1归档文件有些不宜合并
《实施细则》第二条第七款规定“请示与批复、报告与批示、问函与复函等来往文书作为一件”。笔者经过长期的归档文件整理工作实践，认为这样不太合理，因为如果这些文件被视为一件，这样在输入档案管理软件系统或填写归档文件目录时，只能登录批复件的信息，而不能登录请示件的信息，手工检索或档案管理软件条目级检索时就检索不到请示件的信息，而且有些批复可能没有请示件归档，这样也造成了批复件里有无请示件的不清楚，形成了一笔糊涂账，给档案检索带来不必要的麻烦，建议以上情况两个文件共存时还是按两件来处理。
另一种类同情况是《实施细则》第二条第五款规定“转发文件与被转发文件作为一件”。文件在被转发时转发文标题中可能只会出现被转发文的文号信息或部分标题信息，一般不会把被转发文的文号、标题等信息全部体现，如果不登录被转发文的信息，这样在没有实现档案计算机全文检索的单位就容易出现被转发文查找不出情况，还是按两件处理较好。
2归档文件整理还是编页码好
2001年《规则》颁布实施，新的规则对文书档案整理进行了比较大的改革，改“卷”为“件”，对归档文件的整理单位按“件”，而不再按“卷”，档案整理细节上也进行了变动，其中没有明确规定要编页码，而只用在归档文件目录里填写上“页数”。《实施细则》培训时也指出不必再编制页码，只用数一下页数，填在归档文件目录里即可，这样好多单位在归档文件整理时就不再编写页码，而是数一下页数，标注在文件的结尾处，以便登记归档文件目录时填写。笔者认为这样很不严肃，也很不科学。
首先，数页码工作本身有很大的随意性，不在页面上标注数字，就不能确定文件的准确页数。例如，一份文件，你数了是50页，他数了是52页，那如何鉴定谁数得对与错呢？或者有些不负责任的人根本就不去数，大致估一下说它有51页，那也只有天知道对错。如果日后此份文件原件借出了，归还时还需要再数一下页数的，如果归还时的页数跟原先标注的页数不符，那又该如何处理呢，是原先工作有误，还是借阅者少还了呢？因此只有标注了页码，才能知道页数是否数对了，才能分清责任，避免日后借阅可能产生的纠纷。其次，如果归档文件不编页码，就不容易排列文件的次序，特别是文件在提供利用需要复印时，不容易固定文件的先后顺序，给利用和管理带来不必要的麻烦。
3归档章的设置增加“页数”项
《实施细则》第三十二条规定“归档章设置全宗号、年度、保管期限、机构（问题）、室编件号、馆编件号等项目”。根据要求，归档章的设置里没有“页数”项，而归档文件目录里设置有“页数”项，我们就在文件的结尾处标注上页数，然后在打印目录或输入档案管理系统时输入“页数”信息，这样问题虽然解决了，但很不方便，在输机时还要翻来翻去地看，建议在归档章里增设“页数”项，填写归档章时直接填上，更方便档案的整理和利用。
4件号宜采用保管期限下流水编制
《实施细则》第三十一条规定“室编件号的编制办法为：按不同保管期限依文件排列顺序每年都从‘1’开始编制。在同一保管期限内，类目与类目之间件号可以连编。企业事业单位过去按同一年度、同一类目、同一保管期限内从‘1’开始逐卷流水编号的方法，在这次改革中可保持不变”。
由于笔者所属煤炭企业档案整理时采用的《煤炭工业企业档案分类规则》（试行）规定“党群类、行政类、经营类、生产技术类四大类档案均在一级类目内分年度整理档案，按二级类目进行编号排列，编号不考虑案卷的保管期限特征，在案卷排列时，应按照永久、长期、短期的顺序排列”，所以，我们集团在执行《实施细则》时按照要求没有改变编件号的方法，采用的是“大类――年度――件号”编制方法，不同保管期限间的件号是连编的，这样在需要插件时就出现了问题：由于各种原因不能按时归档的文件只能排列在大类该年度的后面，对档案管理非常不便。很多时候会出现该年度的最后又出现永久性档案的情况，造成档案整理编号的混乱，建议煤炭企业在编制件号时也区分不同保管期限分别编制，这样既便于档案管理，也便于发生特殊情况时对永久档案的及时抢救。
5归档章的填写宜用铅笔
《实施细则》第三十三条规定“填写归档章项目应使用碳素墨水等符合档案保护要求的字迹材料，禁止使用圆珠笔、铅笔、纯蓝墨水等不耐久的书写材料进行填写”，其实结合档案整理工作实际，对于归档章的填写要求完全没有这个必要。
