一、审计对政府资金投资项目进行可行性分析。首先应审核投资项目决策程序是否到位；其次是审核建设单位是否对投资项目进行可行性分析和不可行性分析；第三是根据国家审计所掌握的资料，审核投资项目是否属于重复建设、是否存在移花接木、化整为零的情况；第四是审核投资项目的 社会 效益和经济效益的 计算 依据是否真实、计算 方法 是否 科学 ；第五是审核工程概(预)算编制依据、项目 内容 、工程量计算、定额套用等是否真实、完整、正确；最后要审核建设项目资金来源是否真正落实，自筹资金能否满足需要，上级及有关部门的配套资金能否得到充分保证，项目资金是否按时、足额到位，防止建设单位在申报投资项目时，其项目资金没有真正落实或者资金不足的情况，防止出现“钓鱼工程”。
二、审查投资项目开工程序是否符合规定。审计机关要审核建设工程开工前，是否按规定按程序向相关管理部门提出工程开工申请，并取得各种建设工程开工许可证，如建设工程规划、建筑用地规划、建筑工程施工许可证。特别是 目前 “国六条”出台后，土地用地审批受到严格控制的时候，建设工程用地是否取得了用地许可证已成为审核的重点。同时还要审核所批建设工程开工是否存在越权审批现象。
三、审核投资项目的有关货物及服务行为的采购是否严格执行政府采购。国家审计机关应审核建设工程开工前，是否严格执行《中华人民共和国政府采购法》、《中华人民共和国招标投标法》，是否有不具备相应资质的勘察、设计、施工、监理等单位及有关社会中介机构参加竞标；是否对限额以上的货物、工程及服务行为都实行招投标等政府采购形式，是否有将必须进行招标等政府采购形式的项目化整为零，或者以其他方式规避招标；在招标等政府采购形式中是否存在串标、骗标等舞弊现象；应对竞标单位进行抽查，检查是否存在同一个施工单位以多个法人的名义进行竞标，以获得中标权；是否用串标方法人为压低标价；是否把符合公开招标条件的项目改为邀请招标、竞争性谈判采购、单一来源采购，对于邀请招标、竞争性谈判采购和询价采购的供应商是否在三家以上；所签订的建设工程各项合同是否明确审计决定对承包商具有 法律 效力，工程中标价与施工合同价是否相符，是否随意变更和调整招标确定的内容。
四、对已开工的建设工程进行追踪审计。工程开工后，为了促使工程施工严格按照设计目标和工程概(预)算进行，及时防止工程超规模、超标准、超概(预)算，擅自增加建设 内容 ，应对政府重点工程和一定规模以上的工程项目进行期中审计，审计内容：对工程项目内部控制制度的健全性和有效性进行审计评价，以确保内部控制制度健全、合理、有效，使工程建设达到预期设计目标和效益； 会计 核算设置是否符合建设工程的要求，核算能否完整、系统、真实、准确地反映工程的资金来源和成本支出；强化资金全过程监控，审核项目资金筹备是否合规和按时足额到位，财政部门资金是否按预算、按工程进度及时、足额地拨给建设单位，是否有层层截留和积压现象；建设单位对施工单位是否严格按工程合同支付工程款，在支付工程款前，是否严格审核工程合同、支付申请、相关凭证、有关工程管理人员和工程负责人对支付工程款的意见，工程质量保证金是否按合同规定留足，质量保证金到期是否按合同处理，有否拖欠工程款和白条现象；工程项目资金是否专款专用，专户储备，项目资金是否存在虚列投资完成额、移用、挪用、截留、套取、贪污浪费、甚至将结余资金转移私立“小金库”等其他违纪违规的情况；在拆迁过程中有否按标准支付给拆迁户补偿费，是否有损害拆迁户利益违规拆迁的情况。
五、对竣工工程进行决算审计。既要审核建设工程的总规模、总投资额是否按概(预)算、工程进度是否按计划、按合同执行，又要审核建设工程中的单体工程的规模、投资额是否按概(预)算，工程进度是否按计划、按合同执行；工程变更是否按有关规定办理手续，超过工程总规模、总投资的规定比例后的部分，是否重新经过原批准部门批准；单体工程是否按时竣工，及时办理竣工验收手续；尾工工程是否能够按时竣工；是否未经竣工决算审计就办理工程款最终结算和竣工验收手续；工程资料是否已整理移交给档案部门，要防止建设工程竣工投入使用后，工程建设部门解散，工程资料无专人负责管理导致资料散失，给今后的工程改造或维修造成困难。
六、开展投资项目的绩效审计。一是对建设工程造价的绩效审计。在保证工程质量和进度的前提下，审核在原工程规模的基础上，通过建设单位的努力，在降低材料成本、压缩管理费用，合理调度建设资金，减少财务费用支出，合理收取索赔费用，使建设工程总造价比工程预算降低多少，反之，则比工程预算增加多少。二是对工程竣工后运营期的绩效审计。审计机关应检查工程项目投入运行后，所实现的 社会 效益和 经济 效益是否达到预期目标：如以经济效益为主的项目，要 分析 工程的成本效益、周期成本、可持续 发展 情况，投资回收期、投资利税率等指标是否达到目标；对于用收费还贷的工程项目，审核其收费总额是否已达到还贷总额，是否有收费已达到还贷总额仍继续收费的情况。如以社会效益为主的社会满意度、社会人文指标及其他社会 影响 指标等，应通过调查、测试、分析等方式进行定性或定量考核。同时为了正确考核工程项目的投资业绩，指导投资项目绩效审计，审计机关需要构建一套 科学 、规范、可操作性的审计评价指标体系。
七、对投资项目审计的再监督。一是上级审计机关应对下级审计机关的审计报告进行质量监督，在下级审计机关已对投资项目审计的基础上，对于上级拨款的项目和下级政府的重点工程项目实行建设工程抽查审计制度，以防止在审计报告中产生地方本位主义的弊病。二是加强对社会审计中介机构出具的建设工程审计报告的质量监督：检查中介机构的从业人员是否具备执业资格；审核对建设工程审计的审计程序是否到位；对社会审计中介机构的审计报告质量进行抽查，审核其出具的审计报告是否真实、准确、公正，以确保审计报告的公正性，促进社会审计中介机构竞争的公平性，给出具虚假审计报告的审计中介机构造成一定程度的威慑作用。三是对内部审计投资项目审计业务进行指导，并抽查属于其本单位审计范围的工程项目审计质量，以提高内部审计的工作质量。
八、建立投资项目审计情况及工程承包商诚信度公示制。对于已出具审计报告的投资项目，应提高工程建设结果情况的透明度，要把审计报告在指定的相关媒体上进行公示，使得与建设工程相关的部门和个人，对工程建设情况及存在的 问题 有比较详细的了解，从而加强对投资项目审计报告质量的监督，增强审计报告的公正性；为了使建设单位对建设工程有关的勘察、设计、施工、监理和社会审计中介机构等单位的诚信情况有所了解，要协同工程管理部门建立 企业 诚信网。对诚信情况向社会进行公示，公示内容应包括企业是否发生过如欺骗资质、行贿、拖欠工资、串标、骗标、偷税漏税、出具虚假审计报告等不良行为的情况，给违规违法的企业起一个威慑作用，给建设单位和负责招投标的政府部门提供一个资料查询媒体。