据有关资料记载，日军攻占庐山期间，利用轰炸、纵火、劫掠等野蛮手段，对庐山的名胜古迹、寺院宫观、图书古籍、别墅建筑等进行毁坏，造成不可估量的损失。
毁坏图书古籍，掠夺植物标本
1939年4月18日，日军攻占牯岭，庐山沦陷。日军在小天池、仰天坪两处分别竖立所谓“占领纪念”碑。他们以占领者的姿态肆无忌惮地闯入庐山的各处建筑物内。从当年拍摄的影像资料中，我们看到在美庐、庐山图书馆、庐山传习学舍、庐山大礼堂等都有侵华日军的身影。
1935年建成的庐山图书馆，是民国时期“庐山三大建筑”之一。蒋介石创建的目的是“藉以供给避暑者及游人以精神食粮，兼以庐山训练”。建成之初，除政府购买的书籍外，还向全国各界、公私机关及私人广泛征求书刊，应征捐书者很多。例如：蔡元培将故宫博物院赠其个人的《宛委别藏》丛书全部转赠，陈布雷向江苏铜山徐道陵征得其父在北平遗书数千卷计百余箱转赠，沈长赓将一部《四部丛刊》丛书相赠，熊式辉赠送《万有文库》丛书第
一、第二集，吴宗慈将编撰《庐山志》时所搜集有关庐山历代文献全部捐赠。1936年，庐山收回牯岭租借地后，将原有外国人开办的“牯岭公共图书馆”并入庐山图书馆，接收3万册的外文藏书。经过几年的努力，庐山图书馆藏书已是“古今图书，琳琅满目，蔚为巨观”。至抗战前已达10万册之数，其学术地位和藏书数量在江西省排在第二位。
抗战爆发后，北平、上海等各地中学和大学疏散来山一共有6校之多，复旦大学和大夏大学组成的第一联合大学、中央政治学校联合大学、北平艺专、南昌豫章和葆灵中学相继来山，庐山图书馆房屋大部分被临时借用。1938年7月，日军占领九江后，江西省保安团奉命从九江撤退到庐山，其中第十一团团部就设在庐山图书馆。这样，图书馆被迫于年底停办。
日军占领庐山后，日军警备队驻扎于庐山传习学舍，将庐山图书馆作为临时军用仓库。在日军占领的6年时间里，该馆遭受严重破坏。东楼屋面，被炸毁10多公分见方，室内可见天日，春季大雨，楼上楼下的书籍任由雨淋水浸。馆中的桌椅书橱，有的被日军运走，有的被劈成柴火。门窗锁钮，被日军以军用目的全部拆走。自来水设备，半数以上损坏，不堪使用。电厂的发电机，被日军运走做他用。原有的一些珍贵书籍，大部分被日本侵略者盗走，余下的堆放满地、散乱狼藉。更让人痛心的是，日军以破坏书籍为能事，进行毁坏书籍的比赛，吴宗慈在《庐山续志稿》中记载：日军“尝试一刺刀之锋利或一枪弹之射击力，可能刺透或射穿，叠置案上之书，至几深几厚”。
庐山植物园于1934年建成，系由北平静生生物调查所与江西省政府农业院合作创办，胡先X、秦仁昌、陈封怀三位顶尖植物学家白手起家建造的中国历史上第一个现代植物园，被称为“世界园林之母”。1938年8月，日军进犯赣北，植物园的发展被迫中断，不得已而撤往云南，在玉龙雪山下挂起“庐山森林植物园丽江工作站”的牌子，继续采集植物标本，培育高山花卉。陈封怀直到日军铁蹄迫近牯岭，才“噙泪告别庐山”。
植物园主要人员撤离之前，植物园园长秦仁昌将植物标本2万余号和仪器、图书等物品共160箱寄存于牯岭美国学校，这里还包括李四光所领导的中央研究院地质研究所的图书和庐山岩石标本。1941年太平洋战争爆发后，英美中立地位不复存在，在庐山的英美侨民被迫离开。寄存在美国学校的物品被日军霸占，当得知植物园与北平静生生物调查所的关系后，日军便把部分物品运往北平，与所霸占的静生所的物品放在一起，供日军使用，并将所有图书都盖上“北支派遣甲第一八五五部队”的番号印章。今天在中科院植物研究所图书馆和庐山植物园图书馆的藏书中，都藏有盖有此章的旧籍，这足以证明日本对庐山文化的侵略。所幸的是，日本投降后，中国政府向日军追回80%的标本和图书。而损失的标本，都是名贵品种。
