胡适与协和医学院关系极深。胡适出席了协和医学院成立典礼，并是最早董事之一。林可胜来到协和，两人也有很多交往。
抗战爆发后，胡适被国民政府派往美国，先是从事公共外交，后正式接替王正廷出任驻美大使。林可胜在七七卢沟桥事变前，面对一触即发的中国战局，就曾向协和校长胡恒德提议，派遣协和医疗队去南京待命，以便在战争爆发时为前线部队服务。胡恒德当时考虑到美方及协和利益，不敢贸然得罪日本人，拒绝了林可胜提议，并建议林可胜去英国休假。1937年6月，北平沦陷前，林可胜带着向协和校方预支半年的工资和赴英往返旅费离开协和。1937年底，林可胜出任中国红十字会总会救护委员会总干事，受命筹组救护总队部，兼救护总队部总队长。在民族生死存亡之时，两个人都断然放下单纯的教育科学事业，以实际行动投身到争取民族独立解放的伟大斗争中来。
胡适不能说看不懂这些含义，当时因皖南事变国共关系顿显紧张。国民党正掀起新一轮反共高潮，既然可能与共产党暗中有勾结，林可胜去职就是应该的合理的，你胡适也不要再多说什么，要是一般人不说谈“共”色变，至少就此沉默，但胡适的学人呆气和他自己提倡的谏臣态度使他根据自己掌握的情况对蒋介石的说法又提出自己的看法，甚至说即使林可胜通共也不要紧，只要加以劝导就行了。胡适很快给蒋介石回封长电，详细说明自己的观点。
“极密。乞呈介公。元电、马电（即21日电）均敬悉。林可胜辞职事，蒙公垂注维持，幸甚。但马电云：据密报林左倾颇甚云云，足证有人造此排挤谗毁之空气。其所云林以破车供贝克，致贝克不满，电美停止接济云云，最可证其有意谗毁。盖红会（指美国红十字会）所得贝克一行人报告，均无不满林可胜之语。美红会所需车辆，原定由我政府运输机关供给，本不由林供给也。贝克深感我政府交通工具困难，故曾主张将原定药物暂减去一部分。适与子文均力劝美红会当局勿减损。但此中关键在于交通工具之管理支配。贝克本是交通管理专家，曾任我旧交通部顾问多年。鄙意颇盼公电召贝克与林可胜等来渝报告各项救济事业之运输状况，以明真相，并图改善之方。此事关系美红会700万金之救济工作，实甚重要。林为中外人士所器重，如实有左倾情事，亦可嘱翁咏霓、周诒春诸兄恳切劝导之。”
胡适电报等于否定了蒋介石的说法，虽没明言批评，其实等于批评国民政府的风气以及管理状况混乱、管理效率低下。对林左倾一事，虽然胡适给予否定，但其最后一句话，还有此番话所处的特定环境，不能不透露出胡适站在全民族抗战立场上用人观的大胆。
蒋介石接到胡适此信后，开始亲自处理此事。他基本上听从胡适建议，几次致电时任经济部长的翁文灏，命其劝林可胜务必不要辞职，“十字会救护总队各事务必亲自主持，以免异党分子混入职工，设法扰乱”；并质问故意用旧车运送美国红十字会所赠药品到底是怎么回事。翁文灏按照蒋介石的吩咐，致电林可胜要其到重庆来“面谒委座陈明实情”。林可胜来后，翁文灏陪同他见了蒋介石一次。蒋在会见林时，一面安慰林“对彼个人虽有许多告讦，但并不怀疑”，一面又特别警告似地说：必须“注意于严防异党活动”。林则强调根据“救护总队之方针，端在由全体人员专心担任救护工作，而不应分力于任何政治事项”。关于这次会见翁文灏的印象与感受，7月15日，他在给胡适的电报中说是：“委座对彼谈话意亦同此”；“深觉此言甚为诚实，弟亦曾签呈委座，陈明林君学有根底，广有声名，忠心为国，故任此职政府宜予以信用”。同时又觉得，“从人格上眼光，敢信林君为公正忠爱之士，惟默察形势，未知由何原因常有人在委座前对彼告讦，前途如何，自仍不易完全乐观。以此正人，偏多周折，至可慨叹”。 在“委座”面前告讦林可胜的，应该就有胡适前面所说的王正廷。这在翁文灏给胡适的此信中，再次得到了确证。“惟中国红十字会会长王儒堂及秘书长潘君对林君颇为不满”，翁文灏于蒋交待后，曾为此做了些调解工作。王正廷，中国现代著名外交家，胡适的前任驻美大使，因急于为抗战中的国家筹资，在无法从美国财政部和各大银行争取到借款的情况下，去和美国社会上的一些“混混”打交道，结果受骗上当，不仅丢了大使一职，还给胡适留下了一大摊烂事，缠绕了胡适整个大使期间。
虽然蒋给胡适回电说的信誓旦旦，在会见时表态也很好，但随后，国民政府军委会派出“特务人员驻队考察，如查有轨外行动者自可随时惩处”；林可胜不久也去职。由于他与军医署联系比较多，又有英美背景，于是被任命军医署长，随之又被派往中国远征军。关于这点，王安娜在《中国，我的第二故乡》一书有所交待：“每当从前线回来，他们便到我在重庆的家稍事休息。和我谈心。他们非常不安，极为苦恼，这倒不是因为生活和工作条件过于原始，而是因为国民党政府各个部门的贪污腐化越来越厉害。这一点军队也不例外。最初，林博士对医生们很理解，倾听他们的意见，积极采用他们提出的有关改善伤病员治疗机构的建议。用不着说，林博士是个廉洁清白、说干就干的人，但他不够老于世故，对来自政府和国民党的毫无道理的批评，不能坦然处之，结果，他从贵阳被召回。随后，红十字会本身也逐渐腐化，陷入泥沼之中。”
从现在的史料来看，林可胜当时确与中共有着某种往来。当他创办救护总站时，即得到保卫中国同盟的支持，同盟派出王安娜等人前来参观考察，“我担任联络工作，任务是给他们送书报，把他们的报告交给‘保卫中国同盟’或交给为支援他们而献金献物的外国组织”。保卫中国同盟，1938年6月，由宋庆龄、冯玉祥等中外著名人士联合在香港发起，旨在鼓励全世界爱好和平的人士进一步以医药、救济物资支援中国抗战。同盟要求其香港委员会与正在进行战斗的地区保持紧密联系，就这些地区需要什么救济物资，受援地区已经收到的金钱和物资实际上如何使用等问题，汇聚情况，定期做出报告。同盟还定下了这样准则：援助不受政治原因和地理区限制。这样， 共产党支配的地区也就包括在受援范围之内。当时，刚发生皖南事变，保卫中国同盟通电谴责蒋介石，与同盟有着某种往来的林可胜自然难逃“阴助”的口实。当这些和王正廷等人的攻讦结合起来时，虽然蒋介石相信他的才学，他的品行，他对抗战的贡献，也有胡适的辩护诤谏，蒋介石也不会再加留用。
胡适的辩护一部分出于对林可胜的了解，但更多是站在中美战时关系大局，站在中国抗战现实的需要。从此，也可看出胡适政治“发言”的品质，只要觉得某些方面“不对”，不管涉及谁，他都要发声，也敢于发声，而发声的基点，尽可能超越政治集团的相对偏狭，而站在民族整体利益上。