朱棣信奉真武神与其父亲朱元璋有关。据《古今图书集成》记载，朱元璋年轻时为躲避追兵烧毁了武当山供奉玄天上帝的“草殿”。归途中玄天上帝托梦质问，朱元璋许愿说：“将来天下太平了，我赔偿给你一座金殿。”朱元璋在1361年前后，发动大军攻打势力非常强大的陈友谅。途中出现了乌鸦和龟蛇，为鼓舞士气，朱元璋巧妙地把这解释为玄天上帝的“乌鸦神兵”、“龟蛇二将”在保佑他西征，使军队士气高涨。朱棣的祖父、祖母也都信奉道教，这些对他尊崇真武大帝产生了巨大影响。
被“偏爱”的武当
建文元年七月癸酉（1399年8月6日），朱棣聚集将士，慷慨陈词：“我受封以来，唯知循法守分，今幼主嗣位，信任奸臣，横起大祸，屠戮我家，遵祖训，朝无正臣，内有奸恶，必训兵讨之，以清君侧之恶。”这个宣言被称为“奉天靖难”誓师宣言。此后长达三年多的战争，历史上称为“靖难之役”。
朱棣知道发动“靖难之役”违背正统伦理纲常，是大逆不道的，所以他要想动员将士，取得舆论支持，除了宣称靖难起兵是依据祖训讨伐奸臣外，还必须寻找其他的神奇力量来为其出师正名。明朝高岱《鸿猷录》里记载了祭旗时的一个场景，说朱棣念完了誓师词以后，突然阴云四合，烟雾弥漫，乌云翻滚，雷电交加。几分钟后乌云慢慢散开，到处都是黑颜色的旗帜，上面画着龟蛇。这个故事在李贽的《续藏书》《明书》上都有记载。
这在参加誓师祭旗的士兵心中留下了很深的印象，所以士兵们后来打仗的过程中，都认为有武当山玄天上帝真武神保佑。比如说白沟河之战，冬天，白沟河上面结满了硬冰，朱棣的军队刚从冰上面跑过去，建文帝的追兵就来了，可是冰面开始解冻，结果追兵全部掉到水里；夹河之战时双方军队对阵，不分胜负，这时西北边突然乌云翻滚，沙尘暴扑到建文帝的军队中，朱棣的军队趁机冲锋，这又是神保佑的结果。
朱棣取得天下以后，遇到很多反对的声音。在这种情况下，朱棣诛杀了齐泰、黄子澄等一万多人，甚至发生了灭方孝孺“十族”的惨剧。朱棣也知道单凭杀人是不能巩固政权的，于是他入继大统之后第一件事就是遣使祭真武，不停地宣扬武当山的玄天上帝保佑他，目的不外乎向天下表明新皇帝与真武神的特殊关系。敏感的武当道士得知这一消息，马上意识到复兴武当道教宫观的机会来了，于是积极帮助朱棣制造新的神话。到了永乐九年（1411年），朱棣正式开始修武当山。
恰到好处的“玄天瑞应”
6月，朱棣派靖难时有功的隆平侯张信和驸马都尉沐昕率领北京城的京官和工匠，浩浩荡荡，从南京出发开始到武当山来。走了一个多月到武当山以后，做好了各种各样的开工准备。
这时真武显灵的故事也出现了，首先就是“黄榜荣辉”。在很大的一面墙上用金粉写着皇帝的口谕。有一些云雾经常在黄榜上缭绕，所以就被称为“黄榜荣辉”。9月正式动工修建玄天玉虚宫，这天晚上，一朵车轮大的黑云，从山的南边缓缓飘过来，在工地上飘动，这个事被称为“黑云感应”。因为武当山供奉玄帝，“玄”就是黑色的意思，只要出现黑云都可以称为玄帝感应，玄帝显灵。
在武当主体工程营建的过程中，张信、沐昕这些亲信大臣一旦发现有什么瑞应出现，就及时向朝廷汇报，将武当山出现的每一件带一点儿神奇的独特的事情，都向朱棣奏报。
在武当山有一种很独特的植物叫榔梅果，按照《徐霞客游记》的记载，它是桃核杏实，上面有一些花纹，从外观上看，有点儿像杏子，比杏子还要小，金橘那般大小。传说是静乐国太子在武当山修炼的时候，拿了一个梅枝插在榔树上说，如果我修道成功以后，这个梅枝就会开花结果，就会结出榔梅来。
永乐十一年（1413年），武当山五龙宫的榔梅树开花结果，而且枝叶茂盛，果实很多。这件事被称为“榔梅呈瑞”，作为一个独特的显灵故事，榔梅被送到了南京城，永乐皇帝很高兴，文武百官，每人送两颗榔梅果。
黄金白银堆出来的道观
武当山修建工程由一神道、二观、八宫、十二亭台、三十六庵堂、三十九桥涵、七十二岩庙组成，各种建筑400多处，两万多间，占地约160万平方米。为建好武当山道教工程，朱棣前后发出的上谕就有60多道。武当山建筑群，是按《真武经》中的神话记载来设计布局的。宫观中神像、法器、幡帐等物，全部按皇家要求制造。由于整个建筑群是建在层峦叠嶂的武当山上，其施工难度可想而知。为了保护武当山自然景观，所用的木石等建筑材料，都是从山外运进山的。
有人说它是用黄金白银堆出来的，一点都不夸张。修武当山的很多木料是在四川砍伐的，先在长江上放木排顺流而下，到了汉口这些木排被截住，然后再顺着汉江运到武当山。有一根木材很奇怪，到汉口时不是像别的木头横着浮在水面上，而是直直地站在水面上。当时有个官员叫诸葛平，他派人到水下看，这根木材下面还有几尺高，没落到底，觉得很奇怪，就奏报说是神把这个木料留下来，应该用于武当山的宫殿建筑。工匠们使用特制的绳索拴住这根木料，拖到了武当山，迎到武当山最大的道宫玉虚宫里面，作为它的正梁，在《武当山瑞应图》里便绘有很多船拉着此木料从黄鹤楼前经过的画面。
修武当山的工匠从全国各地到武当山，走的多半是水路。当时湖南湘潭县的一位工匠叫刘忠，他从湘潭一带出发，走到了光化县乘船。在丹江口（当时叫均县）羊皮滩时，遇到大风暴雨，船停靠在岸边，一众工匠突然看到上游一个黑乎乎的东西被冲流下来。他们用长竹竿把它拨到岸边，一看，是直径两米多的一口大钟，他们都怀疑这是武当山的神钟，就把它献到了武当山玄天玉虚宫，驸马都尉沐昕、隆平侯张信很高兴，把这个钟供在玉虚宫的钟楼里面，又成了“水涌洪钟”的神话。
传说从永乐十一年（1413年）五月到八月，武当山金顶、紫霄、南岩、五龙宫，多次出现五色圆光，有些人还在圆光里面看到玄天上帝在里面，两边还有执旗和捧剑的。这种玄天瑞应姑且不论真假，永乐大帝乐得相信，下面的人自然也乐得迎合。最后有人把它画成了《武当山圆光图》献给朝廷，此图现在仍保存在北京白云观的博物馆里面。这种瑞应的故事，反复地宣传，实际上是进一步地来营造道教神灵保佑朱棣当皇帝，保佑永乐皇朝的氛围。