“合作政策”的推行使清政府在许多事务上对列强更加依赖。清政府开始雇佣外国军官，聘请外国人担任海关总税务司和船政监督，在华外国人士逐渐参与到中国的政治活动中。
西方各国公使终于第一次以鞠躬礼觐见了同治皇帝。清朝政府在出使中的“交流”和“礼仪”这两方面的愿望都落空了：蒲安臣成了美国能够代表中国参与国际事务的证明，而大清皇帝也降位为一个落后而被动的东方国家的普通君主。
“中国的保护者”
蒲安臣在成为众议员后，加入了共和党。他支持林肯竞选总统，并尽心尽力地为其推荐幕僚，因此招致反对者的抨击而在次年失去自己的议员席位。林肯为此深感不安，他上任后，很快就任命蒲安臣为美国驻奥地利公使。但是，因为蒲安臣曾经发表过同情匈牙利革命的演说，奥地利政府宣布他是不受欢迎的人，拒绝他就任。于是，林肯1861年6月14日重新任命蒲安臣为驻华公使。
在取得西方列强和中国政府信任后，蒲安臣开始不遗余力地在中国推行“合作政策”。他曾在1864的信件中对“合作政策”做过具体说明：“在中国，对于一切重大问题我们要与各国协商合作;维护我们应得的条约权利，保卫条约口岸;在纯粹的行政方面，在国际化的基础上支持在外国人管理下的海关;支持中国政府在维持秩序方面所做的努力;在条约口岸内，不要求、也不占用租界，不采取任何方式对中国政府管辖自己国内事务进行干涉，不威胁中国政府的领土完整。”可以看出，蒲安臣“合作政策”的真实目的是借“不干涉、不威胁”清政府统治的外壳，与西方列强合作，来保障美国在条约中谋得的利益。蒲安臣为何要“合作”而不是与西方各国争夺在华利益？
19世纪中期，欧洲各国为了不同的利益在中国展开了角逐。英国致力于保护和促进在华经济利益，法国努力在政治和文化方面发展在华利益，而俄国着眼于领土扩张。美国的利益本质上是经济的，但由于军事力量不足，所以既反对英国对中国动武，又想分享英国军事胜利的成果。到了19世纪60年代后，在华各国的形势发生变化：英、法、俄、美四国都已经凭借《天津条约》《北京条约》以及《瑷珲条约》扩展了自己需要的在华利益，但都想通过某种途径来限制其他国家，而且“一个由清政府统治的表面上统一的中国，比一个被割裂的中国更有利于它们对中国的掠夺”。于是，“合作政策”就在列强之间酝酿出台了。
“合作政策”的推行给美国带来的极大的好处。蒲安臣认为“合作政策”使美国的“传教得到扩展，贸易增加了三倍，科学家被聘请，惠顿的《国际法》被翻译和采用，军事教育被采纳，近一百人为中国机构服务，汽船增加”。美国还借助“合作政策”，通过帮助他国和清政府订立新约的机会来扩大自身利益。“合作政策”的推行使清政府在许多事务上对列强更加依赖。清政府开始雇佣外国军官，聘请外国人担任海关总税务司和船政监督，在华外国人士逐渐参与到中国的政治活动中。蒲安臣推行“合作政策”的潜在目的也为一些清朝当权者所洞悉。例如湖广总督李鸿章在其上奏中指出，所谓“合作政策”即是“欲挟各官以制百姓，挟朝廷以制官民”。但是，在“合作政策”的推行过程中，相对于其他国家，清政府对美国更加信任，美国成了最能“保护”清政府统治的外国势力。蒲安臣也通过对“合作”政策的极力倡导博得了清政府的好感，为日后清政府“用其为使”铺平了道路。 蒲安臣的双重身份
当时的清政府对于派使出国的这一大事，既迫切又顾虑，但考虑到出使人选问题，又遇到了大难题。清政府历来不重视“夷务”，直到1868年，仍未向外国派遣正式使节。很多官员也不将办理外交事务视为“正途”。例如，在1866年，随斌椿、赫德游历欧洲的同文馆英文班学生张德彝对自己的英文班学生出身始终抱着强烈的自卑感。他教导儿孙，“国家以读书能文（指科举）为正途。……余不学无术，未入正途，愧与正途为伍”。
