性经费，而同样的经费在城市是不用市民来负担的。比如乡镇开支中最大的一块是教师的工资，教师一般占到乡镇财政供给对象的70%左右，教师的工资也占到总开支的多一半。同样是义务教育，在城市办学由国家负担费用，所以城市居民不用交纳“教育费附加”；在农村办学却要由乡村统筹，归根结底是由农民自己出钱，所以便有“农民负担”而没有“市民负担”之说。除教育费附加之外，像乡村道路建设、计划生育、优抚、民兵训练和其他社会事业性费用，市民基本上都不需要交，但是在农村却都以“三提统筹”的名义，每年固定向农民收取。为什么同样的费用，在城市不向市民收取而由国家负担，在农村却要农民一一掏钱呢？这里面的不公平是显而易见的。
“三提五统”成了农民填不满的一个无底洞，长期以来，很多乱收费都是以“三提五统”为借口的。由于税是死的，基本上有帐可查，想搭车容易被识破；而费是活的，由征收者说了算，即使出了事，也往往不好查清楚，因而乡镇便常常以“费”的名义，把过多的财政赤字转嫁到农民头上，说苛“费”猛于虎也不过分。不取消上述一系列不合理的收费，要真正把农民过重的负担减下来是不可能的。社会事业性经费究竟如何筹集，国家应该对城市和农村一视同仁。向农民收缴“三提五统”已经20多年了，他们的收入本来就十分有限，再这样收下去于心何忍？
目前正在全国搞试点的农村税费改革，已经明确取消了“三提五统”，这自然是一个很大的进步，应该给予充分的肯定。但是这种“取消”只是一种名义上的取消，实质上是把“费”改为“税”加到农业税中，仍然变相地把“三提五统”收取了。而且，由于在计税方式上存在着许多含混之处，把相对比较软的“费”，改成绝对硬的“税”，表面看似乎可以避免乱收费的问题，但是因为征收者仍旧是乡镇政府，因而乱收费会不会以“税”的面目出现，现在还很难说。税费改革之后，农民仍然要负担农村社会事业性经费，没有得到和市民一样平等的待遇，因而这样的改革仍然是体制内的调整，并没有从制度上发生根本性的变迁。尽管税费改革后，农民过重的负担确实会有所减轻，大约能减轻20-30％，但是和城市相比，农民由于交纳了市民无需交纳的费用，从总体上来说负担仍然属于重的。因此，不能让农民和市民处于同等的地位上，真正取消单独向农民收取的社会事业性费用，要彻底把农民负担减下来只能是空谈。
三、变目前的农业税为所得税，给予农民以“国民待遇” 我国现行的农业税，从本质上讲还是一种“身份性贡赋”，而实行公民权利平等基础上的非身份性税法，是现代社会或市场经济社会的通例。从这个意义上来说，对公民个人最重要的是所得税，按照所得税累进制和低所得免税的原则，目前我国大多数农民由于收入低下，不应该成为征税的对象。但是现实情况是，由于计税方式上的不同，市民的收入高，交纳的税反而少；农民的收入低，交纳的税反而多，这里面的不公平实在是触目惊心！
从上面的比较和分析来看，应该把目前向农民征收的农业税改为所得税，才会体现非歧视性的公平的原则。因为我国农民所承包的土地，由于负载过重并且产出过低，目前已经不再具有生产功能，而只能作为社会保障手段来看待了。因而，要象收取资本税或增值税那样向农民收取农业税，只会使农业剩余更少，甚至连简单再生产都难以维持，从而使农民负担过重的问题，永远无法得到彻底的解决。
农村税费改革是一项涉及全局的工作，按单纯的税收问题来解决不会从根本上解决问题，最治本的办法就是改革现行财税体制，让农民享受真正的“国民待遇”。