一审判决后，某区规土局和乙公司面对有史以来上海市的第一宗类似判决大惑不解，笔者随同主办律师参与了乙公司几次案情讨论后，发现其中存在如下几个问题：
1带征地是上海市城市建设中的历史产物，按当时的政策，开发商对周边不可分的零星土地一并进行拆迁，拆迁工作完成后，该带征的土地使用权属于国家，任何单位包括该建设单位都不得以任何理由进行占用。也就是说，该建设单位对带征地的投入已经一并计入其开发土地的成本，按当时政策规定，该建设单位对该带征地不再拥有权利，而某区法院作相反认定，没有任何法律依据。
2在房地产业内所称的四点一线是指：规划条件、土地出让合同、规划许可证、房地产权证所认定的土地面积必须一致。而区规土局核发给甲公司的规划许可证与前述其他三者明显不符，以核证为准，按物权法的规定，当然按甲公司的土地出让合同和房地产权证认定的土地面积为准。一审在审理中已经发现这个问题，但仍然将抽象的规划许可证误认为是具体的土地权证。
3准确地说，区规土局核发给乙公司的规划许可证并没有错，如果说有错，那是错在核发给甲公司的规划许可证上有错。该证既表述甲公司的用地面积包含了300平方米带征地，但同时又称该带征地属国家的规划道路面积，建设单位不得使用。该自相矛盾的表述，倒是应该被撤销的。一审法院不仅没有将这个明显的缺陷当作问题，反而把它当成判决的事实依据。
4退一万步说，假如甲公司确实是法律上的利害关系人，而区规土局存在编制修改控制性详规时，犯有程序性错误，那么区规土局有争议的具体行政行为即本案的诉讼标的应当是什么？业内专家都认为，是区规土局在编制和修改控制性详规时是否作为过，征求甲公司的意见。如区规土局确实存在行政过错的，那么法院可以按照相关法条规定判令区规土局重新作出具体行政行为或判决其赔偿。而区法院却反其道而行之，根本没有合理性。
5根据司法解释的规定，人民法院作出判决，特别是将认定行政行为是否有效的时候，首先要考虑是否损害国家利益、公众利益、他人利益，作为乙公司，即便受到了巨额经济损失，其最终还将诉之法律，这个损失最终还是将由国家来买单的。
6根据城乡规划法第50条的规定，即便发生本案中所称的情形，其法定处理的方法也是有明文规定的，是判决赔偿，而不是撤销行政行为。此外，根据相关法律规定，市规土局必须对区规土局编制和修改的控制性详规进行实体和程序审查，区法院跳过市规土局，是否存在越权审判？
纵观本案，双方的争议焦点是某区规土局是否存在行政过错，某区法院所作的判决实质上是认定了该所谓被两份规划许可证重合的近300平方米（实际争议面积173平方米）土地使用权属于甲公司所有，或者是其已尽义务而未享受过权利的行为，这是该院发生错判的事实基础，但事实和法律都证明，建设单位不存在另外还享有什么权利。正因为这样，某区规土局在编制控制性详规时未将其列为利害关系人并无过错。
最终，二审法院认为，区法院的判决事实不清、证据不足，将该案发回区法院重审，等于也是间接采纳了乙公司的观点。该案最终以甲公司撤回起诉而告终。