一、村委会的性质
1982年宪法、1987年村委会组织法（试行）（以下简称试行法）都规定村委会是基层群众性自治组织。但常委会组成人员对这一问题的看法并不完全一致。少数同志认为，村民委员会应是具有基层政权性质的自治组织。因为从目前的实际情况来看，许多村委会事实上具有部分行政管理职能，起着准政权组织的作用。个别同志还建议修改宪法，取消村委会的自治性质，将其定为基层政权组织。但绝大多数常委会组成人员认为，无论从理论上看，还是从试行法实行10年的效果看，规定村委会是基层群众性自治组织都是正确的，是受农民群众欢迎的，应当坚定不移地坚持。几经讨论后，大家对这个问题取得了共识。1998年11月4日通过的村委会组织法（以下称正式法律）遵循了宪法和试行法的精神，依然规定村民委员会是村民自我管理、自我教育、自我服务的基层群众性自治组织。
二、村委会与乡镇政府关系 常委会分组审议和法律委、法工委征求专家、有关部门和地方意见时，出现了两种截然不同的看法。
一种意见认为，应当把指导关系改为领导关系，以加强乡镇政府对村委会的管理和控制。理由是试行法规定的指导关系，造成乡镇政府对村委会管理失控，不利于乡镇政府开展工作。有人说，要是村委会不听政府的话，那么多国家任务，光靠乡镇政府怎么能完成得了。因此，不仅要把“指导”改成“领导”，还得要求“村委会必须完成乡镇政府交办的任务。”建议把初审稿中乡镇政府“不得干预依法属于村民自治范围内的事项”的规定删掉。另一种意见认为，“指导”不能变“领导”，否则就是中国民主的倒退。现在政府改革的方向，是“小政府、大社会”，要做到社会能办的事情社会办，政府不该管的坚决不管，乡镇政府也不能逆潮流而动。过去农村政社合一时期实行的那种高度集权、过严控制的管理体制，已经无法适应经济体制改革后农村的需要，满足不了农民参与民主管理的要求，不改是没有前途的。现在农村的问题是，不协助乡镇政府工作的村委会少，不依法行政、干涉村民自治的乡镇政府多。如果再规定乡镇政府对村委会是“领导”关系，乡镇政府肯定会把大量行政工作压给村委会，并代村委会决定问题、任免村委会干部，这势必影响村委会的自治性质，不符合村民自治的方向。为此，一定要从法律上加强对乡镇政府行为的约束，保障农民的民主权利不受侵犯，促使乡镇政府学会用民主自治的方式管理、组织农民，建立新型乡村管理体制。所以，法律不仅要规定乡镇不得乱干预，还要明确村民自治的具体事项，使干预无可乘之机，并明确规定村委会有权拒绝乡镇政府违法施政的行为。
法律委在听取各方面意见后，认为将乡镇人民政府与村委会的关系规定为指导与协助的关系，符合宪法关于村委会性质的规定，也符合农村的实际情况。在试行法实施的十年中，并没有因乡与村的指导关系影响乡镇政府依法开展工作。这一意见最后被常委会组成人员接受，正式法律维持了初审稿中对乡村关系的规定。
三、村党支部在村民自治中的地位和作用
试行法、初审稿中，对此问题都未做规定。6月24日的第三次会议分组审议中，有9名同志提出应对村委会和党支部的关系作出规定。在8月25日第四次会议分组审议时，更多的同志认为不应回避这个问题。
对这一问题，大致有三种意见：有的要求必须写清楚。应当规定党对村民自治的领导，具体写法是“村委会是中国共产党领导下的基层群众性自治组织”。或者规定：村委会接受村党支部的领导，村委会是在中国共产党农村基层支部领导下的自治组织，等等。有的认为可以规定得笼统一些。因为党支部与村委会的关系，党章已经有了规定，法律可以笼统些。三是主张不用写。理由是党对国家的领导，宪法已作了总的规定，没必要在每一个单行法中再一一做规定，村委会组织法也没有必要作专门规定。
四、村委会是否应当有管理集体经济的职能
在这个问题上，绝大多数常委会组成人员的倾向性比较明显，即认为村委会应当有管理集体经济的职能。因此，正式法律只对试行法中的个别用词进行了修订，沿用了试行法“村民委员会依照法律规定，管理本村属于村农民集体所有的土地和其他财产”这一规定。 第二种意见认为，宪法规定，村民委员会是基层群众性自治组织，其职能是办理本居住地区的公共事务和公益事业，调解民间纠纷，协助维护社会治安并向人民政府反映村民的意见、要求和提出建议。不能将自治组织的职能与农村合作经济组织的职能相混淆。建议按照自治组织的性质规定村民委员会的职能，有关土地等资产管理、生产服务和协调等职能交由集体经济组织承担。
第三种意见认为，我国沿海和内地，南方和北方，村集体经济的发展和组织形式有很大差异。即使在经济发达地区，也有很大不同。有的设有村一级的集体经济组织，有的则由村委会承担集体经济组织的职能。应当根据不同情况作出相应规定。在没有设立村一级集体经济组织的地方，由村委会管理村集体经济或者代行村集体经济组织的职能。
村委会是否应有管理村集体经济的职能，是比较复杂的问题。其核心是对村农民集体所有的土地和其它资源，由谁作为代表行使所有权，行使发包权。现在一些经济发达地区，建立了村集体经济组织，由村集体经济组织代表村农民行使所有权。更多的地区则是由村委会代表村农民行使所有权。为了促进集体经济的长期发展，立法机关决定从实际情况出发，照顾各地的不同情况，基本维持试行法的有关内容。
上述四个问题，是关系到村委会在乡村组织体系中基本定位的重大问题，是支撑村民自治的基石。人们的意见分歧，从一个侧面说明，要统一对村民自治的思想认识，并非易事。法律中的许多问题，还需要实践、认识、再实践、再认识，需要在村委会组织法的实施过程中，积累更多的经验，在村民自治的实践中，逐步统一思想认识。