守城的太平军从各处赶来拼死封堵缺口，他们从城墙扔下雨点般的炸药包，冲在最前面的400多湘军敢死队员一片惨叫，全被烧死。但成千上万的湘军士兵打着漩儿挤成一团蜂拥而入，太平军再也抵挡不住洪水般呼啸而来的敌人。战至傍晚，九门皆破，天京失陷。湘军“见人即杀，见屋即烧”。残存的太平军与之展开激烈的肉搏战，许多人大叫着“不留半片烂布与清妖享用”举家自焚而死。
湘军疯了一般想猎取一个最重要的人物――天王洪秀全。然而他们将整个天京城翻了个底朝天，也不见洪秀全的踪影。7月30日，湘军总兵熊登武得到一个太平军黄姓宫女告密，这才知道洪秀全已死10多天了。在她的指引下，曾国荃派人从天王府的大殿内挖出了洪秀全的尸体。
一直到死，洪秀全都保持着他固有的神秘感。临死前，他命人用十几层厚布，在死后将自己裹得严严实实。湘军掘开坟墓，将洪秀全浑身的厚布全部扯烂，扛到城南雨花台给曾国藩当面验看。
曾国藩和洪秀全，两个苦苦搏杀了11年的对手，一直都只是相互耳闻，却从未谋面。曾国藩在日记中这样记述这位老对手：“胡须微白可数，头秃无发，左臂股左膀尚有肉，遍身用黄缎绣龙袍包裹。”
1864年8月1日，曾国藩断然下达了最严厉的惩处方式：“戮尸，举烈火而焚之！”洪秀全的尸体再次被拖了出来，被刀斧剁得粉碎。即使这样还不罢休，曾国藩又命人把肉泥拌进火药，装入炮弹，然后接连发射出去――就是洪秀全死了，也要让他灰飞烟灭。
然而，如果说“焚尸扬灰”对于死后的洪秀全只是一种毫无意义的报复，那么洪秀全临死之前，他那走火入魔神秘荒谬的表现，则说明远在湘军的大炮把天京城墙轰塌之前，他的理想信念已经破灭，精神世界已经坍塌了。
当天京城被围数月，面临城破的巨大危险时，全城弥漫着地狱般的恐怖气氛，一时风声鹤唳、人人自危。而此时的洪秀全，已接近恍惚疯癫的状态了。
长期的享乐生活已严重削弱了洪秀全的意志，损坏了他的智力。刚刚进入天京，洪秀全就派人拆掉了明朝的故宫，命令将那些巨柱和石料运到玄武湖边上，去构造一个新的宫殿。宫殿建成之后，洪秀全整天把自己锁在金碧辉煌的天王府中，谁也不见。他一方面杂乱无章地思考着一些哲学和神学问题，幻想着如何把王权跟宗教更紧密地结合起来，让臣民同时成为自己的教民，无私地贡献所有的一切；另一方面，他像历史上所有的帝王一样，苦练房中术，想在两性交媾中得到极度快乐，也摸索一种解脱之道。他的所有努力都失败了。到了后来，离群索居让他心灰意懒，及时行乐成了唯一的安慰。他听不得一点不同意见，也听不得任何理性劝谏的声音。脱离群众使他更加高高在上，迷狂虚妄。
惊心动魄的“天京事变”使洪秀全丧失了自己的道德权力，领导集团内部的相互残杀使太平军元气大伤。人们对洪秀全“上帝之子”的身份开始表示怀疑，对他后宫生活的纯洁性也提出质疑。“天王”曾经神圣的地位从天上堕入尘世，神秘的面纱千疮百孔，政治动员到了举步维艰的地步。随着天京的最后一道屏障、长江上游的重镇安庆失守，和各地太平军节节败退的消息传来，洪秀全愈加颓废消沉、麻木自欺。当形势急转直下，李秀成一再劝他率众突围、“让城别走”时，洪秀全勃然大怒。
拒绝了李秀成“让城别走”的建议，剩下的结果只能坐以待毙。在天京被围困的最后关头，洪秀全眼见城池守不住了，精神彻底地崩溃。他整天嘴中念念有词，不断呼唤神灵，乞求上天让地下长出食物，让自己的天兵天将饱餐杀敌。然而粮食毕竟无法从天而降，许多人饥饿而死。全城男女腹饥难耐，日夜围着忠王府哭求救命。李秀成不得已将自己家中仅剩的米谷发放救济穷人，但他所辖的官兵又没有粮食，不得已又将他的母亲以及妇女首饰金银作为军资。然而这点接济又怎能解决根本问题，李秀成奏请天王，允许饥民出城逃生，天王对此大为不悦。洪姓家族又趁火打劫，将出城逃生之人所带财物搜刮掠净，闹得满城风雨，日夜不宁。到1864年4月，全城粮食几乎已尽，洪秀全命人将苔藓野草之类东西“取来做好”，美其名曰“甜露”。李秀成奏“此物不能食”，洪秀全说：“取来做好，朕先食之！”颇有与民众同甘共苦之志，可不久他就因食“甜露”过多而病倒了，但他拒不服药，导致病情日趋严重，终于一命归西。
纵观洪秀全的最后时刻，死得悲凉。他整个虎头蛇尾的人生，留给后人太多的遗憾与感叹。