“河流生命健康”不是一个严格定义的科学概念，而是通俗意义上的管理评估工具。这样通俗的概念既可以在科学家、官员和公众之间进行沟通，也容易被社会公众所理解。
叶 平：河流生命研究的方法论在当代人类与河流关系的历史发展中，长期存在两种极端的方法论：一是对待河流的极端的人类中心主义倾向；二是对待河流的极端的非人类中心主义倾向。针对这两种极端的人与河流关系的方法论，其理论偏颇是显而易见的。
笔者认为，河流生命研究的出发点、最终目的和评价标准，既不是人类中心论也不是非人类中心论，而是人与自然的协同进化论，主要体现在“协同的整体论”、“进化的价值论”和“像河流那样思考”。协同的整体论河流生命的研究，首先要突破传统的生物生命的概念，参考和借鉴维尔纳茨基关于“活物质”研究的协同的整体论。
这里所说的“活物质”指的是生物圈内有机体的总和。维尔纳茨基提出“活物质”的新概念，其方法论在于“在地球化学中，生命的无数单个有机体的协同作用以有机体总和的形式表现出来，……必须引进表示生命的新概念。
……在这里，不是把单个有机体放在首位，因为单个有机体的作用是微不足道的，而是强调作为有机体总和的活物质，研究活物质的地质作用”。余谋昌教授认为，“活物质”是个新的科学概念，又是一种新的科学方法。
类比“活物质”研究，河流生命的研究，要以协同的整体论为基础，扬弃传统的生命概念，在河流生态系统的层面界定和开展河流生命概念的研究。一方面，在思维上，把河流生态系统扩展到人类社会系统，在河流生态系统承载阈限内，界定人类社会生态系统需求的最大值；另一方面，把人类社会生态系统扩展到河流生态系统，在人类社会生态系统保证良性运转所需的最基本要求范围内，界定河流生态系统需求的最大值。
综合上述两个方面，在河流生态系统与人类社会生态系统协同的基点上，应当贯彻“有利于人类，有利于生态”的“两个有利于”的人与河流伦理关系的原则，以此作为河流生命研究的指导思想的伦理基础以及人与河流相互依存、相互作用的理由和根据。但是，值得注意的是：并不是河流生命研究的任何层次都必须采用协同的整体论或系统论的方法，在论证河流生命过程中应当遵循“具体问题具体分析的原则”，可以根据河流生命问题要求的具体情况，采用整体论或系统论的方法，也可以采用还原论或简约论的方法，还可以把这两者的方法统一连贯起来应用。
进化的价值论何谓进化的价值论？“进化”一词引用的是达尔文的“进化论”中的术语，是想阐释“人与自然共同进化”的意思。进化的价值论是指关于人与自然共同进化的价值理论，把这种理论作为指导河流生命研究的原则和根据，就成为河流生命研究的方法论。
P.C. 卡尔宾斯卡娅认为：“‘共同进化’这一概念强调生物界和社会在最大范围内的相互渗透、相互交织和相互补充。”在研究生物圈时不能脱离人的活动的目的性，脱离人的创造能力。
仅仅是在自然科学基础上，或仅仅在系统方法、信息方法、热动力学方法这些一般科学方法的基础上，都不能理解有目的活动的内容和作用。P.C. 卡尔宾斯卡娅的观点对于指导我们的河流生命研究是很有意义的。
首先，她指出了人与自然协同进化或共同进化的主导方面是人而不是自然。更确切地说，我们在研究河流生命问题时包含着人对河流作用的结果负责任的伦理，这种伦理责任处于河流生命研究的首位并决定了这项研究的目的性。
其次，她表明人与自然共同进化，是自然方向性和人类生活活动目的性的统一，蕴含着人与自然共同创造的意义。В.Б.索恰瓦在《地理系统学说导论》中，提出“人与自然共同创造的迫切任务”。
他认为，人与自然共同创造，“是指人们所实现的旨在发展潜在自然力，以及增大人们有效利用地球空间能量条件的管理和措施系统。人与自然共同创造的基础，是利用自然界所固有的趋势和自然界的整体状况，并使之最优化。
如果把卡尔宾斯卡娅与索恰瓦的观点结合起来，那就恰好形成了人与自然协同进化的核心思想。这种思想对于河流生命的研究有重要的指导价值：一是我们反对不顾自然方向性的一味“征服”自然的思想方法，当代生态危机已经给我们提供了不少教训；二是我们也反对那种不顾人的生存的单纯的荒野保护。
我们开展河流生命的研究，坚持这种自然方向性与人类目的性的统一，坚持共同创造，决不能忽视人的现实性和历史