一、作为事业单位法人的大学
1986年颁布的《民法通则》建立了我国的法人制度，即法人是具有民事权利能力和民事行为能力，依法独立享有民事权利和承担民事义务的组织，明确了法人应当具备的条件，其中最重要的是能够独立承担民事责任。《民法通则》将法人分为企业法人和机关、事业单位和社会团体法人。这种分类延续了计划经济条件下大学作为事业单位与企业单位、党政机关并立的做法。新中国成立后，国家将所有社会组织纳入行政组织系统，在编制管理和财政预算体系中，所有组织可以分为三类:行政单位、事业单位和企业单位。事业单位指不创造财富的机构，如研究所、教育机构、医疗卫生机构和文化团体等。
从事业单位到事业单位法人是推动大学法人化改革的第一步，《民法通则》的规定为我国大学的法人化奠定了制度基础。1995年颁布的《教育法》第31条为学校成为法人规定了条件. 1998年颁布的《高等教育法》第30条则明确规定高等学校自批准成立之日起取得法人资格。
法人不是自然人，是法律拟制的人，是人或物乃至人与物结合的组织。法律之所以规定法人，是为了让其承担法律责任尤其是财产责任。立法规定大学作为法人，本意也是如此。2007年颁布的《物权法》第54条规定:国家举办的事业单位对其直接支配的不动产和动产，享有占有、使用以及依照法律和国务院的有关规定收益、处分的权利。这似乎赋予了公立大学对其管理的资产的处分权，达到了《民法通则》所要求的成为法人须具备独立承担民事责任的条件。
回首30余年来的改革，我国公立大学虽取得了一定的办学自主权，但基础仍然屏弱，这也是《教育规划纲要》提出推进政校分开、管办分离，落实和扩大学校办学自主权，使大学成为真正独立的法人以及十八届三中全会提出建立事业单位法人治理结构的主要原因。但从现实情况看，公立大学很难说已经具备了作为独立法人的条件。
首先，公立大学并不具备独立的行为能力。在领导体制上，大学的领导班子从党委书记到校长、副校长都是由上级组织部门任命的。任命并不意味着依附，关键在于对上级主管部门与学校之间权力界限划分并没有明确的规则。尽管可以笼统界定为举办者和办学者之间的关系，但实质上，政府之手控制着学校的人事和绝大部分财政权，随时可以伸进校园，校领导班子不但无力抗拒，甚至基于科层关系，还很欢迎这种干预。从民法的角度看，法人的民事行为能力的核心在于以自己独立的意思表示作为或不作为，而大学的行为很难说是基于自己独立的意思表示做出的。因此，揭开大学的法人而纱，其幕后主导者往往是政府。
其次，公立大学的法人财产权不具备完整的所有权的权能。公立大学财产来源公私皆有，既有政府的初始出资、教育拨款，也有学费杂费乃至校办企业的利润、租金和知识产权收入等。从所有权的占有、使用、收益、处分四个方而的权能看，大学的法人财产权残缺不全。占有权能方而，政府无偿划拨给大学的土地可能被收回，部分资金未在规定时间内用完也会被收回。使用权能方而，公立大学的资产仍属于国有资产，高校只能依法使用，在用途上有严格的限制。收益权能方而，大学作为事业单位，是非营利、公益性的组织，在哪些方而可以获得收益存在极大争议。处分权能方而，除小额资产外，对公立高校国有资产的处分必须报政府有关部门批准，法人财产权中的终极处分权能归国家所有。根据《担保法》第9条、第37条的规定，公立大学不能成为担保人，其大部分国有资产也不得抵押。严格国有资产管理自有其必要性，这里只是指出公立大学法人财产权的现实。
最后，公立大学也不具备独立的责任能力。由于法人财产权权能不足，所以大学承担责任的能力受限。大学以哪些财产承担民事责任、能不能破产这些问题在法律上都没有明确的依据。现实生活中，在学生伤害事故的处理上，学校无力承担的部分最终要由政府买单;在大学贷款危机中，政府要对大学还款实行奖补、土地置换，甚至由政府直接偿还。
综上所述，公立高校虽然已经具备了事业单位法人资格，但实质和计划经济条件下的事业单位区别不大，与改革前的国有企业十分相似，在很大程度上仍然依附于主管部门。正是因为基于民法视角的事业单位法人的概念不能准确反映我国公立大学与政府间的关系，越来越多的学者倾向于将大学定位为行政法学上的公务法人。