当年日军从庐山美国学校抢走的160只木箱子中，有许多是珍贵的模式标本。所谓模式标本，是一种新的植物在定名分类时所认定的原始标本形态，它是作为鉴定描述该物种的第一个代表。模式标本是独一无二的。因此，日军抢去的标本可以说是中国植物学界的无价之宝。当这一消息传到云南丽江时，被称为“蕨类之父”的秦仁昌悲痛欲绝，大病一场。
破坏名胜古迹，烧毁寺院宫观
1947年，《庐山志》的主修吴宗慈重来庐山，调查战后遗迹。他在《庐山续志稿》中记载：“山川胜迹，凡经倭寇残毁者，详载之，用志沧桑之迹。”
日军在庐山毁坏的寺庙，有52座。其中如天池寺、云峰寺、五乳寺、秀峰寺、龙溪庙、碧云庵、香积寺、孔圣祠、莲花禅院、约之塔寺、关帝庙、马祖寺、观音阁、龙泉寺、方竹庵、仁寿寺、智林寺、慈云院、慧日寺、罗山寺、真隐道院、大觉寺、青莲寺、东方寺、木瓜洞的行道院、凌霄院、净妙院、白鹤观、白石寺、龙云寺、石佛寺、上马颈小寺等全部被毁。
被誉为“庐山五大丛林”的归宗寺、秀峰寺、万杉寺、栖贤寺和海会寺，自古以来就是庐山山南最有名的名寺古刹。自从1938年侵华日军登陆九江以后，日军为了打通星德公路，从五老峰到东、西牯岭，再到隘口，其间的名胜古迹，均遭到日军炮火的袭击。
归宗寺是庐山最古、最大的名刹，损失最为惨重。《庐山续志稿》记载：“其属于建筑古物者，前门之韦驮殿，布袋佛像，两厢之四大金刚，及二进之大雄宝殿，全毁。罗汉堂之十八罗汉，失其首者六，余亦狼狈零落，三足鼎一具尚存。其属于经典者，原有大藏经全部，现只存二千余册……”“镌刻精巧，为世所珍”的宋、明时代的名人真迹，包括黄庭坚的书法石刻、明代宗鉴堂的书法石刻28块在内，原嵌归宗寺洗墨池（传说是王羲之洗墨处）旁之墙壁间，全部被日军劫走。
舍利铁塔，归宗寺后舍利塔山上的一座铁塔，是三国时期孙权赤乌（公元238―250年）年间遗物，塔身三面凭临悬崖，卓然特立，高耸云端，与东林寺铜塔并称“庐山双美”。塔高六丈，呈六角形，用铁板铸成，每面刻凸出佛像和文字。经历代维修，保存了2000多年。1938年，不是军事目标的舍利塔竟被日军用火炮击毁。随后，日军将所有镌佛像的铁板全部劫走，抢走的还有塔内的金银小佛像、水火珠、舍利子等物。该塔所镌佛像及文字，为庐山仅有的金文古迹，为庐山最古之金文。
1938年8月19日，日军一联队由高垅陈村，猛向海会寺进犯，寺房毁损三分之一，家具也被日军抢掠三分之二。寺内珍藏普超和尚的血书《华严经》，共81卷，血经上有康有为1918年来访时题写的“尊之、敬之、护之、保之”。在海会寺沦陷时，住持会通法师丢下一切，怀此珍品，逃难于湘桂边境。临难出走偈云：“头眩足L眼朦花，霹雳弹声震迩遐。静默徘徊云窟路，忙中检点布袈裟。于接藤萝飞岭外，肩担贝叶走天涯。吩咐猫儿随我去，莫将落入敌人家。”其中道出了逃难的艰难。此血经历经战火劫难，散失了大部分，只剩33册。这一珍贵文物因会通和尚的保护才得以幸存，现作为一级文物收藏于庐山博物馆。
