《审计署2006至2010年审计工作发展规划》提出，“全面推进效益审计，到2010年初步建立起适合中国国情的效益审计体系”。实施企业效益审计的目的在于加强管理、提高效益，通过对企业效益审计，增强企业管理意识、责任意识和效益意识，确保国有资产保值增值，为企业发展服务。在实施企业效益审计中，应关注以下几个重点问题：
一、内部控制制度的健全和有效性
内部控制系统是企业内部在实现管理过程中建立的各项内部要素的总和，主要包括行政管理控制、生产管理控制、质量管理控制、供销管理控制、劳动管理控制、财会管理控制、情报管理反馈控制和内部审计控制等。通过对上述控制系统的评审，提示被审计单位内部控制对于其承担的经济控制功能是否完备、健全;是否在实际工作中真正得到实施，并起到它应有的效用；在制度设置与运行过程中其制度成本是否低于实施控制后所能减少的非正常经济损失或所能增加的经济收益；在连续的若干个会计期内，在完备性、实效性和经济性三方面是否始终保持在一个相同或相近的水平上；在来自内部和外部干扰的条件下，能否仍然安全地发挥其正常的控制功能。
二、经济合同的必要性、合法合理性和完整性
对经济合同的签订、执行过程和结果进行审计监督，一是可以帮助企业完善经济合同条款，避免潜在的经济纠纷；二是可以强化企业内部控制机制，加强相关业务部门责任，避免经营风险；三是可以依法维护合同当事人的合法权益。审计的主要内容：
1、审查签订经济合同的必要性。主要审查企业资源是否可以满足该需要；是否已列入企业生产经营计划、投资计划或者其它计划，且符合该计划的要求；是否已安排了相应的财务预算。
2、审查经济合同的合法性、合规性和合理性。主要审查经济活动是否符合国家法律法规的规定，是否有违反国家利益或者公共利益；是否符合本企业经营方针、政策、计划的要求，履行该合同能否带来预期利益；对方的主体资格是否合法，签订合同的当事人是否有签订该合同的权利；对方是否有发行该合同的能力和诚意；选择对方签订合同的理由是否充分，是否有其它更好签订合同的对象。
3、审计经济合同条款和内容是否完整，意思表达是否清楚准确。主要审查标的的名称是否规范；审查数量的质量表述是否正确；审查价款和酬金是否明确合理；审查合同履行的期限、地点和方式是否明确和合理；违反合同的责任是否明确。
4、对于一些重大经济合同的审计，还应咨询法律顾问和相关方面的专家的意见，以便充分完善合同条款，防止在合同中存在任何法律方面或者技术方面的问题。
三、货币资金管理的安全性和利用的效益性
企业的货币资金包括现金、银行存款和其它货币资金。由于货币资金具有很强的流动性，为避免企业资产流失，保护财产安全完整，企业应加强对货币资金保管，建立货币资金的保管制度。所以，审计人员除了对货币资金收支业务进行审计外，还要对货币资金保管制度进行审计。重点是检查企业货币资金保管制度是否存在和有效，清点货币资金实有数，防止错款和舞弊，保证货币资金安全完整。同时也要对货币资金的利用效果进行审计，如果对货币资金控制失效，则要么造成企业货币资金余额不足，无法满足企业日常开支需求，造成财务危机，直至影响企业正常生产经营；要么造成货币资金持有水平过高，使企业相当一部分资金“沉淀”在没有收益或收益很低的状态，同样会降低企业的经济效益。尽可能压缩闲置货币资金额度，保持最佳货币资金余额，加速资金周转速度，提高货币资金利用效果，提高整个企业的经济效益。
四、不良资产的潜亏性
管理审计在铁路内部审计中的应用
经济责任审计与财政、财务收支审计的关系