二、作为授权行政主体的大学
2014年12月24日，最高人民法院发布了第9批指导案例。其中，指导案例第38号田永诉北京科技大学拒发毕业证、学位证案明确高等学校对受教育者因违反校规、校纪而拒绝颁发学历证书、学位证书，受教育者不服的，可以依法提起行政诉讼。也就是说，在大学拒绝颁发学历证书、学位证书时，大学可以作为行政诉讼的适格被告。指导案例第39号何小强诉华中科技大学拒绝授予学位案除了明确申请人对高等学校不授予其学位的决定不服提起行政诉讼的，人民法院应当依法受理外，更进一步指出高等学校依照《中华人民共和国学位条例暂行实施办法》的有关规定，在学术自治范围内制定的授予学位的学术水平标准，以及据此标准作出的是否授予学位的决定，人民法院应予支持。这两个指导案例不仅明确了大学在学历、学位授予方而作为行政诉讼被告的资格，更确认了大学在学术自治范围内有依法自行制定学术评价标准的自治权。
在2014年11月1日《行政诉讼法》修改前，大学不予颁发学历、学位证书是否可诉、属于何种性质的诉讼，在理论和实践上都经历了一个探索的过程。经1999年的田永诉北京科技大学拒发毕业证、学位证案后，大学生与学校间的学历、学位纠纷一般都认为是可诉的，且诉讼性质为行政诉讼。这是因为1989年的《行政诉讼法》并没有规定大学这样的组织可以作为行政诉讼的被告，但是行政法学运用行政主体的概念对行政诉讼被告进行了扩大解释。行政主体是指享有行政权，能以自己的名义实施行政决定，并能独立承担该行为所产生的法律效果的社会组织，包括职权行政主体和授权行政主体两类。131职权行政主体一般指国家机关，授权行政主体包括法律、法规、规章授权的组织。
大学作为《学位条例》授权颁发学位的组织，一般被认为在作出颁发学位相关决定时为授权行政主体，学位申请人(大学生)对该决定不服时，可以提起行政诉讼。2014年11月修改后的《行政诉讼法》在原第2条公民、法人或者其他组织认为行政机关和行政机关工作人员的具体行政行为侵犯其合法权益，有权依照本法向人民法院提起诉讼的基础上增加了一款前款所称行政行为，包括法律、法规、规章授权的组织作出的行政行为。这是将行政司法取得的正确经验上升到了立法的层面。
按照这样的逻辑，大学既然可以在行政诉讼中做被告，在法律上也就应该认定为行政主体，所行使的是国家法律、法规、规章所授予的行政权。不过，与一般授权行政主体不同，大学作为一种特殊的授权行政主体似乎享有更多自由。
首先，招生自主。在2003年阂笛诉苏州大学案中，苏州市中级人民法院认为学校招收录取考生的行为是自主管理行为，不属于行政管理权范畴。阂笛报考苏州大学，其进入学校受教育的权利还没有形成，大学是否录取属学校自主权范畴，驳回了阂笛的诉讼要求。阂笛上诉，江苏省高级人民法院维持了苏州中院的以上判决。I51 2013年《中共中央关于全而深化改革若干重大问题的决定》提出:学校依法自主招生、扩大学校办学自主权。
其次，制定校规自主。2011年10月，最高人民法院在甘露不服暨南大学开除学籍决定案中指出:人民法院审理案件时，应当以相关法律、法规为依据，参照相关规章，并可参考涉案高等院校正式公布的不违反上位法规定精神的校纪校规。此判决载于《最高人民法院公报》，对下级法院的审判具有指导作用。此判决不仅明确学校有权自主管理，而且规定只要基于自主管理权制定的校规不违反上位法规定，法院就应当参照。
最后，授予学位自主。在何小强诉华中科技大学案中，法院认为:《学位条例暂行实施办法》赋予学位授予单位在不违反《学位条例》所规定授予学士学位基本原则的基础上，在学术自治范围内制定学士学位授予标准的权力和职责，华中科技大学在此授权范围内将全国大学英语四级考试成绩与学士学位挂钩，属于学术自治的范畴。也就是说，在授予学位问题上，法院尊重学校自行制定学术评价标准的权利。
