随着财政管理体制改革的深入，国库集中收付改革在一些地方正逐步推广，势必对财政预算执行审计产生影响。作为审计机关应如何应对，是一个亟待探讨的问题。
一、实行国库集中收付制度带来的财政管理体制的相关变化
国库集中收付是指财政的一切资金归口国库及其代理行设置的存款账户，所有的财政支出均通过这一账户进行拨付，是一项复杂的系统工程，必然引发财政管理体制的根本变革。
一是财政资金由分散管理变为集中统一管理。实行财政国库集中管理制度后，将改变预算单位自行开设银行账户的做法，在财政收入上，实行管理与收缴相分离，增设国库会计联行科目、自有联行行号、自行编押核押，自成国库联行体系，统一规定会计科目，供国库及国库代理行会计核算使用，变多头收缴为国库、银行统一收缴，同时增设国库管理机构，加强资金的入库与调度；在财政支出上，实行使用与支出相分离，变多层次分散、分期支付为集中支付。财政部门内部各科室拨款权被取消，随之更多的担负起支出管理。
二是资金的拨付由间接拨付变为直接拨付。减少库款划拨中转环节，提高资金使用效益，是国库集中收付改革的一个重要原因。随着国库集中收付制度的实施，必将建立一个上下贯通的高效率运作的国库资金划拨系统，以使财政资金的划拨由现行的曲线型变为直线型。同时，在会计主体不变的情况下成立国库核算中心，使用计算机处理财政款项的拨付，加速资金划拨，从而保证国家机器的正常运转和各项建设事业的顺利进行。
三是预算编制由财政部门代编预算变为部门自编预算。国库集中收付实行的是支出预算控制，要求各部门根据年度收支计划向财政部门按用途提出用款申请。因此，细化预算编制是国库集中收付的一个重要前提。同时，实行国库集中收付，要求预算单位每项经济业务由财政部门按实际支出数直接拨付供应商和劳务提供者。那么，由财政部门根据预算单位的特点、事业发展计划、财务收支状况以及财力可能，代编部门预算将不复存在。为使预算支出达到逐笔进行核定的要求，取而代之的是自上而下的部门自行编制预算。
四是预算外资金将由收支两条线管理变为预算内管理。预算外资金是国家财政性资金，不是部门和单位的自有资金，但这部分资金目前未纳入预算管理，而是由财政部门按照收支两条线原则，实行财政专户管理，在预算外资金管理上，或从财政专户按一定比例拨付单位，或用预算外收入先抵消地方补贴，结余部分按一定比例弥补公共经费。尽管目前国家还没有明令将预算外资金纳入预算管理，也就是说，国库集中收付改革后一段时间里也难以纳入预算管理。但是，为了使部门每笔经济业务由财政部门从国库存款户中直接拨付供应商和劳务提供者，必须改变当前的预算外资金管理，预算外资金纳入预算管理，只是一个时间问题。
二、国库集中收付改革对审计监督的影响
一是预算监督缺位，影响财政审计完整性。随着国库集中收付改革和部门预算改革全面深入，财政预算管理的作用越来越大。一本科学、细化的部门预算对于国库集中收付改革具有重要意义。这些年，尽管预算改革取得了一些明显成效，但由于缺乏对预算审计监督的法律依据，各级审计机关放松或放弃了对预算审计监督，导致了预算追加随意性大，削弱了预算管理的“钢性”约束力。从《审计法》赋予审计机关职责来看，没有强调审计机关对财政预算的监督，但从预算管理的组成来看，财政预算管理是由预算的编制、预算执行和决算的编制三个环节组成的。审计机关对政府的财政收支活动进行审计监督，也应从这三个环节进行审计，否则财政审计就失去了完整性，将难以对财政管理工作进行全面整体评价。
二是预算内外资金分割管理，不利于对财政资金综合效益进行评价。从现有的国库集中收付改革来看，没有将预算外这部分财政资金直接纳入国库管理，而是通过收支两条线，实行财政专户管理，对预算执行单位而言是通过比例分成形式使用这部分资金其分成比例在不同年份都有调整和变化；对于财政部门而言是通过征收调控基金和抵顶预算内资金的形式来平衡年度预算；从预算外资金管理形式来看，这种国库集中收付改革一方面具有不彻底性，没有真正“打捆”预算内外资金，给预算执行单位在收入再分配上留下了“自留地”，另一方面这种预算内外资金分割管理给审计机关审计评价财政性资金综合使用效益带来了一定困难。
