“七五”以来，我国高校的内部会计控制管理对教育兴国战略的实施和促进高等教育的改革和发展等都起到了非常重要的作用。但随着国家各项改革的不断深入及高校各项改革的不断深化，高校内部会计控制面临新的形势。如何有效解决当前高校内部会计控制中存在的问题，进一步充分发挥内部会计控制对高等教育的促进作用，是当前高校面对的一个迫切而重要的课题。
一、当前内部会计控制存在的主要问题
1.内部会计控制的法律法规不健全。
虽然我国从20世纪90年代起开始加大了对内部控制理论建设的力度，但限于我国法制建设的实际情况，已发布实施的有关内部会计控制的法律法规还比较少，一直未能形成一个相对完整的内部会计控制理论体系，如《独立审计具体准则第9号——内部控制和审计风险》和《加强金融机构内部控制的指导原则》等内部会计控制法律法规主要是从行业的角度予以规定，相互之间缺乏联系。由于没有专门针对高校内部会计控制的法律法规指导，高校结合自身情况制定的内部会计控制制度也不健全，从而妨碍了内部会计控制规范作用的发挥。
2.对内部会计控制的定位不够准确、全面，在具体执行内部会计控制时出现偏差。
在《内部会计控制规范——基本规范(试行)》发布之前，理论界对内部会计控制有不同的解释，没有一个统一的定义。高校在理解和具体实施内部会计控制中，容易发生把握不准、顾此失彼、轻重不分等现象，客观上弱化了内部会计控制的作用。
在实施内部会计控制时，高校主要存在以下几个方面问题：
①内部会计控制的内容不全面，如有些高校未建立对外投资等内部会计控制制度，导致对外投资决策程序不合规范，风险增大；
②内部会计控制约束的对象不全面，在实施内部会计控制时，有些高校约束的主要是对财政经费进行会计处理的人员，而对各校办产业及后勤实体等进行会计处理的人员约束得很少；
③内部会计控制的范围不全面，如高校往往强调对财政性经费的内部会计控制，而弱化对预算外，特别是创收经费等的内部会计控制；有些高校未将二级财务纳入内部会计控制的范围，或控制不严，监督不力；对各项收支账款有较明确的内部控制措施，并严格地执行，而对各项往来款项的审批手续却不全，控制也不严格；由于基建账务的处理是以其行业会计制度为依据，很多会计人员对基建的情况又不够熟悉，导致难以对基建进行有效的内部会计控制。
3.内部会计控制意识有待转变。
由于经费来源以财政拨款为主，很多高校长期以来重计划而轻执行和考核，并衍生了重财轻物的观念，对我国教育资源的优化配置，以及教育资源的充分利用带来了不利的影响。另外，高校在后勤社会化改革、校办产业发展中，在重大支出项目安排中，缺乏相关的决策程序及责任制度，少有专家科学、谨慎的论证，也没有相关的风险防范和控制措施。
4.对内部会计控制的监控力度需要加强。
有些高校未设置专门的机构或人员对内部会计控制执行情况进行监督检查，而由内部会计控制执行部门自己进行监督检查；各级财政部门对高校内部会计控制的建立及执行情况的监督检查力度不够等，导致了监控力度的欠缺，影响了内部会计控制在高等教育发展中的作用的发挥。
二、有效进行内部会计控制的应对措施
1.建立健全内部会计控制制度，逐步建立一个符合国情的内部会计控制规范体系。
社会主义现代化建设的不断深入、高校改革的不断深化及我国加入WTO后面临的新形势、新情况，不仅要求我们对国内已有的内部会计控制理论进行总结，还要求我们学习和理解国际上包括COSO报告在内的内部控制先进理论，汲取其精华。同时，对国内外内部会计控制的实际执行情况进行调研，广泛征求意见，在已发布的《内部会计控制规范——基本规范(试行)》和《内部会计控制规范——货币资金(试行)》的基础上，进一步建立健全其他具体内部会计控制规范及相关操作规范，从而逐步形成一个较完整的内部会计控制规范体系，对我国包括高校在内的所有单位的内部会计控制制度建设起指导和规范作用。
2.准确理解内部会计控制的定位及内涵，确保内部会计控制有效实施。
建立和完善内部控制制度的思考
论私营企业会计控制
