1 全面预算管理的应用
全面预算管理是企业内部控制的一种方法。作为实现企业目标的重要手段之一，已经在企业中得到广泛应用，并日臻成熟与完善。全面预算管理需要充分的双向沟通以及所有部门的参与，真正的全面预算管理要做到：事前有计划，事中有控制，事后能考评、追溯。由于农业科学事业单位的经济活动特点是以科学研究与科研应用开发为主，没有大规模的生产销售活动，因此，实行全面预算管理的农业科学事业单位还较少，但是相关的研究与探讨一直持续不断。全面预算管理已被各种组织管理实践证明，是一种行之有效的管理方法。随着国家对部门预算编制与审计的要求越来越严格，作为筹集、分配、运用、控制资金的依据，迫切需要科学事业单位从原来的重核算，轻管理，转变为运用科学手段进行财务管理，实施全面预算管理，完善预算管理的各个环节，做好资金管理工作，在保证公共服务的同时，提高竞争能力，实现自我发展。
2 全面预算管理在农业科学事业单位应用中存在的问题
2.1 对全面预算编制不够重视
事业单位管理人员对于全面预算编制认识不足，对全面预算管理的作用认识不明确，普遍认为预算编制只是财务部门的任务，积极参与的意识不强。对于一个单位而言，调动内部所有部门共同编制预算有一定的难度，普遍存在以应付态度完成预算编制的现象。
2.2 预算编制的完整性不够全面
预算管理具有 全面性、全员性、全程性、目标性、指令性的特点。综合农业科学事业单位预算编制情况来看，预算编制内容不够完整，仅停留在财务成本支出、单位收入及科研支出等方面，没有涉及现金流量及资本性支出等预算内容。对资金预算以外的资产，如固定资产并无有效的管理，导致预算编制缺乏科学性和合理性。
2.3 预算编制与财务管理结合不紧密
科学事业单位一般从事科研教学等研究性的工作，大多数属于社会公益性组织，其资金来源是政府的财政拨款，只有国家财政在拨款上给予保障，科学事业单位才能真正履行好公益性职责。但由于各单位预算编制经验不足，财政部门审批预算时又往往会在单位预算基础上进行削减，导致最后确定的预算不能满足单位需要。这种主观上改变预算的做法，导致预算编制与预算执行、决算编制都未能匹配，有的农业科学事业单位资金预算和资金使用无法对应，挪占预算资金现象时有发生。
2.4 预算执行缺乏完整、规范、有序的管理体系
财务预算管理的机制不够健全，管理制度不够完善，缺乏完整、规范、有序的财务预算审批程序。很多事业单位常常会出现在年底为了达到预算目的而突击花钱的现象，这都是因为未能建立起完整的全面预算管理体系，导致预算执行的随意性很高，全面预算管理工作执行力度不够，预算管理作用难以发挥，预算工作松散，执行比较随意。
2.5 预算执行监督力度不大
一方面，由于农业科学事业单位缺少专业方面的人员，对预算的执行情况无法进行全面监管;另一方面，没有将预算执行情况纳入考核内容，在预算项目结束后，没有对预算的执行情况进行科学分析、控制、考核评价，使得预算原有的职能弱化，预算执行时缺少约束力。
3 加强全面预算管理的对策
3.1 建立全员参与机制
科学事业单位的领导层应改变传统滞后的财务预算管理观念和模式，在单位内部营造良好的预算管理和控制的企业文化氛围，建立预算编制委员会，由单位的主管领导牵头，财务部门、业务部门共同参与编制，项目负责人、科技管理部门或财务部门与课题负责人积极配合，依据目标相关、政策相符、经济合理的原则编制课题预算，包括经费来源预算和经费支出预算，确保预算编制与实际情况相吻合，提高预算编制的合理性和科学性。
3.2 加强预算执行与监督内部控制
以科学事业单位的实际情况为依据，对财务资金进行全面控制、统一分配、集中统筹，全面执行财务预算管理控制，确保单位各项经济活动的正常开展，避免预算超支现象。加强财务预算管理的综合控制，在保证财政资金完整安全的前提下，以部门预算管理为基础，综合分析各部门预算编制、预算执行(含预算调整)与财务决算情况，通过平衡部门预算和单位经费的使用需求，进行内部二次预算，提高预算执行的准确度。另外，要建立预算计划与实际预算执行出现偏差预警制度，实时监控预算的全过程，及时修正预算中出现的偏差，提高财政预算资金的安全性与使用效益。
3.3 建立完善的财务预算管理制度
要建立全面预算管理体系，就必须建立完善的财务预算制度，包括财务预算管理制度、财务预算审批程序、财务预算执行情况分析、考核制度、预算绩效制度等，这是实施全面预算管理的保障。既有利于规范财务预算管理活动，指导财务预算管理的实施并控制经济活动全过程，又有利于科学事业单位财务预算管理控制，管理制度约束和监督、检查、考核有机结合，从而保证经济资源得到充分利用，单位管理水平不断提高，进而促进科学事业的发展。
3.4 建立健全预算管理队伍
目前，科学事业单位预算普遍由财务部门组织编制和监控执行，给财务人员带来了巨大的工作压力，但财务人员不能等同于预算编制人员。由于全面预算管理要求更加全面、细致，需要更加专业人员的参与，因此，各单位应在财务人员的基础上，充分完善预算管理人才队伍，定期对预算人员进行专业培训，以保证预算的编制质量。同时，要加强信息化建设，利用信息网络技术手段，对预算实现实时控制，减轻预算管理人员负担，提高预算管理水平和效率。