自媒体不同于传统媒体，缺乏自身独有的传播和出版渠道，无法通过权威发布渠道宣示自己的版权。在网络版权保护尚不成熟的条件下，自媒体版权保护面临的境况更加复杂。
自媒体版权保护面临的困境
1.缺乏基于自身个性的立法保护。目前，我国针对网络版权的保护尚存不足，主要参照传统版权保护体系，作为后起之秀的自媒体版权保护则依附于《著作权法》、《信息网络传播权保护条例》等网络版权保护的共性之中，缺乏基于自身个性的立法保护。
当下，自媒体版权的宣示主要通过作者在文木附带的一个禁止性声明，如“未经本人授权，严禁任何形式的转发”或微信朋友圈里对原创微信号的展示与说明等形式。在这种版权归属明晰的情况下，没有经过作者许可的刊发行为，不管盈利与否以及影响力的大小，都是侵权行为。自媒体侵权现象发生后，由于缺乏明晰的法律依据和低廉、便捷的维权途径，也尚无专业的自媒体维权协会可依赖，因此，常以频曝光、求关注的形式自救维权。
2.无意识侵权呈常态化。2015年新年伊始，微信上便是一片由抄袭问题引起的“道歉潮”，“1人原创，99人抄袭”成了微信公众号的真实写照。通过自媒体平台，庞大的草根群体实现了实时的作品出版与传播，大量数字作品涌现，充分展现了民间智慧力量。一方面，多种存在形式的数字作品随着用户群的增加呈现出井喷；另一方面，由于自媒体免费使用习惯的存在，造成自媒体版权意识的匮乏，无意识侵权呈常态化。
自媒体用户版权意识的缺乏，既表现在原创者通过自媒体平台发表的作品无主权宣示意识和保护意识，也表现在使用者无尊重版权意识，对于数字作品的共享和转载表现出较大的随意性。此外，针对自媒体版权保护的具体对象的界定缺乏明确的解读，也造成自媒体用户对自身何种程度的作品受到版权保护感到困惑，这也在一定程度上淡化了公众的版权意识。
3.高频传播，版权归属认定困难。在自媒体平台上，由于传播主体多样、传播信息量大、传播渠道多元以及传播主体的隐蔽性等原因，信息在多次传播后，容易出现失真，作品的原创作者容易被篡改或误传，作品本身也容易不经允许被随意转载、分享乃至二次创作，使得侵权逐级扩大，出现共同侵权的局面，版权的归属认定和侵权主体的认定则变得繁杂。同时，信息传播通常作用于意识层面，因此所造成的损失具有较大的不确定性以及滞后性，举证也变得困难。
4.侵权定性难，维权成本高。自媒体版权纠纷中涉及的主要有信息网络传播权、署名权、修改权、保护作品完整权、改编权等权利。虚拟的公共话语空间，自由并非无边，但在自媒体平台上盛行“拿来主义”，对传统版权保护体系的借鉴并不能很好地运用并解决自媒体版权的新情况和新问题。
目前，无意识侵权一般通过和运营平台沟通协商，以道歉并终止侵权行为的形式和平解决，大多自媒体侵权事件也都停留在这一阶段。若是有意侵权且造成的结果恶劣，则一般先向服务提供商的法务部门以律师函的形式进行权利申诉，要求平台承担删除义务，收集证据诉诸司法是最后的选择。但由于举证困难以及高昂的时间和经济成本，大多弱势的维权个体选择放弃或转而以曝光的形式持久对抗。在这个过程中始终缺少一种强有力却低廉便捷的维权渠道，维权途径单一且实际适用性不强。
对策
1.强化版权意识和版权维护能力。2014年8月28日，人民网、央视网、中国青年网等百余家媒体在京成立“新媒体版权联盟”，中国版权协会秘书长孙悦评价此举对保护原创内容的互联网传播、净化网络环境、促进版权产业健康可持续发展具有积极的意义。2015年微信公众平台新上线“原创声”功能，目的就是通过技术手段从传播源头上建立主动防范机制，提升平台自净能力。
自媒体版权意识的强化和版权维护能力的建设需要司法部门、运营商、媒体和个人的通力合作。以司法部门为主导，强化法律的适用性；以网络服务商技术防范体系为支撑；权威媒体利用渠道优势进行普法宣传；以成立独立的第三方自媒体著作权仲裁机构为辅助，进行司法以外的专业化协助处理和援助；以强化用户群的版权意识为核心，构建一个囊括所有自媒体用户在内的版权保护体系。
2.提高侵权的风险成本。风险成本是经济领域的用语，用以指企业活动中由于风险的存在而导致经济主体为获取风险收益而付出的风险代价或有意放弃的风险价值牺牲，是企业进行风险决策的重要依据。适用于本情况，则是指组织或个体发生侵权行为所必须承担的风险程度和风险代价。提高侵权风险成本的目的在于使其纳入传播者的侵权决策之中，迫使其出于对潜在风险的考虑，不得不对侵权行为进行权衡，从自律层面约束传播者的行为。具体可以考虑建立侵权行为记录数据库或自媒体使用信用记录数据库，但这一举措发挥功效的前提是作用对象拥有一定影响力并且经实名认证，对于匿名用户的制约力有限。
3.建立权利均衡下的共享机制。对自媒体平台的传播内容进行简单粗暴的一刀切，绝对禁止转载或复制的手段既不现实亦不科学，版权保护的目的在于既要尊重创作者劳动成果，维护其创作激情，同时也要维护受众的信息传播和共享权利，最终实现权利均衡下健康可持续的传播媒介环境。正如《新知客》杂志主编范致行所说：“版权对于自媒体的使用线仍是非常模糊的，一方面自媒体受益于转载他人内容，一方面又需要版权来保护自己。一个好的媒体生态平台，应该充分考虑到版权使用和保护的问题。”自媒体作为社会共享和公众参与程度最高的媒介形式，其版权制度设计也应延续利益均衡这一原则，目的在于制衡之下实现多方的共享及共赢。据此，不同传播载体间、版权人与运营商及使用者之间可以考虑开展版权合作，完善转载、复制的许可付费制度，建立多方收入共享机制。