1868年是中美《天津条约》签订十年的修约之期。因此，1867年下半年，清政府开始认真考虑如何“修约”，并准备派使臣出国交涉。但是，由于缺乏具有外交经验和外语能力的人才，清政府在人选方面十分踌躇为难。另外，中国一旦遣使访外，必然会遇到中国使节如何向欧美各国元首行礼的问题。中国使节不能向欧美各国元首行跪拜礼，只能按西方礼仪行鞠躬礼，而今后外国公使也许会要求比照办理，同样以鞠躬礼向皇帝行礼。总理衙门不愿让中国使团的觐见礼仪成为各国公使团不对中国皇帝行跪拜礼的理由，从而丢掉了中国的“天朝上国”的地位。而蒲安臣这一美国人的身份，也让清朝统治者感到“西洋各国，互相遣使驻扎，不尽本国之人……原无分乎区域。用中国人为使，诚不免于为难，用外国人为使，则概不为难”，从而解决了礼仪问题。
蒲安臣声称，正是由于清政府再三要求，他才同意接受清政府的委任，代表中国出使各国的。事实上，他并非如此被动。当时应奕之邀参加谈话并任翻译的美国人丁韪良所作的记录是这样的：“蒲安臣已经做了两任驻华公使，准备回国参加政治活动。他收拾行李后，赴总理衙门与恭亲王及衙门诸大臣辞行，恭亲王邀我充任翻译。双方都表示诚恳地深切惋惜后，蒲安臣声明，愿意就列强误解中国的问题，为中国说话。”而中国海关总税务司、英国人赫德在写给继任美国驻华公使劳文罗斯的信中说：“蒲安臣先生去总理衙门辞行。他问恭亲王，自己即将离开中国，能否为总理衙门出点力。恭亲王以玩笑的口吻答道：‘你或许马上可以做我们的使臣！’”
对蒲安臣信任有加的奕亦积极向皇帝上请派蒲安臣为代表中国政府出使大臣的奏折：“臣等因遣使出洋，正苦无人，今蒲安臣意欲立名，毅然以此自任，其情询非虚妄。”很快，皇帝奏准钦派蒲安臣为“办理中外交涉事务重任大臣”，出访“有约”的欧美各国。为了平衡与英法等国的关系，清政府还按照总税务司赫德的建议，加派英国驻华使馆翻译官柏卓安和海关法籍职员德善为左、右“协理”，会同总理衙门章京志刚和礼部郎中孙家谷为一起办理中外交涉事务，再选派同文馆学生随同出使，一行共约30人。
从清政府的官衔设置上看，蒲安臣并没有被授予任何品级，志刚、孙家谷都是二品，蒲安臣与他们之间并没有上下级关系。而且清政府给蒲安臣的八条出使条规中指出：
一、……此次出使官员，既奉特旨，应按照中国定例，与贵大臣及各国无论何项大臣，皆一体平行。二、中国派员会同贵大臣前往各国，所办之事，所到之处，该员自必与贵大臣和衷商酌，但无论何项大小事件，务望贵大臣逐细告知，俾该员一切了然，以便寄知总理衙门核定。……五、中国钦命之员，会同贵大臣前赴各国，遇有彼此有益无损事情，可准者，应即由贵大臣与钦命之员酌夺妥当，咨商中国总理衙门办理。设有重大情事，亦须贵大臣与钦命之员，开具情节，咨明中国总理衙门候议，再定准否。
然而，美国驻华使馆秘书、蒲安臣的密友威廉斯在将清政府任命蒲安臣的训令翻译成英文时曲解了文意，蒲安臣从与志刚和孙家谷平等的官员上升为“支配和负责使团一切事务”的全权代表。他有权单独和各国政府讨论“一切事务”，而不需“逐细告知”，使中国官员“一切了然，以便寄知总理衙门核定”。当他对这些事务做出决定时，志刚与孙家谷要和他商酌，再把相关的函件送到总理衙门，也不需“与钦命之员，开具情节，咨明中国总理衙门候议，再定准否”。在蒲安臣到达美国，向西华德递交面见总统的申请、面见美国总统安德鲁・约翰逊时，他都强调了自己在使团中的官职是最高的，并拥有中国政府授予的“一品官衔”。他还称志刚与孙家谷是“处理与中国通信事务”的“学员”。在美国各地为中国使团举行的宴会上，蒲安臣也被视为中国使团的“高贵领袖”。