海会寺旁的庐山军官训练团是继黄埔军校之后，蒋介石创办的第二所军校，于1935年建成。有大礼堂、大会场、委员长官邸、办公厅处、教室、仓库、运动场、游泳池以及学员宿舍等数十栋。日军的炮火毁坏了所有房屋，1941年秋冬间，被炸的东倒西歪的军官训练团营房，被日军拆毁，所拆的材料，用于日军在附近各军事要塞建设营房，到抗战胜利时，这里只剩下道路及墙基，全部一片废墟。
白鹿洞书院，被誉为我国四大书院之首，位于庐山五老峰下，海会寺旁。史料记载，当年曾有日军驻扎于此。侵华日军将千年书院变成军营。白鹿洞书院的碑刻（国家一级文物），记载着自宋至民国初年的文化历史，是中华民族优秀文化的见证。可是，就在东碑廊一块碑刻之上，至今我们仍然可以清楚地看到，刻有“奈良县生驹郡昭和×额田×，昭和十九年九月二十八日”（即公元1944年）的字样。这是侵华日军驻扎期间在此用刺刀所刻。
东林寺，东晋慧远所创，庐山最古之名刹。日军占领九江之后，沿南浔线南下，寺院沦陷，日军留医务所驻此。寺中极为珍贵的唐代李北海碑遭残毁，日军甚至疯狂到挖掘慧远法师的坟墓。
西林寺，位于东林寺西。苏东坡曾在此作《题西林壁》，写下“不识庐山真面目，只缘身在此山中”的诗句。寺内的西林塔（即千佛塔），建于唐代，塔内有旋梯可登。日军占领后，“恐我游击队，潜伏利用，及毁梯，并拆去楼板，又于塔下挖掘，冀得宝藏”。
碧云庵（即碧云寺），为庐山孤军堡垒之一，孤军凭此天险，固守庐山9个多月，沉重地打击了日本侵略者。4月18日晨，日军进入牯岭。庐山孤军大部分退守于此，并于深夜突围到岷山地区。第二天，日军抵达碧云庵，将1933年修缮一新占地16方丈的建筑全部焚毁。
遭到破坏的还有五老峰上的凉亭、含鄱口上的五处亭榭，全部被摧毁无余。 砍伐树木森林，炸毁庐山别墅
庐山山清水秀，森林覆盖率高。日军对庐山森林的破坏是惊人的，东林、通远两个地区的林木，黄龙、牧马两个地区的大部分林木，花径的风景林，白鹿洞书院生长了数百年的巨松，多被砍伐一空。全庐山被日军砍伐、烧焚的树木达10万余株，全山林木损失90%以上。
据《庐山续志稿》记载：庐山“医生洼迤东为松树林，初李德立建屋于此，广植松树，风景优美，松涛ii，殊堪听味。沦陷后，沿路松树，多被日军砍伐，遗留树根，历历可数”。“莲花洞四周之山坡，竹树茂密，风景幽雅。战时，日军肆意砍伐，巨树已稀。”“秀峰寺在战前，古树多，蓊郁参天，颇为古庙增色。战时横遭砍伐，现只余双桂轩前之银桂两株……”
白鹿洞书院，其森林覆盖率令其他书院望其项背。3000多亩的森林，100余株百年的古松，有的有500年的历史，其中还有珍贵的楠木等。史料记载：“书院附近，贯道溪两岸，战前巨松，遮蔽天日。”1943年、1944年间，日军为了军事需要，大量砍伐珍贵树木。“日军砍伐甚多，用作铁路枕木及桥梁，可谓巨劫。”“敌由九江开往德安，汽车百余辆满载枕木，赶筑铁路。”
当时管辖九江地区的是汪伪政权，连他们都看不下去，感到非常痛心。于是以汪伪政府名义，下发一份关于保护古树名木的文件，要求制止对森林的砍伐。此文件现藏庐山“美庐”展厅。
侵华日军对庐山不仅残暴地屠杀生灵、掠夺财物，还对庐山的历史文化遗产与文化典籍实施了疯狂的摧残与劫掠，使庐山文化遭受到前所未有的浩劫。日军的侵华行径罄竹难书。