王亚南说，中国的二十四史，可谓贪污史，此言不虚。老百姓对贪官污吏充斥着仇恨，只要谁反贪官，谁的人气就特旺。所以，今天，仍有不少人推崇朱元璋式反腐。如果我说朱元璋是中国历史上最糟糕的皇帝，很多人可能不相信，甚至会有人打抱不平，因为朱元璋至少看起来是对腐败痛下杀手的。
的确，在中国历史上，朱元璋是对腐败表现得最为痛恨的皇帝。之所以说是表现，是因为我们无法窥知其内心，而只能通过其反腐手段来猜测。朱元璋的反腐手段极其严酷和残忍，用流行的话说，可谓“零容忍”。贪污60两白银，就要枭首示众。甚至，剥掉贪官的人皮，在人皮内填装草料，以警示现任官员。不可否认，明朝的反腐手段是最为严厉的，但是，明朝却是最为腐败的王朝。这是对朱元璋的莫大嘲讽。同时，这也意味着，即便对非法、丑恶现象零容忍，但如果方法不当，也无法使其消失，甚至还会使其蔓延、扩大，千里之堤亦不免毁于蚁穴。
为何至此？因为朱元璋带头破坏了中国本来就极其稀薄的法治因素，致使明王朝的反腐是用一种只听令于具体权威（如皇帝）而不受法律约束的权力去反对另一种不受法律约束的权力，这种反腐手段是彻底的人治。它必然导致这样的政治格局：反腐者最有权力；进而，反腐者最腐败，比其他腐败者还腐败，并形成恶性循环，从而导致腐败不可遏制，社会动乱、崩溃。
归结起来，朱元璋有几大不可饶恕之罪状。
第一，开创特务政治。从朱元璋开始，特务活动机构化、制度化，形成特务政治，从而导致中国政治和社会的特务化、黑社会化和恐怖主义化。
在明朝之前，中国政治中就有特务行为。例如，被视为明君贤主的唐太宗就用特务来监视下属的举动，但唐太宗的这种做法是隐蔽的、零星的。更重要的是，它是非机构化、非制度化的。但是，朱元璋将特务活动制度化、机构化、公开化了，利用东厂、西厂、锦衣卫、内行厂之类的特务机构来反腐，甚至处理政务，介入经济活动，对社会进行全面布控和渗透。
第二，废除宰相制度，大规模集权，以致于极权。
分权有助于遏制滥权和腐败。本来，明朝以前的宰相制度，算是有限的分权。但是，朱元璋废除了宰相制度，施行内阁制度，在皇权本已膨胀的基础上，变本加厉，大幅集权。当然，特务政治也是集权的一种方式，并且是一种极端的、非法的集权。非法，是指对公开颁行的常规法律的背离和否定。特务政治加上废除宰相制度等行为，使得中国古代历史上最大规模的集权发生在朱元璋统治时期，令清朝也望尘莫及。权力越集中，就越难制约，统治者就越容易腐败和残暴。而明朝的暴君很多，跟朱元璋开启的大规模、制度化集权与特务政治有直接关系。
第三，朱元璋真正开启了文字狱传统。
虽然朱元璋以前，中国的言论就不够自由，但以言治罪的事，并不是很多；以言杀头的事，则更少。宋代及以前，中国的言论虽说不上自由，但远无明朝之残酷。宋太祖赵匡胤曾立下不杀文人士大夫及言事官的誓碑。有宋一代，没有杀过一个文人，所以，宋代大体是没有文字狱的。但是，从朱元璋开始，以言治罪、以言杀头的事情就日渐增多，言论环境迅速恶化。朱元璋的文字狱，远甚于秦始皇。朱元璋是怎么搞文字狱的呢？有学者考证出朱元璋制造的一些文字狱案例，洪武朝状元张信训导王子，以杜甫诗句“舍下荀穿壁”出题，被认为讥讽天朝，判腰斩；兖州知府卢熊把“兖”错写成“衮”，太祖视为不敬，被斩；佥事陈养浩作诗云：“城南有嫠妇，夜夜哭征夫”，太祖认为他动摇军心，将其投水淹死……朱元璋在字里行间猜测作者动机，行以诛心之论，再或罚或杀，使文人学者的文字命运及身家性命笼罩于巨大的阴影和恐怖之中。即便被称为暴君的秦始皇、隋炀帝，也远未达到朱元璋这种无端、肆意猜忌作者用心的程度。甚至，朱元璋的文字狱连死人都不放过。朱元璋看到《孟子》书中“君之视臣如手足；则臣视君如腹心；君之视臣如犬马，则臣视君如国人；君之视臣如土芥，则臣视君如寇仇”；“贼仁者谓之贼，贼义者谓之残，残贼之人谓之一夫。闻诛一夫纣矣，未闻s君也”这样的不利于他统治的言论时，便大怒道：“使此老在今日，宁得免耶！”并当日下令将孟子逐出文庙殿外，不得配享。对死去近两千年的孟子大加鞭挞，这不是以言治罪的文字狱是什么？规模化的文字狱，始于明代。明清两代的文字狱相比较，明朝的文字狱比清代有过之而无不及，也比蒙古人统治的元朝更残酷。
此外，虽然允许宦官参政也是朱元璋的败笔，但此前已有先例，算不上朱元璋的原创。跟大规模集权、大搞特务政治、大兴文字狱相比，允许宦官参政已是小巫了。
中国历史上，坏皇帝不少，如桀、纣、周厉王、周幽王、晋灵公（这几个应该说是君王）、秦二世、隋炀帝、宋高宗等，这些皇帝的恶，主要是干了一些具体的坏事，例如，比较残暴、荒淫、奢侈、刚愎自用等。但是，好制度比好事还好千倍万倍，坏制度比坏事还坏千倍万倍。一个政治家，最重要的任务就是建立制度和改善制度。明朝设置特务机构，并制度化，而这些特务机构直接听命于皇帝，不按照本来就非常薄弱的常规行政和司法程序行事，导致权力大幅集中于皇帝手里，对本来就很稀薄的法治因素和脆弱的法治萌芽构成极大的打击和摧残，而大兴文字狱又对中国的言论环境和中国人的思想创造力构成极大摧残。
朱元璋看似痛恨腐败，对腐败表现得“零容忍”，但由于其方法不科学，使得所谓的“零容忍”只能加剧腐败。后来，明朝的腐败越演越烈，而其中最腐败的就是反腐败者自己。明朝的特务机构越来越堕落、腐败和暴力，成为合法的黑社会，而明朝也成为最腐败的一个王朝。
朱元璋在制度建设上，全是败笔，一无是处。朱元璋从制度上给中国带来的危害，远比桀、纣、隋炀帝的胡作非为大得多。从这个意义上说，朱元璋的确是中国历史上最糟糕的皇帝。