产业是经济发展的核心，又是实现区域经济转移的载体，对提升区域经济水平、协调区际经济关系具有至关重要的作用。比较利益论与要素禀赋论是区域产业分工合作的主要理论基础。我国区域规划战略中的沿海大开放与西部大开发战略均建立在这两大理论基础上。沿海大开放战略是在全国经济发展水平比较低下的情况下，秉承效率优先的一种非均衡发展战略，以数量与速度作为产业规划的选择基准；西部大开发战略是在区域经济差距日益扩大化的条件下，坚持公平发展的一种均衡发展战略，以追求速度但不失经济增长质量作为产业规划的选择基准。当前长江经济带发展战略具有与上述两种区域发展战略不同的经济条件与使命。
从国际环境看，受2008年国际金融危机的影响，世界经济一直难以复苏，世界市场低迷。从国内环境分析，依赖资源禀赋、追求数量与速度的区域发展战略使区域资源约束趋紧、环境恶化。国内市场的资源竞争、人才竞争日益激烈，产业发展所依托的内外环境变得严峻。因此，国家赋予长江经济带发展战略“支撑全国经济持续稳定增长，促进东中西部协调可持续发展”的使命。这种使命要求长江经济带产业规划具有综合性，产业选择基准应以维护经济稳定、促进可持续发展为主要内容，需要处理好产业功能定位问题。
如何依据各省市现有产业条件定位各自的产业功能，是当前长江经济带产业分工合作需要解决的核心问题。产业依功能分类，可以划分为主导产业、关联产业（配合和围绕主导产业发展）、基础产业和潜导产业。我们采用偏离份额法、投入产出法和统计指数法对长江经济带各省的产业结构和产业功能选择进行了定量分析，得到如下结论：第一，长江经济带东部地区与中西部地区产业结构差异明显，有利于经济带东中西部间的产业转移升级。长江经济带东部省份的产业结构进入高级化阶段，传统的工业、服务业均不是其重点发展方向；而中西部省份经济发展水平较低，传统的工业与服务业依然是其主导产业发展方向。第二，虽然经济带内各省份产业结构高级化程度存在较大差异，但工业均是其关键行业，如何协调这种各省份工业同等作用的产业布局，是经济带产业分工需要首先妥善处理的关键问题。第三，长江经济带各省份的基础产业与潜导产业存在差异，有利于经济带的产业分工与合作。此外，交通运输业是目前长江经济带规划中重点打造的行业，而其在七个省份具有发展潜能与基础地位，说明长江经济带产业分工与合作需要利用好“黄金水道”的交通枢纽作用。
根据以上结论，我们提出以下政策建议：第一，处理好经济带内各地区工业的协调发展。工业在各省份发展中都具有较强的作用，但除了江苏、浙江的工业具有较高的专业化以及市场占有率之外，其他省份工业专业化程度并不高。从各省市的工业化阶段看，经济带内工业化程度倒“U”型的分布特征明显，西部省份处于倒“U”型左侧，而中部省份处在倒“U”顶端，东部的江苏、浙江位于倒“U”型右侧拐弯处，只有上海进入了工业化高级阶段。经济带内各省份工业化阶段的差异以及工业化的主体地位，决定了在产业分工与合作中首先必须处理好工业协调发展的问题。第二，处理好投资在各行业间的关系。从资本投入产出比看，目前长江经济带内建筑业、农林牧渔业、批发零售业和金融业均处于资本报酬递增阶段，在产业分工合作过程中应将这些递增的报酬转化为行业规模报酬，从而促进产业的升级转化。第三，处理好产业结构调整与行业收入差距的关系。长江经济带的产业分工与合作需要肩负起保持经济可持续稳定发展的使命，在当前收入差距成为经济发展制约因素之一的背景下，产业分工与合作要使那些行业收入高的产业具有优先发展权。目前各行业的劳动报酬份额均在递增，特别是农林牧渔业的劳动报酬份额在各省份均表现出了良好的增长趋势，这是长江经济带产业分工与合作的重要经济基础。