目前来看，《存款保险条例》更多确定的是规则性内容，对于关键的费率问题和更为细节的风险差别费率问题，将再由存款保险基金负责制定并上报。人民银行已明确表示，只是小比例地向金融机构收取保费，费率水平远低于绝大多数国家存款保险制度起步时的水平和现行水平，对金融机构的财务影响很小。
费率较低而偿付较高，这意味着可能出现存款保险基金并不能完全实现保障的情况，虽然形式上没有对存款保险基金的再保险，实际上政府和央行的救助责任依然存在。就此而言，我国的存款保险制度没有完全以市场化的方式解决问题。费率较低，会降低存款保险制度的实际作用，但较高的话，对商业银行的压力又会太大。较低费率的设定，体现了渐进改革的一贯策略。
我国的特殊情况是，银行家数偏少，大银行市场占比较高，多数银行都是以中央或地方政府为主要股东，因此存款保险制度的意义就有别于其他市场经济国家特别是小银行为主的国家。存款保险制度是出于预防风险和化解风险的目的，而我国目前情况是，出现银行破产的可能性很小――这不仅来自宏观基本面和银行基本面的稳健，甚至于刚性兑付都迟迟难以彻底打破。有效风险定价依然缺失。因此我们认为存款保险制度要发挥实质意义“尚有所待”，这有待的就是更多的体制改革，包括国企改革、银行多元化产权结构的改革、银行监管改革、市场化方式实施企业破产、打破刚性兑付的改革，乃至延伸到对融资平台进而对财税体制的改革，等等。
存款保险制度对金融机构具有强制性，但对高危投保人的风险实际上不好判别和认定，也会激励银行冒险。我国已经弱化了由于存保带来的成本增加问题，但仍有可能激励银行从事高风险投资和放贷，并在可控的范围内持续保持刚兑，也因此激励存款人冒险，导致社会融资成本提高。
至于对大银行和小银行的差别化影响，肯定有，但应该不会特别迅速而剧烈。因为小额存款人的比例较大，利率市场化条件下大额存款人的替代性选择机会多和对收益的要求较高，目前的保险制度可能还不足以使大额存款人对大银行和小银行的风险偏好作出足够大的差异化调整――这来自银行风险管理水平的差异、政府对风险容忍度的变化、大银行由于中央政府背景和大而不能倒可能有的潜在救助，以及小银行可能采取的能带来更高收益的激进行为的影响，等等。
再者，存款保险制度的实施，与是否有需要降低存款准备金率等政策的对冲，也并没直接关系。特别是在存款保险费率制定在较低水平的情形下。降准能够降低银行体系的成本，主要是在于增大信用创造的能力和更高收益资产配置空间。目前过高的法定准备金率来自于高增长时期回收流动性和防范银行过度信用扩张的需要，并不是出于对银行的隐性救助责任。存款保险制度本身就是金融风险防范和化解的安排，也赋予了存款保险基金一定的实际金融监管职责，因此应避免形成多重监管叠加导致监管强化的后果，使监管强弱更多根据周期而定，这样就可以在现有的一些监管方面有所放松，比如存贷比等等。