同时，煤炭的粗放式开发也带来了很多问题，主要是环境问题。比如，粗放式煤炭开发引发地下水和地表生态损伤、煤炭未优质化利用引起大气污染。但这不是煤本身的问题，而是利用煤的人没有把煤炭利用好。煤炭行业粗放地开发不是科学的方式，所以我们要转型，让煤炭行业实现清洁发展。
煤炭清洁发展的战略定位
煤炭清洁发展的内涵是：煤炭清洁高效可持续开发利用，贯穿煤炭开采、加工、利用、转化、综合循环等全产业链，实现煤炭开发利用生态环境友好、全系统安全有保障、全产业高效、全过程低碳减排的新型煤炭工业发展方式。
煤炭清洁发展要实现四大转变：由资源驱动向创新驱动型转变;由燃料向燃料、原料并重方式转变;由相对粗放开发向集约绿色、互联智能方式转变;由传统高排放利用向近零排放的清洁高效方式转变。
煤炭清洁发展的路径
煤炭清洁发展的路径有以下四条：
1.基于环境友好的煤炭绿色开发。
煤炭开发时不能破坏环境，要建设环境友好的煤炭开发体系。神华的矿区，开发之后比开发之前更漂亮。我们对地表进行了保护、恢复。
同时，神华对煤矿矿井水进行了有效保护与高效利用。神华集团“煤炭开采水资源保护与利用”国家重点实验室是煤炭行业仅有的8个国家级重点实验室之一。
依靠科技创新，神华还实现了煤炭与瓦斯、地热等多种资源协调开发利用。
2.基于超低排放的燃煤发电。燃煤发电目前占全国电力装机的60.7%，占发电量的70%以上。未来较长一段时间内，燃煤发电仍将是我国的主要电力来源，预计2030年装机量在1100GW～1300GW之间。
燃煤发电污染控制在各工业行业中处于领先水平，在燃煤发电的排放标准上，我国的标准其实比美国还高，但由于其绝对量较大，特别是重点地区分布密度大，污染物排放强度还比较高。不过，现在燃煤发电大气污染物排放已经可以达到或低于燃气机组排放标准。
燃煤发电超低排放的经济和社会效益都很显著。燃煤发电机组实现超低排放所增加的成本不到0.02元/千瓦时。目前燃煤发电0.3～0.4元/千瓦时左右的上网电价，远低于天然气发电0.8元/千瓦时左右的上网电价。也就是说，用煤发电达到同样的排放甚至更低，成本是天然气的一半。
神华目前已经有29台燃煤机组完成了超低排放改造，占全国的40%以上。如果全国燃煤发电机组全面应用超低排放技术，煤电主要污染物排放较2013年可降低约90%。
燃煤发电的二氧化碳减排也非常重要。如果全球燃煤电厂效率从目前的35%提高到现在最为先进的45%左右，全球燃煤发电可减排二氧化碳40亿吨。未来如逐步用先进的超超临界机组替代老旧机组，中国在装机总量持续增加情况下，燃煤发电的二氧化碳排放总量仍可保持基本稳定。
3.基于清洁转化的现代煤化工。煤炭还可以转化成石油、天然气、化工材料等。目前，中国煤炭清洁转化产业技术和工业示范取得了突破性发展，整体上处于世界领先地位。我们可以通过科技创新进一步提升现代煤化工产业技术水平和竞争力。
4.全面布局战略性新兴产业。建立化石能源与非化石能源耦合的智能能源系统，实现规模能源（化石能源）清洁化，清洁能源（非化石能源）规模化。
中国在未来20年还离不开煤炭，所以我们要把煤利用干净。神华实施了一系列科技创新项目和示范工程，煤炭的清洁发展已初见成效;未来将进一步加大研发力度，支撑清洁能源产业发展，建立与清洁能源方案提供商相匹配的自主创新能力。
到2025年，煤炭清洁发展将发生这些变化：煤炭开发，煤炭科学产能占比达90%，生态恢复率达70%;煤炭利用，2025年煤电平均供电煤耗降到300gce/kWh，污染物排放绩效在目前基础上降低80%;煤炭转化，转化效率在目前基础上提高8个百分点，水耗降低25%。这样，我们就能对煤炭这个传统能源做到清洁利用。