仅仅是上述基本方面，儒家文化霸权已经给中国文明带来了极为深远的负面影响。
这种深远的负面影响，最重要的有两个方面――
其一，中国文明迷失了本色，日渐趋于衰落，以至最终僵化。
中国的原生文明，形成于中国历史的前三千年，以春秋、战国、秦帝国三大时代为核心与历史高峰。那时候，诸子百家汪洋恣肆，门派种类应有尽有，其雄浑强健与妖娆秀美相得益彰的气势，其质朴实用与玄奥思辨和谐并存的架构，使中国原生文明有着一种极其坚实的本色，堪称世界文明之唯一。这种本色，要用一句话概括，便是“刚柔相济，强势生存”。
从根基上说，中国文明在本质上摒弃懦弱，摒弃“文胜于质”的低劣竞争力。
在这种健康的相互制约而又共生共荣的文明生态环境下，保守复古的儒家，是不足为害的；其学派悲剧，甚至成了一道孤绝凄美的独特文化风景。有强大的天敌制约，儒家既无法泛滥成灾，无法危害社会，又对社会起着一种保守主义的制约作用；儒家自身的健康一面，又为时代增添着内涵。这便是中国文明原生态的伟大意义所在。破坏了这种文明原生态，必然遭受历史的惩罚。
但是，从儒家文化霸权开始，中国原生文明海洋中最保守的孤岛，骤然跃升为自己从来没有担当过的领袖角色，骤然没有了任何学派的制约。从此，中国文明的健康生态开始失衡了。儒家洪水在整个华夏文化圈内，猛烈地泛滥着、弥漫着，中国文明开始了漫长的儒家洪水时代。从此，头戴王冠、坐拥霸权的儒家，丧失了对自己赖以成长的伟大文明时代的敬畏，鼓荡着漫天污泥浊水，开始肆意淤塞最壮美的中国文明原生态环境。儒家越走越远，中国文明原生态，也越来越沙漠化、枯萎化。恒久浸蚀，恒久淤塞，伟大的中国原生文明，终于渐渐僵化了、腐朽了。
及至晚清，中国文明已经沦为一堆令世界强盗垂涎的“古老肉”了。
百余年前，中国惨遭列强连番凌辱，国人方才开始反思。最深刻的困惑是：中国究竟怎么了？为什么忽然之间变成了世界民族丛林的孱弱者？我们的老祖先害了我们吗？由此，知识界开始艰难地淘洗已经被浸蚀污染得无法辨认的古老文明，力图淘洗出她本来的颜色。
于是，“打倒孔家店”的口号出来了，新文化运动起来了，难觅踪迹的墨家被挖出来了，法家被挖出来了，林林总总的被淹没的学派，也被挖出来了；革命有了，运动有了。轰轰烈烈百余年，反反复复翻烧饼，那个最根本的老问题，还是没有明确答案：中国文明的力量根基究竟在哪里？
时至今日，淘洗工程似乎有了些许眉目。
人们开始从更广阔的历史视角，探索中国原生文明了。社会开始关注春秋战国秦帝国时代了，民族特质的东西，似乎比过去被看得重了。但是，普遍的社会思潮，仍然将儒家看作中国文明的正统。即或如此刚刚开始淘洗，许许多多的“读书人”已经开始惶惶不安了。在“新儒家”的旗号下，有人重新考证出“克己复礼”是进步的；有人重新考证出，董仲舒是法家；有人重新考证出，“罢黜百家，独尊儒术”不是儒家提出来的；有人要光大“国学”，恢复儒家经典在启蒙教育中的作用，要发起读经运动，等等等等，不一而足。即或是我们的官方，也将境外文化机构定名为“孔子学院”了；一度，孔子像也住进天安门广场了。
显然，在许许多多的中国“读书人”看来，儒家仍然是他们的灵魂依托。他们自觉不自觉地运用种种儒家手段，为儒家的合理性辩护，进而继续维护儒家的文明文化正统地位。更不要说，还有许许多多专吃儒家饭的“专家”群了。显然，要为中国文明确定一个文明历史坐标，从而清楚中国文明的原生态根基，依旧是十分艰难的话题。
其二，中国民族的生命状态严重萎缩，知识阶层的创造力大大降低。
儒家独尊，其内敛保守的学说思想渐渐蔓延渗透社会，中国人的生命状态在一个一个时代不断递减；西汉之后至隋唐，缓慢递减；宋代开始，迅速递减。中国民族的整体素质，大为下降，民众愚昧之势蔓延社会，书生迂腐之气积重难返，社会尚武之风大为衰落，事功创造精神日渐萎顿，实用性科学技术备受遏制，以至被视为“奇技淫巧”，堕入下九流地位。
最重要的是，职业官僚阶层的精神世界严重蜕化，执政理念不断趋于僵化，政务能力日益沦为钻营发迹的厚黑伎俩；腐败无能充斥官场，乡愿之风弥漫政坛。由儒家观念引领的中国王朝之“公器”阶层，日益封闭堕落，导致了中国社会的麻木沉睡。
于是，历史劫难接踵而至，屡次濒临亡国之危。一个基本事实是，在11世纪（北宋）及其之后的抗御外来侵略中，中国开始出现了全世界蔚为奇观的大规模汉奸现象――汉奸政府、汉奸军队、汉奸团体、汉奸文人，花样繁多，丑类汇聚，令人咋舌！外侮当前，相互攻讦的内斗之风大起，“宁亡外敌，不资家奴”的令人目瞪口呆的口号，也从中央庙堂喊了出来……凡此等等丑行，鲜有不以“大儒”自居者所为。
我们不能说，儒家都是软骨头。
但是，软骨头总是儒家，却是十之八九不错。
庙堂淤塞，知识阶层必然窒息。整个11世纪之后，中国“读书人”阶层，几乎完全丧失了文明创造力。所谓“百无一用是书生”，成为知识阶层无可奈何的哀叹与共鸣。凡此等等，中国文明在后一千年经受的种种顿挫屈辱，已经给了儒家霸权最好的结局说明――奉儒家为圭臬，中国文明必然走向衰落。
可以预料的是，许多“读书人”与儒家信奉者，必然要振振有词的将种种危难，归结于腐败政府，最终再喊一句：“儒家并不当权，欲加之罪，何患无辞！”但是，我们要问一句：作为占统治地位的意识形态，作为决定民族精神指向的居于文化霸权地位的学派，作为曾经的民族精神领袖，儒家究竟做了些什么？儒家不值得检讨么？信奉儒家的“读书人”们，不值得探究其原因么？
我们呼唤伟大的中国原生文明。
我们期待伟大的中国文明复兴。