负债管理方面近些年来，由于我国高校不断扩招，建设规模也在不断增大，相应的成本投入也就越来越多，这就造成高校财务出现严重入不敷出，很多高校都出现了财政赤字。但是高校稳定的财政收入是一定的，政府拨款基本难以争取，而学杂费等收费存在刚性政策，提高收费标准是我国高校一直以来不能触碰的高压线。未解决资金不足问题，多数高校都采取向银行贷款的方式，负债筹资成为高校的首选。但是由于近些年高校的迅速扩建造成的负债越来越多，而学杂费的收入仅够维持正常的学校教学办公开支，财务风险迅速上升。
支出管理方面一般来说，目前我国高校采用的财务预算标志方法是基数+增长(减)数的方法，预算周期一般为一年，经费的使用没有经过系统科学的评估和核算，无法得出合理的使用效益，在分配经费使用时，随意性较大，无法有效地控制支出。另外近年我国高校普遍存在的一个问题是在经费支出的比例上，基建的支出远远高出其他支出，这就造成经费使用十分不合理，基建支出的增加必定使科研等经费减少，进而会影响到科研成果。
明确财务管理目标，高度重视财务管理工作计划经济时代已经成为过去式，在市场经济体制下，高校也应该顺应时代发展，确定财务管理工作在高校管理工作中的基础性地位，明确管理目标，树立讲求成本与效益的理财观念。要想改善高校财务管理工作，需从高校领导的财务管理理念转变开始，财务管理人员应该解放思想，积极改善财务管理制度，将高校财务管理市场经济环境有效结合起来。另外一定要打破过去平均分配的思想，需按照效率、公平等要求设计分配制度。
深化财务管理体制改革财务管理体制是高校财务管理工作的核心，是组织财务活动、换分财权和处理财务管理的一项重要制度。建立一套完善的财务管理体制是适应市场经济环境的基本条件，高校财务管理的制度的制定应始终坚持六个有利于的原则，建立适合校情的新的财务管理体制。