赵氏孤儿故事自《史记》的记载开始，就打上了鲜明的忠奸斗争色彩。为救孤儿，众多忠臣义士与以奸臣屠岸贾为首的邪恶势力展开了一场智慧与力量的双重角逐，忠奸之争的胜利与否直接关系到赵氏孤儿的存亡命运。而赵氏孤儿顺利长大成人，成功复立赵氏家族的故事结局，在一定意义上也可以看作是忠臣对奸臣的一次绝对性胜利。无论叙述方式随时代如何演变，赵氏孤儿整个故事系统在忠奸斗争方面都经历了忠奸力量的不断消长;有时忠奸势力相当，有时奸大于忠，有时忠大于奸，正是在这样的权力较量中，孤儿的命运随之跌宕起伏。历代赵氏孤儿故事里忠奸力量的消长和冲突情况的不同，可以反映出各时期忠奸斗争的不同特点。
一、宋前：从家国之争到为君王讳
宋代以前的赵氏孤儿故事在忠奸斗争主题上经历了一个从无到有的变化过程。忠的概念可以说是故事中一直存在并且是各文本的作者都极力予以强调的一点，而奸的元素在先秦的故事中则始终处于缺失状态。直到《史记》，奸臣屠岸贾的出现才弥补了奸臣缺失的环节，开启了赵氏孤儿故事的忠奸斗争主题。
先秦故事冲突的核心在于忠臣赵盾与晋灵公的矛盾，国君的昏庸与忠臣的屡谏不从构成二者之间的巨大冲突。除去赵盾遂成为国君所愿，而国君荒淫也引发民怨，于是有了赵盾拭君和赵氏灭族。在这些故事中，奸臣隐退，晋灵公实质上充当了类似后世奸臣的负面角色，其昏庸与残暴比之奸臣更是有过之而无不及。忠臣赵盾对国君的屡谏和耿直与君王的无视和厌恶形成了一种暗地斗争。强谏下的民主精神与君主个人独断的矛盾注定了赵盾的悲剧结局。一边是苦口婆心，强谏圣上的无奈与坚持;一边是荒淫腐败、蔑视生命的残暴与恶毒，善恶是非倾向十分明显。二者虽不是传统意义上的忠奸斗争，但同样可以看作是一种忠奸对立式的斗争，只不过君王走到台前，暂时客串了一把奸俊。
二、宋元：融入家国沦亡情绪的忠奸斗争
宋元时期，赵氏孤儿故事在忠奸斗争主题上的突出特点是融入了家国沦亡的危急情绪。从宋代内忧外患的时代背景到元代异族统治、江山易主的历史事实，赵氏孤儿故事可谓均参与其中，或激励了铁蹄践踏下宋人空前强烈的爱国热情，或平添了元蒙武力统治下汉族江山不保的渭叹与感伤。
之所以对流传已久的赵氏孤儿故事进行主题上的重大改编，离不开杂剧作者纪君祥所处时代环境和人生经历的影响。故事讲述的是春秋之事，反映的却是作者的元朝情志。蒙元统治下的汉族知识分子社会地位低下，仕进无门，漂泊无依的中原心绪只能化作杂剧创作中的一缕幽思、一腔悲愤。《赵氏孤儿》便是纪君祥国破家亡之恨的流露，渗透了浓重的反元复宋思想。元代的民族歧视政策更加剧了汉人对文治兴盛的宋朝的怀念，江山易主情绪投射在赵氏孤儿故事中就化作了奸臣屠岸贾拭君篡位的巨大野心。对奸臣的极度强调和对君主王权正义性的弱化对比鲜明，成为此时期赵氏孤儿故事中忠奸斗争的突出特点。改朝换代，似乎一触即发，君主的权威受到了前所未有的挑战。这一方面隐含了纪君祥对君主昏庸无能的愤恨，正是君昏才致国家衰颓，奸臣当道;另一方面也表达了作者对奸邪暴虐屠岸贾的极度谴责，故事中的屠岸贾妄想夺权取而代之，无异于元蒙侵占宋土。反屠岸贾以复赵氏，实际上象征着作者反元复宋的家国理想，影射之意时时流露文间。
三、明清;二元对立模式的忠奸斗争
明清时期的赵氏孤儿故事在忠奸斗争方面体现出强烈的儒家正统政教色彩，忠奸斗争不再以损害君主权威为指向，而更具道德评判意味，忠与奸的绝对对立恰恰成为弘扬忠君爱国思想的最佳方式。在明清时期的赵氏孤儿故事中，道德评判代替法律，成为衡量忠奸斗争的唯一标尺，尤其是杂剧中忠奸界限分明，犹如径渭之水。这种忠奸二元对立的绝对性与强烈的道德评判性，要追溯至儒家伦理道德观对忠君思想与人伦道德的推崇。孔圣人率先提出以仁、礼为核心的道德体系，其对伦理道德的强调一开始是包含着一定的民主、平等因素在内的，而后世的儒家学者们在传道过程中却不断将这种伦理道德绝对化、强制化，到了程朱理学手中则被更加地大肆阐扬，逐渐变得僵化冷漠。人性之善恶，被比之于阴阳，抹杀了人类复杂的道德情感，而片面地强调忠孝节义，倡导绝对高尚的伦理道德，忽视了个体要求的丰富性。程朱理学至明清时期已经发展成为中国封建思想的正宗，顺理成章地占据了中华文化统领的宝座。思想领域完全理学化的结果造成了故事中忠臣义士与乱臣奸党两两相对的斗争模式，人物性格简单苍白，脸谱化严重。
总而言之，赵氏孤儿故事的文本演变，实际包含着丰富的忠奸斗争意识，从历代忠奸元素的互动关系入手，可以展现春秋至清代赵氏孤儿故事中忠奸斗争的嬗变轨迹。