但是这样一来，蒲安臣不但成了中国使团的全权代表，甚至可以凌驾于总理衙门之上，并代替中国政府做任何决定。 他面见约翰逊时，还表明，中国接受西方的法律和外交政策。约翰逊表示对中国“热切改善国际关系和商务”，“接受基督教国家的政策”感到高兴，为目睹“国家的代表们用平实的工作使中华帝国如此之早地、直接地进入文明国家的大家庭”而感到欣慰，中国“虽然到现在为止还是被动的，将会被引导而在文明的进步中发挥积极的角色”。在约翰逊的话语里，中国使团的第一站――美国就是中国发展的重大转折地。在这里，中国不但在外交、国际商务和宗教方面有了实质性的转变，而且得以由一个“半文明”国家吸纳入“文明国家的大家庭”。而约翰逊特别强调的是，“国家的代表们”的工作，是这种转折的决定性力量。有趣的是，他在这之后特意指出“恭亲王和文祥代表中国，蒲安臣代表美国”。这样，蒲安臣的中国使臣角色被暂时弱化，而他的前美国驻华公使角色被强化了。通过这种角色调整，中国只能通过一位美国政客的代表和美国的引导才能参与国际事务，从而使自身文明得到进步的逻辑就建立起来了。
蒲安臣在这次面见中，带领中国使团向约翰逊行三鞠躬礼，还亲自向约翰逊呈递了中国国书。这使清政府对觐见礼仪的思虑和安排完全落空。给蒲安臣的八条出使条规中第三条曾规定：“此次中国所派之员，将来到各国时，似可暂毋庸相见，或偶而相遇，亦望贵大臣转达，彼此概免行礼。俟将来彼此议定，再行照办。”而在给蒲安臣的咨会中也强调：
“今贵大臣出使美国，仍可按照前式办理，兹本王大臣奏请钦颁国书，交贵大臣恭前往美国，希即仿照从前美国使臣在中国由大臣代递国书之礼办理……将来在美国及别国，如有欲照泰西礼优待者，贵大臣不能固却，即亦不为遥制。但务须向各国预为言明，此系泰西之礼，与中国体制不同，因中国无论何时，国体总不应改，不必援照办理，不得不预为声明。”
但是，在此后访英、法、瑞、丹、荷、普、俄各国时，蒲安臣也都按西方礼节觐见各国君主，亲自呈递国书。
对于此次出使中，中国官员按照西方礼仪觐见外国首脑的行为，今后外国使臣觐见中国皇帝时“不必援照办理”，蒲安臣是否“预为声明”了呢？志刚等人回国之前，英国驻华公使阿礼国要求总理衙门比照蒲安臣面见英国女王的方式，制定“外国公使觐见礼”的相关仪节：
“前年蒲大臣出使时，贵衙门既有咨会，应一律照会各国钦差大臣。蒲大臣到各国时，亦应豫为言明。乃蒲大臣并未宣之于口，蒲大臣在外国行觐见之仪，未言中国无报施之礼。如此大事，中国本系理所应为，自无俟外国相强。各国出境大臣，阻其入觐，即为不以客礼相待。”
“平等条约”
蒲安臣出使美国的一个重大事件是他代表中国政府与美国签订了《天津条约续增条款》，又称《蒲安臣条约》。条约对保护中国在通商口岸的主权、中国在美国设立领事、尊重两国侨民的宗教信仰、两国人民向对方国内的移居事宜、两国人民在对方国内就学和办学事项以及中国内政和国内电报和铁路的建设等事务做出了约定。这份条约的签订是否是清政府的本意呢？在条约签订之前，蒲安臣曾单独驱车前往国务院，与西华德几度密谈。条约是由西华德起草的，内容原是英文的。志刚与孙家谷不识英文，其他中国官员职级又低，所以中国官员不可能对蒲安臣赞同的条约草案做出重大的修改意见。修约之事应属“重大情事”，但是蒲安臣并没有“与钦命之员，开具情节，咨明中国总理衙门候议，再定准否”，而是自己安排了修约的日程。