与同是授权行政主体的公安机关车辆管理所比较，根据《机动车登记规定》《机动车驾驶证申领和使用规定》这两部规章的授权，车辆管理所是行使车辆行政管理职权的专门组织。但车管所既无权规定法定条件以外的车辆注册登记条件，更不能自主决定接受哪些申请人的申请。一般的授权行政主体被授予的行政职权都是非常明确的，在理论和实践上都没有自主权这样的概念装置，大学却有不同的自治权力。
三、作为学术自由载体的大学
既然基于民法的事业单位法人和基于行政法的授权行政主体两个概念都无法圆满解释大学的特权，有必要从其他法律的角度探寻大学的特殊性，首当其冲的就是宪法。
宪法教义学(释义学)存在以下假设:一、尊重现行宪法文本，我国现行宪法是1982年宪法(包括四个修正案)。学术界盛行着某种立法者的法理学，即任何社会问题出现首先想到的就是抨击法律，意图修改法律，但事实上完美的法律从来不曾出现。当今被世界各国追捧的美国宪法，产生之时居然没有包括一部《权利法案》，更逞论解决黑奴问题。我国现行宪法确认了大量的公民的基本权利，规定了人民实现其权利的方式人民代表大会制，在总体上是正义的。建设法治国家首先就是要保证宪法的规定在日常生活中得到落实，而不是从各个方而去寻找、论证它的瑕疵。宪法教义学将现行宪法视为信仰的来源，现行宪法的规定既是解释对象，也是解释根据。二、假设现行宪法是一个无漏洞的体系。法教义学的工作主要是解释和体系化。通过解释和体系化，弥合分歧、填补漏洞，最终现行宪法能够形成一个完美无缺的体系，任何法律疑问都可以在宪法里找到答案。宪法是一个国家整个法律体系的核心和基石，一切其他法律都是宪法的相关规定在特定部门法的体现，都是对宪法相应条款的立法实施;一切国家权力来源于宪法的授予，一切公民权利来源于宪法和法律的确认;既包括明确的授权，也包括隐含的、衍生的授权。
大学权利的直接来源是《教育法》《高等教育法》和《学位条例》。《教育法》第2$条规定:学校及其他教育机构行使下列权利:(一)按照章程自主管理;(二)组织实施教育教学活动;(三)招收学生或者其他受教育者;(四)对受教育者进行学籍管理，实施奖励或者处分;(五)对受教育者颁发相应的学业证书;(六)聘任教师及其他职工，实施奖励或者处分;(七)管理、使用本单位的设施和经费;(八)拒绝任何组织和个人对教育教学活动的非法干涉;(九)法律、法规规定的其他权利。《高等教育法》第11条规定:高等学校应当而向社会，依法自主办学，实行民主管理。《学位条例》第8条规定:学士学位，由国务院授权的高等学校授予;硕士学位、博士学位，由国务院授权的高等学校和科学研究机构授予。
从《教育法》第2$条规定看，该条既适用于中小学，也适用于大学;既适用于公立学校，也适用于私立学校。同一条款列举的权利应属于同一性质，其第七项管理、使用本单位的设施和经费是任何单位包括公司、企业都具有的权利，该项不属于国家权力，因此，本条列举的其余权利也不应属于国家权力。对这些权利行使的过程与结果不服，只能提起民事诉讼。《学位条例》第8条对大学的授权是将《教育法》第22条国家实行学位制度中的国家授予学位的权力授予了大学。在授予学位问题上，大学是代表国家授予国家学位，而不是代表学校授予大学的学位，是国家教育行政权的体现，因此，对此不服可以提起行政诉讼。《高等教育法》第11条规定自主办学，第34条规定自主制定教学计划、选编教材、组织实施教学活动，这里的自主究竟属于民事性质还是行政性质暖昧不明，需要从宪法中去寻找依据。
从宪法文本来看，可能成为我国大学宪法根基的条款共有三处:一是宪法第46条规定的公民有受教育的权利和义务二是第19条国家发展社会主义的教育事业发展高等教育三是第47条公民有进行科学研究的自由。
首先，宪法第46条第一款规定公民有受教育的权利和义务，在这里权利和义务意指既是权利也是义务，也就是说权利和义务的主体是同一主体。但实际上，对于成年人而言，并没有强制接受教育的义务。因此，这里所谓的受教育权利是指适龄儿童有享受免费基本教育的权利，受教育义务是指适龄儿童必须接受基本教育。宪法第46条无法成为我国大学存在的法律依据，因为高等教育不属于义务教育范畴。
