我国的高等院校（除部分民办高校外），实行的是行政事业单位管理，随着我国高等教育事业的发展，资金的筹集渠道也逐渐多元化。在资金的使用方面，高校通常涉及到基础设施建设、教学科研、物资采购以及后勤保障等业务。加强高校财务内部控制制度，可以有效地提高资金的使用效率，减少违规违纪行为的发生。2014年1月1日开始正式施行的《行政事业单位内部控制规范（试行）》，为高等院校加强内部控制建设提供了指引。
一、高等院校内部控制存在的问题
1.内部控制意识淡薄，认识不到位。
内部控制是高校内部风险防范的机制，目的是为了提高管理效率，充分有效地获得和使用各种资源，达到既定的目标。目前高校的内部控制制度从制定到执行，存在着较大的脱节，主要原因之一就是内部控制的意识淡薄。有些院校的领导对于内部控制不重视，把内部控制当作一种形式，未采取实质性的措施，导致内部财务工作人员对于内部控制认识不到位，内控意识薄弱，内部控制中的重要部门之一的内审机构严重缺失。
2.内部控制体系不健全，执行情况不理想。
内部控制体系不健全，直接影响到了高校内部控制制度的建设，很多高校领导权力得不到有效的束缚，而依托高校建立的内部审计部门独立性很差，无法按照制度执行相关的工作，导致一些高校的内部控制流于形式，内部审计工作也只能停留在基础的层面，难以深入下去，甚至个别高校中出现内审部门与管理人员串通舞弊的情况。此外，高校的内部控制制度本身也存在诸多有待完善的地方，一些高校的内部控制制度更新速度慢，难以适应改革的需要，导致内部控制系统制度产生漏洞。在内部控制制度的执行方面也存在着很多需要完善的地方，最突出的就是执行不到位，不按照内部控制的要求执行，严重地削弱了高校内部控制制度的效力。
3.会计岗位职责不明，会计人员素质偏低。
由于高校财务部门工作比较繁重，需要处理各方面的事物，仅教职工报账，就是十分庞杂的一项工作，需要大量的人员进行处理。有时候会出现人手短缺，导致一人多岗、工作交叉等情况的出现。而财务部门的很多岗位是不相容的，这样很容易出现内部控制的漏洞。一些办学规模较小的高校中，内部控制方面的工作没有独立出来，而是由财务部门来完成，这样的内部审计结果也就无法进一步完善内部控制体系。此外，很多高校中财务人员职称、学历、年龄结构不合理，对于新的会计准则、内部控制制度等新制度的贯彻学习不够，导致专业知识跟不上时代的步伐，高校内部控制水平低下。
4.缺乏有效的外部评价系统，审计监督力度薄弱。
新的《行政事业单位内部控制规范（试行）》中，设计了一套较为完整的体系，但是其中缺乏有效的外部评价机制，即没有引入第三方审计监督。在《规范》中对于行政事业单位如何对内部控制实施的效果如何没有评价的机制，这对于提升高校内部控制效果十分不利。此外，高等院校的内部监督力度也相对薄弱，目前，我国的高等院校的内部监督主要由内部审计部门担任，但是内部监督缺乏独立性，在实际的审计监督过程中无法进行全面有效的审计，很多时候流于形式。虽然各大高校每年会定期进行内部审计，但是从实际的审计监督效果看，效果不理想，仅仅是对个别违规行为进行查处，而且处罚的力度也不够，没有形成很好的威慑力。
二、强化高等院校内部控制的对策
1.高校领导重视内部控制，提高整体的内部控制意识。
目前高校内部还是呈现较为明显的集权制，高校的主要负责人对于制度的实行有着十分关键的作用。因此，内部控制意识的强化需要领导给予足够的重视，在内部控制制度建立以后，还要以身作则，积极督促，提高执行的效果，而不是仅仅把内部控制制度当作一种形式。如果高校的领导都不重视内部控制制度，在执行相关的内部控制制度时，下面的员工就很可能出现消极应对、敷衍了事的情况。因此，高校领导的重视至关重要。
2.依据最新的规章制度，不断健全内部控制体系。
高校必须根据新颁布的行政事业单位内部控制规范，结合自身的财务工作特点，建立、健全内部控制制度。首先，在《规范》的指导下，根据自身的实际情况，构建针对性强、执行性好的内部控制制度。其次，强化内部控制系统审计工作，这样可以与制度的执行效果形成有机的衔接，从而形成有效的权力约束机制，防止内部控制执行效果不到位而出现的舞弊、挪用公款等问题。这就要求高校的财务部门必须严格执行财务规章制度，严格执行《会计法》和会计基础工作规范。
3.明确岗位职责，提高财务人员专业素质。
岗位分离是财务工作的基础，不能因为工作繁重，而产生内部控制制度中禁止的岗位交叉和一人多岗的情况。要在内部明确各个岗位的职责，对于不兼容岗位的工作必须分离。加强学习，进一步提升财务人员的专业素质，特别是有关内部控制重点的学习。高校可以选择一家师资力量雄厚的会计培训机构，对财务人员进行定期的培训。此外，高校可以根据自身的情况，引入奖惩机制，对于执行内部控制制度表现优秀的工作人员给予一定的奖励，形成良好的示范作用。而对于内部控制制度执行中消极应对、执行不到位的，进行内部通报批评，并适当进行处罚，从而有效的提升高校的内部控制管理水平。