在日常工作中，填写归档章时，经常会出现件号编错、其他内容写错、文件漏编、分错类、需插件等情况，如果用碳素笔或黑色水笔等填写，就不容易擦除和更改，再说归档章本来就是档案整理时加上去的，不属于档案的构成部分，只是为了便于查找档案而做的“标记”，同页码一样，都属于文件归档后对档案整理时的再加工，没有必要像要求档案制成材料那样去要求归档章要用符合档案保护要求的字迹材料来填写，既然编页码时用铅笔就是怕编错时好擦除，同样填写归档章也建议采用铅笔。
6二套档案不宜装订成册
《实施细则》第十三条规定“归档文件实行两套制。一套按《规则》进行文件级整理;一套按不同发文字号进行整理，加封面、归档文件目录、备考表、装订成发文汇集”。众所周知，文书档案之所以要进行立卷改革，要改“卷”为“件”，因为“件”不管是在整理上，还是在提供利用上，都比“卷”有更多的优势，是适应现代化管理的有益尝试，“卷”在好多时候暴露出不少的弊端，因此，国家档案局才顺应时代发展推出了《规则》，进行文书档案的立卷改革。 在实际工作中，二套档案的利用其实比一套档案的利用更加频繁，一来是因为好多利用者来借阅档案时能直接提供文件的文号或标题、年度、发文单位等信息，从二套档案里很容易就能查找出来;二来是即使不能提供上述信息，档案人员通过检索查出文件文号信息后，为了保护一套档案原件，也习惯提供二套档案来利用;三来档案的利用一般都是单份文件利用，很少有需要查阅一个发文单位一个年度所有文件的。综上所述，如果把二套档案装订成册，不但违背了《规则》提倡的改“卷”为“件”精神，也不利于档案的复印和提供利用，建议二套档案也同一套档案一样，以“件”为单位来整理。
7文件单份装订不宜用缝纫机
《实施细则》第十八条规定“归档文件采用线绳装订，文件较薄（2页～39页）的用缝纫机装订”。根据笔者多年的档案工作实践，缝纫机装订对档案纸张的损坏极大，操作时掉落的纸屑也容易对缝纫机造成破坏，这种危害是双向的，特别是对档案纸张造成的危害是不可逆的，而且缝纫机装订不容易拆，不利于档案数字化处理和提供利用时的复印。我就曾遇到一个档案利用者，把借出的档案复印时，直接把缝纫机装订部分给裁掉了，破坏了档案原件，这引发了我对档案装订方法的思考。档案装订的原则是应尽量减少对档案纸张的损坏又便于档案的数字化、复印和利用等，现在档案数字化工作都提上了工作日程，但档案数字化是建立在档案规范整理基础上的，档案整理装订在前，数字化处理在后，建议较薄档案的装订可以采用三种易拆又牢固的方法：一是包边，在文件的左上角用牛皮纸包边后用细棉线线装;二是采用不锈钢钉装订;三是采用简单线装，就是像订书机装订那样，只不过把订书机改成缝衣针、订书钉改成细棉线。
8文件排列、装盒不宜按文件来源“一刀切”
《实施细则》第二十六条规定“归档文件的排列，是指在分类方案的最低一级类目内，按事由结合时间、重要程度等排列。上级来文集中排列在本级档案文件之前，下级来文集中排在其后”，第三十九条规定“装盒时，上级文件与下级文件，应分开装盒。一般不与本机关文件混装（针对本机关的文件除外）”。
依笔者看来，上述规定有前后自相矛盾的地方，可操作性不强：一方面，既然归档文件要“按事由结合时间、重要程度等排列”，那么，就是强调了文件排列首先应该按事由也就是问题来排列，而同一问题的文件，可能牵涉到上级、本级、下级。如下级单位就某一问题请示上级主管部门，就需要下级单位先出一份请示，再以本级单位名义向上级主管部门请示，最后上级主管部门才会出具批复，凡此种种，这样，就不可能实现“上级来文集中排列在本级档案文件之前，下级来文集中排在其后”，如果硬要按文件的来源排列，就割裂了文件之间的事由联系。另一方面，装盒是按照件号顺序来装的，而件号又是根据文件排列决定的，既然前面已经明确要求上级、本级、下级文件不能混排，那么，“针对本机关的上级文件与下级文件”也就不可能与本机关的文件排列在一起，怎么又会与本机关文件装在一个盒子里呢？为了便于档案的查找，建议归档文件排列、装盒时还要按问题，而不是按文件的来源。
《规则》实行已有十几年，而且《归档文件整理规则（修订）》已列入国家档案局档案馆（室）业务指导司2014年度档案行业标准制修订项目计划，期待国家档案局出台新的《规则》后，河南省档案局也随之出台更合理、更科学的《实施细则》，以促进归档文件整理水平的提高，为档案的整理、保管、利用提供更好的保障。