三是预算单位会计信息被人为划分为两部分，造成会计责任主体不明确，经济责任难划分。《事业单位会计准则》和行政事业会计制度，对会计核算工作作出了原则规定，各预算单位不仅要核算财政性资金，同时也要核算其他资金。行政事业单位预算管理办法改变后，单位的全部收入和支出均纳入预算统一核算，统一管理，从而建立了全面反映单位财务收支活动的财务管理体系。国库集中收付改革虽然强调了预算单位会计主体不变，但有的地方将预算单位较多的部门实行财务集中核算，实际从根本上改变了预算单位会计主体，演变成了财政集中核算。没有实行财务集中核算的单位，会计主体的管理责任和会计责任事实上分别由财政和预算执行单位两个部分在履行，同时各预算执行单位自身还管理着一小部分“备用金”，又使得预算执行单位在一定资金使用范围内履行管理与会计双重责任，审计在划分经济责任时，不可避免会出现相互推诿责任的现象。不仅如此，国库集中收付改革把预算单位发生各项经济业务分成了两部分后，要想弄清一个预算单位财政财务收支的整体会计信息的真实性、合法性，就必须既审计国库、预算外资金财政专户，又要审计预算单位会计帐薄，势必给审计监督带来更大困难。 四是财税库网与“金审”工程没有对接，事中监督不力。国库集中收付改革的一个客观条件就是实行财、税、库、行计算联网，换句话说，就是凡是实行国库集中收付改革的地方都实行财、税、库、行联网。几年来，各地审计机关虽然加速了审计信息化建设，总的来看，“金审”工程明显滞后于财政改革步伐，对长期以来存在的财税责、权、利不明，组织税入库“踢皮球”现象；税务只顾完成上级下达的征收任务而不管入库如何；财政只注重资金的拨付使用，对税款入库深感乏力；国库仅仅是协助财税组织税款入库，弱化了国库管理监督职能等问题，不能实施有效地事前审计监督，弱化了审计监督的职能。
三、审计对策
推行国库集中收付不仅构成公共财政框架下一项高效、规范的公共预算执行制度，也是其他一些公共财政制度，如政府采购等得以顺利、有效实施的重要保证，预算执行审计工作必须调整思路，转变观念，创新审计机制，才能适应财政改革的步伐。
一是预算执行审计要由事后转移到事前，强化预算编制审计。前面已经阐述了国库集中支付实行的是预算控制。财政预算是预算管理的起点和依据，它反映整个国家分配的政策；规定财政资金活动的范围和方向，财政预算的编制可靠与否，对于国库集中支付及整个预算执行都具有十分重要的意义。同时，财政预算是审计机关进行预算执行和决算审计的重要依据，财政预算的科学合理与否，对预算执行决算审计作用的发挥有着重要作用。各级审计机关，如果只对预算执行及其结果进行审计，而不进行预算审计，那么对各级政府财政收入活动的审计是不全面、不完整的。况且目前预算编制的问题，在预算管理中比较突出。所以在《审计法》及其实施条例并未作出相应地修改前，为了改变目前这种财政预算编制监督缺位现象，审计机关不能坐等法规的调整，必须将预算执行审计的重心前移，加强对预算编制审计监督，通过试点，边探索，边总结，边完善，赢得地方人大、政府的支持，取得财政部门理解和配合，逐步建立由财政、审计共同审核部门预算编制的机制，形成财政预算编制审计的“小气候”。
二是预算执行审计的重点要转移到财政支出管理上来，弱化部门预算执行审计。一方面通过集中收付实行预算内收入直达金库，预算外收入直达专户，工资支出直达项目单位，政府采购支出直达中标供应商，建设资金直达项目承建商，减少了资金拨付中间环节，预算执行过程中存在的问题也会相应减少；另一方面，通过国库集中收付改革，实现了预算编制、执行、监督三个环节分离，促进了传统收支型财政向现代监督管理型财政转变，财政部门内部职能也将发生根本性调整，因此财政审计重点应及时调整到支出管理上来，审查预算编制方法的合理性，定额和标准的科学性，国库管理、政府采购、转移支付等内部控制健全有效性，促进财政部门形成一整套科学合理的管理制度和体系，强化财政监督管理。
三是对预算执行单位审计目标要转移到支出效益的审计评价上来，量化行政成本。在一个完整的管理系统中，监督检查是考察一项活动是否有效完成的一个必要环节。建立部门决算审签制度，要求预算单位年度财务报告都要经过审计机关审计，凡是纳入预算单位决算草表审签范围的单位，每年由审计机关按照统一的标准和要求进行审计，未经审计部门签署意见的，财政不得批复部门决算报告，下年预算也不能取得，这样就将审计作为预算管理的一个必要的环节。审计机关要积极探索行政成本审计，利用预算单位的行政成本审计结果，对预算单位决算草表是否能公允地反映被审计单位的预算收支情况，预算收支是否符合国家的有关规定，相应的会计处理是否符合会计准则和制度以及年初预算是否科学合理签署意见。此外，还要有选择性地将社会关注的部门决算审签情况进行公告，增强对各部门预算编制和预算追加的透明度和预算执行的严肃性，促进加强管理控制成本，细化预算，实现财权与事权有机统一。
四是审计信息化建设的侧重点要转移到“金审”工程上来，优化财政审计环境。财政审计是一个永恒主题，审计信息化建设也要服从和服务于这个中心。审计机关要积极争取地方人大、政府重视，利用国库集中收付改革契机，加快“金审”工程步伐，与财、税、库、行网络建设统一规划、统一投资、统一建设，实现多方使用，数据共享，既避免重复建设和损失浪费，有利于部门之间在行使监督管理职能时相互监督与制约，也有利于审计机关加强对财、税、库、行事前监督，发现问题及时纠正和督促整改，实现源头治腐。