农业部印发《2013年农产品质量安全专项整治方案》，组织开展6个专项整治行动，强化执法监管，严查大案要案，严厉打击非法添加和违规使用禁限用农兽药行为，努力确保不发生重大农产品质量安全事件。一是农药及农药使用专项整治行动。
以甲胺磷等禁用高毒农药和克百威、氧乐果、水胺硫磷、氟虫腈等限用农药为重点对象，以大中城市蔬菜生产基地和全国蔬菜、水果、茶叶优势区重点县为重点区域，严厉打击农药生产经营单位非法添加未经登记有效成分的行为、农产品生产单位违规使用未经登记农药的行为。二是“瘦肉精”专项整治行动。
以生猪、肉牛、肉羊为重点产品，以生猪调出大县、肉牛和肉羊养殖优势县为重点区域，严厉打击饲料中添加“瘦肉精”、养殖过程中饲喂“瘦肉精”、收购贩运及待宰前使用沙丁胺醇、向养殖户销售的兽药中添加“瘦肉精”等违法行为。三是生鲜乳违禁物质专项整治行动。
以奶牛主产省区、奶牛养殖大县和奶牛养殖重点区为重点区域，严厉打击生鲜乳收购站和运输车无证经营、生鲜乳中违法违规添加各类物质、私自倒卖和非法收购不合格生鲜乳的违法行为。四是兽用抗菌药专项整治行动。
以兽药批发市场、集散地为重点区域，严厉打击套用或伪造文号等非法生产销售兽药的行为，违规添加抗菌药、禁用兽药或人用药品等擅自改变组方的行为，超剂量超范围用药、违规使用原料药、不执行休药期的行为。五是水产品禁用药物和有毒有害物质专项整治行动。
以鳜鱼、鲆鲽类、乌鳢为重点，严厉打击违法使用硝基呋喃类代谢物、孔雀石绿等禁用药物和有毒有害物质的行为。六是农资打假专项治理行动。
以种子种苗、农药、肥料、兽药、饲料和饲料添加剂、水产苗种、农机具等为重点产品，以农资批发市场、专业市场、集散地、运销大户和乡村流动商贩为重点区域，严厉打击制售假劣农资的违法行为。
农业部要求各地农业部门，一是强化责任落实，制定工作方案，确保工作落实。二是狠抓隐患排查，开展拉网式检查，对发现的问题隐患，要及时预警，主动设防。
三是严查大案要案，采取挂牌督办、集中办案、联合查案等形式，查办一批大案要案，端掉一批黑窝点，严惩一批违法犯罪分子，公布一批典型案例。四是加强协调配合，建立案件会商、抽检结果共享、信息通报交流等制度，强化产地、销地衔接配合，形成执法合力。
五是健全长效机制，不断探索行之有效的监管措施，进一步完善农产品质量安全监管制度机制。