胡锦涛为总书记的党中央提出“以人为本，全面发展、协调发展、可持续发展”的科学发展观是全面建设小康社会和实现现代化的根本指导方针，也是思考管理创新的基本出发点。
我国已开始了以社会主义市场经济为目标的经济体制改革，确立了公有制为主体、多种所有制经济共同发展的基本经济制度，确定了按劳分配为主、多种分配方式并存的分配结构。党的十六大进一步提出了全面建设小康社会的战略目标。为了适应经济和社会发展对科技进步的需要，科技体制正在朝着建立适应社会主义市场经济发展，符合科技自身发展规律和市场经济运行规律，科技与经济紧密结合的新体制方向深化改革。中国科学院以国家知识创新工程试点为契机，通过对所属研究所重新学科战略定位，实施分流、精干和战略重组的策略，在原有的基础上重建国家级的研究基地。
历史的原因，一批七十年代出生的青年优秀科技工作者被推上了研究所的领导岗位。上岗伊始，转轨时期社会变革引出的种种新情况、新问题就随之而来。机遇、挑战和责任成为新生代研究所领导的特征。一方面，现行的运行机制和管理模式尚需熟悉，另一方面不断变换的外部环境要求不断完善、创新和变革。自觉地以马克思主义唯物辩证法和唯物史观指导自己的全部工作，把它作为最根本的领导方法，深刻领会和贯彻“三个代表”重要思想，树立科学发展观，在实施管理的过程中探索管理机制创新是研究所管理者的必由之路。
经济体制改革前，我国长期实行国家高度集权的“国有国营”模式，企业是国家机关的附属物，企业负责人是国家委派的官员，企业的管理体系基本上参照政府机构。经济体制改革后，企业负责人转变为法定代表人。而企业则转变为适合市场经济的“以其全部法人财产，依法自主经营，自负盈亏”的法人。研究所作为事业单位，由于经济体制的转变已不同于原来计划经济意义上的事业单位，但也不同于《公司法》范畴的现代企业。收入来源的多元性，一定程度上影响着研究所的管理体系和运行机制。国家财政拨款一方面给研究所带来较为稳定的经济支撑，同时也继续给研究所留下深深的计划经济的痕迹。与此相反，研究所在通过参与市场竞争，获取另一部分收入的同时，也开始并愈来愈多地体验着市场经济的洗礼(经济合同、质量体系、产品许可证、人力资源的市场价位等)。研究所的所长，一方面需要自主经营，但又不具有真正意义上的资产处置权和分配权(股东会缺位)。九十年代末，由于国家对科研投入的不足，许多研究所创办了大大小小的企业，研究所的所长不仅仅是研究所的行政领导，还是投资企业的出资人和法定代表人。研究所现行的分配制度大体上是参照公务员政策执行的，收入与职务、职级相关。院提出的三元工资结构有其合理性，但在具体操作上缺乏财务的政策依据。不同资金来源政策许可列支的人员成本比例的不同，直接影响科研人员的分配。上述种种迹象折现出经济体制转轨时期研究所的特征。
研究所实行所长负责制。与现代企业比较，公司的决策机构是股东会，执行机构是董事会，经营者是总经理。如果说，所长是研究所的经营者，则决策者缺位。如果说所长既是研究所的经营者又是决策者，则所有权与经营权集一人之身，一方面容易造成权利失控，另一方面可能导致遇事报批，造成效率低下。研究所管理创新的首要问题是建立决策机构，完善决策机制。可以由院国有资产管理部门授权成立研究所的决策机构(所有者代表)―理事会，实施理事会领导下的所长负责制。
研究所是以高学历、高智力的知识分子为核心，配以管理和辅助人员构成的特殊单位，研究所管理创新的核心问题是完善以人为本的管理体系。随着近几年新老交替和人员分流的演变，青年科技人员的比例逐年增大，青年科研人员已成为研究所的主力。最大程度地激发科研人员尤其是青年科技人员的创新潜能是管理创新的本质所在。科研人员对事业的追求，促使研究所的领导者和管理者把创建世界一流研究所和满足国家战略需求、经济建设需求作为所的发展目标。中科院的知识创新工程，为各研究所提供了十分难得的发展机遇，充分把握机遇，准确定位，坚持有所为，有所不为，迅速崛起，是研究所实施可持续发展的基础，也是留住人才的重要因素。
科研人员从事的工作有别于其它类型的工作，具有知识集成、学科集成的特点，有继承性更有创新性。研究所的管理应该适应这种特点，适应这种特点形成的文化，实施以柔性管理为主的管理，以利于充分发挥人的主观能动性和创造性。当然，任何群体都离不开以规章制度为特征的刚性管理。要建立科学的人才评价系统，充分体现人才的价值，按照党的十六大精神，改革现有的分配制度。长期以来，研究所科研人员的待遇直接与职务和职称相关，近几年为了调动青年科研人员的积极性和对应地提高他们的待遇，许多青年人在三十岁前已晋升为研究员，那么后三十年如何激励和评价，他们的发展空间何在。我们应该建立以绩效为核心的人才评价体系和激励机制，配以创新文化建设，营造一个和谐、有序的工作环境，有利于人才的脱颖而出、有利于科学的创新发展。要鼓励人才的合理流动，但这类流动应该有别于一刀切的缩编式分流。流动应该有助于学科创新，有助于跨学科的交流。
研究所作为科学事业单位，既有别于政府机关，又有别于企业单位。这类差别导致了研究所管理机制的模糊与复杂。财务管理是任何单位最重要的管理工作之一。目前，研究所执行的是财政部颁发的《科学事业单位财务制度》，这无疑是研究所财务工作的基础和标准。然而由于各资金来源配发的专项财务制度，在成本核算，间接费用分摊和人员成本列支等方面均与《科学事业单位财务制度》规定存在一定的差异，导致财务管理的多重性和复杂性。为了调动科研人员的积极性和强化成本核算、节约资金，统一财务制度，加强预算管理，增强合同意识，与企业财务制度接轨是较好的模式。
如果说科学技术是第一生产力，科技创新是其它各类创新的源头，那么科技管理创新则是科技创新的前提和保障。牢牢把握时代发展的脉搏，紧密结合国情、所情，以科学发展观为指导，坚持不断创新，加强和完善科技管理体系建设，为实现全面建设小康社会战略目标做出应有的贡献是所有从事科技管理工作的人员的责任和使命。
