许多企业也错误地认为制定各种各样的制度和手册就是在实行内部控制，而没有实质性地改变企业管理和运营的模式、过程和方法。但是在实际工作中仍然存在着诸多问题需要解决，如部门设置不合理、治理结构不合理、工作人员业务水平较差等等，想要提升企业内部控制制度的执行水平，就必须切实解决上述问题，帮助企业健康稳定可持续发展。
企业施行内部控制的目的是为了提升企业活动的有效性，切实制定符合企业自身发展的经营方针和现实目标;确保企业资产运用的合理性和安全性，防止无谓的资产流失及浪费问题;各项企业决策信息来源的可靠性和准确性，从而为企业决策者做出正确经营管理决策提供第一手资料。
内部控制是防范企业经营风险的最行之有效的一种手段。内部控制的意义是合理保证企业经营管理合法合规、资产安全、财务报告及相关信息真实完整，提高经营效率和效果。内部控制首先就是要通过对企业生产经营活动的全面控制，发现和杜绝违反法律法规的企业行为，保证企业健康持续快速的发展。
内部控制制度想要得到完善，首先就要有完善规范的法人治理结构，在一个企业内部，不能有特殊人员，所有的人都必须被纳入内部控制制度的管理和约束当中。并且要准确定位内部控制和监控的重点对象。产权制度是企业法人治理的核心，企业的法人治理结构是否规范关键在于企业董事会的效用是否得到了充分的发挥。但是单从上面的案例看来，我国的法人治理结构从很大程度上来说还处于形式大于实效的阶段，多职任于一人，店长、执行经理任于一身，进货和管理由一人担任等，工作流于形式没有切实发挥效用的情况屡见不鲜。在这样的不良环境下，企业产权关系难以得到明确，权力失去约束、责任无人承担，违规违纪问题随时可能滋生，信息传递也无法达到快速高效，长此以往，必将阻碍企业的健康稳定可持续发展。