为什么蒲安臣能够代表中国政府直接与美国政府签约呢？如前文所述，经过对出使条规的不对等翻译和蒲安臣在安排面见总统事务时对自己职务的篡改，蒲安臣成为了总揽中国使团大权的，可以正式代表中国政府签订国际条约的人物，而志刚和孙家谷从与他平级的地位降为他的副手。而这一点被写在了蒲安臣与美国总统约翰逊正式签订的条约英文本的开头：蒲安臣的职务从清政府授予的“办理中外交涉事务重任大臣”变成了“特命全权公使”，而“二品顶戴办理中外交涉事务大臣”志刚和孙家谷成了“中国二级官员，皇帝和全权公使的高级副使”。这和准确指明蒲安臣和志刚、孙家谷的官级的条约中文译本是完全不符的。但是这样一来，中国的“特命全权公使”当然可以代表中国政府与他国订立国际条约了。
蒲安臣在波士顿的极富激情的演讲中，宣扬刚刚订立的条约的意义：“允许我简要地说，这个条约的初衷就是希望给予中国管理自己的权力，就是对抗那种从她身上剥夺这种权利，并将它交给基于利益的任性和基于武力的蛮横的侵略精神……这个条约源于并发展了西方各国近年来在北京达成的合作政策――这政策替代了旧的暴力信条，是公平的外交行为。”在蒲安臣看来，《蒲安臣条约》的原则和脉路都来自于他在担任美国驻华大使所发起的“合作政策”。没有“合作政策”，就没有《蒲安臣条约》。换言之，没有美国的国际影响力和外交活动，中国就不可能得到管理自己国家的权力，国家安全也无从谈起。
蒲安臣在波士顿的演讲中强调中国与美国的相似和平等，首先是地理状况的相似和国土面积的相似;其次，“中国人也坚守这样伟大的信条，认为人民是权力的来源。你们通过投票来选举，中国人通过竞争考试选举。你们因为你们的市民获选而庆祝，他们因为学者获得官级而庆祝。他们鄙视等级制度，就像你们一样。你们容忍接纳各种信仰，他们也是如此。你们根据人民的请愿来制定法律，他们根据政府的备忘录去制定法律。……所以中国并不是一片没有纲常纪律的土地，她是一个法制国家。而且，中国的教育系统也和我们的很相似。在中国，教育处于自愿，而且中国人也对他们学校给予高度重视，把教师奉为世上最崇高的人。”但是，这种相似和平等是以中国接受美国的国际政策和法律为基础的，就像蒲安臣在纽约的演讲中所描述的：“她追随着你们的国际法来到这里;她告诉你们，她愿意按照这国际法来和你们建立联系，她愿意接受国际法赋予的权利和义务。”蒲安臣进一步说：“他们（中国代表团）完全地相信西方文明的精神。” 蒲安臣对中国的正面描述，和14年后充斥于美国政客口中和美国报纸上的中国的自然环境与美国迥异、政府专制、人民无知落后信奉异教以及中国没有法制等以排华为目的的话语完全相反。在14年的时间里，中国经历了彻底的倒退和变化当然是不可能的。这种鲜明的对比，是美国基于自己的移民政策，为中国建构相互矛盾的形象的写照。中国的形象并非基于中国的实际情况，而是基于美国的需要。
蒲安臣在谈到条约的第五条款的时候，谈到了这种需要：“这个条约在打击苦力贸易的同时，欢迎冷静勤勉的人们成为我们国家的自由移民，正是这些安静的劳工我们能够在内华达州的塞拉山顶峰铺设太平洋铁路。”但是他却宣称：“我很自豪，美国没有为自己要求任何东西;我很自豪，这个国家（指美国）签订了这样的一个条约，它的每一字每一句都是为了中国的利益，而且使整个人类都受到影响。”而美国国务卿西华德其实对美国从《蒲安臣条约》中获得的利益心知肚明，称这个条约“包括了当前美国政府认为极需用修改1858年条约的办法来加以调整的全部主要事项”。
蒲安臣在美国的活动得到了美国报刊的热烈回应。《纽约时报》撰文赞许中国的进步：“没有哪个国家在采取自由观点的时候有这么快的进步，住在他们东边的生气勃勃的岛国人民（日本人）也不例外。”《柏林顿日报》还发表评论文章，抨击《利彭科特杂志》中的排华文章，细数华工的好处，提倡“对中国移民实施更自由的政策”。虽然部分美国报刊对于华人仍持负面态度，但是它们普遍对美国的未来更加自信：“我们不难相信新的和平政策比先前的武力政策更有力，世界上最富裕的帝国的永久霸权终究属于美国”。