其次，宪法第19条的责任主体是国家。无论对国家的含义如何解释，如果把本条作为大学的宪法根基，那就意味着大学和国家浑然一体，政府与社会毫无分殊，这既不符合1982年制定宪法时的实际(即便那时，机关和事业单位的区别还是非常明显的)，也不符合当下大学部分法人化的现实。本条的行为模式是发展，至少意味着规划、投资，大学恰恰是需要政府规划、投资的对象。
最后，宪法第47条规定的从事科学研究的自由以及从事教育事业的权利，实际上相当于其他国家宪法中的学术自由。从权利主体看，学术自由的主体是一般公民。但根据德国宪法法院的描述，学术是指凡就其内容与形式，可以被认为严谨且有计划的尝试对真理加以探究者。普通公民通常并不具备严谨且有计划的尝试对真理加以探究的知识基础，权利主体一般限制为大学教师、高年级本科生和研究生。
从性质上看，学术自由属于公民自由权利的一部分。学术自由本属于公民个体的权利，但在当今的时代却很难独立行使。知识爆炸、文献翻新、数据库昂贵等使得研究者仅依靠私人图书馆就可以研究的时代一去不复返了。更不用说自然科学研究需要的类似于大型强子对撞机这样的实验设备，这使得研究人员紧密地结合在首席科学家周围，就像雇员听命于老板。研究者的集聚、学术自由权利的聚合产生了一种新的权力学术权力。这种权力与其他权力一样，都具有在一种社会关系里哪怕遇到反对也能贯彻自己意志的能力，能够支配、改变被支配者的意志，产生预期效果。其实质不是国家权力，不以政治统治为前提，也不以国家机关为其承担者;而是社会权力，即社会主体以其所拥有的社会资源对社会的支配力。这种社会权力是学者们学术自由权利的聚合，其所有者不再是学者个体，而是学者群体、学者所在的大学或研究机构。在这个意义上，学术自由构成了大学的宪法根基。
如果以上能够成立的话，大学自主、大学自治就顺理成章了。学术自由作为基本权利，既是主观权利也是客观法。主观权利是指基本权利的防御权功能和受益权功能都赋予个人以请求权，可以要求国家作为或不作为。客观法是指基本权利具备客观价值秩序功能，要求国家权力尽一切可能去创造和维持有利于基本权利实现的条件。大学自治是学术自由这一基本权利作为客观法，要求国家提供的制度保障和组织保障。
大学之所以具有招生自主权是因为选择学生属于学术自由基本权利的子权利。美国联邦最高法院大法官弗兰克福特在Sweezy v. New Hampshire案中指出，大学的学术自由包括四项基本自由:基于自身的学术理由决定谁来教、教什么、如何教以及谁来学。1131这里的谁来学就是选择学生。1965年在日本召开的国际大学协会第四次总会讨论的结果认为，大学自治应包括:一、人事的自治;二、学生选择的自治;三、教育课程决定的自治;四、研究计划决定的自治;五、财源分配的自治。由此可见，对学生的选择是学术自由的要求、大学自治的必须。
大学有权自主制定校规的原因在于，大学不是行政机关，其制定校规的行为只要是出于维护学术自由、提升学术水平的目的，所行使的就是学术权力，不是行政权力，也就不受法律保留原则的限制。不涉及到学术的规定，属于民事行为，就像企业、工厂制定自主管理的规则一样。
大学有权在颁发学位时增加法律之外的更高的学术要求，原因在于对于国家权力来说，法无授权即禁比。虽然大学颁发学位的权力在形式上来源于《学位条例》的授权，但其实质来源于学术自由的凝结学术权力。《学位条例》只是规定了授予学位的底线，大学基于自身对学术的认识制定高于国家标准的学术标准，只要符合法定的目的(保障学术自由)、没有不相关的考虑、程序公开透明，就无可厚非。
总之，从民法学事业单位法人的角度无法理解大学对政府的依附性，从行政法学授权行政主体的角度无法理解大学的各种自主权，唯有从宪法学学术自由载体的角度理解大学，才能解开大学的自主之谜。作为学术自由载体的大学既要求政府承担给付义务，提供大部分教育经费;又要求政府承担消极义务，不得过度干预大学自治;还要求社会成员(包括在校大学生)尊重大学的学术判断，在招生、学位授予方而享有自主权。