近年来，国家对农业经济体制进行改革，尤其是农业合作社的经营体制改革，更是受到广泛关注与欢迎，这为我国“三农”问题的解决奠定了坚实的基础，促使了我国农村生产力的进一步提高。
一、农业合作社发展中存在的问题
1、经营管理制度和运行机制不健全。存在为数不少的农民专业合作社只是注重建立却轻视管理，内部经营管理和运行机制不规范。很多合作社有规章制度，有办公场所，但是只是一种形式，形同虚设;还存在一部分只是为了实现政府的组建指标而仓促建立的。很多地方政府不同部门针对同一个方面的制度存在明显差异，制度混乱，使得农民不知该听从哪个。
2、金融机构服务滞后。当前我国农村金融面临的问题非常严峻，合作社资金主要来自合作社成员的资金。目前农村的金融现状如下：一是支持农村经济方面的金融力度不够。农业银行主要负责粮棉的收购贷款，在支持农村基础设施建设和教育的方面发挥的作用微乎其徽;二是金融机构“嫌贫爱富”。大部分农民贷款金额较小，这就导致银行交易成本相对较高，而且农村金融机构对农民的还贷能力存在一定的质疑。
3、专业人员的缺乏。目前，农民专业合作社发展上存在着人才的"三少"，即合作社中懂技术、善经营、会管理的优秀人才少之又少;政府相关指导部门中懂法律、懂政策、会监管的指导人员少;理论深厚、善于把国际先进经验和我国特殊国情融会贯通、善于理论联系实际的科研人员少。
4、合作内容层面低。与发达国家农民合作经济组织自身向着农产品加工领域延伸，实现农产品生产、加工纵向一体化发展的潮流和趋势向比较，我国农民合作经济组织参与农业产业化经营的层次还很低，仍停留在初级产品的生产流通领域。我国的农民专业合作组织目前主要起中介和联结作用，其本身并没有设计农产品的加工、延长农业产业的链条和实现农产品价值的增加。
二、现代农业合作社的积极功能
时代的发展，促使着各种经营理念的诞生。在现代化经营思想与模式的引领下，我国农业合作社已经形成一定的经营规模，无论是从组织结构、管理制度上，还是从资金融入上，都已经迈向一个新的台阶，其市场竞争力得到稳步的提高。尤其是分散农户的统一，更是提高了信息传递、更新的效率，为实行农业标准化生产、规模化经营提供有效助力。农业合作社的主要目的是促进农业的经济的发展，因此，现代农业合作社更加注重对农业活动各个环节的联合与创新，并在社员大会的指导下以及理事会、监事会两种组织的带领下，进行科学分工、优化配置、流动生产，从而实现有机调整农业经济结构的目的，降低了农业合作社在经济市场中经营与发展的风险，有利于农业合作社的进一步发展。科技是改变生产力的第一要素。因此，在农村经济的发展过程中，政府致力于对农业科技成果的应用，以便发挥科技力量在农业生产中的积极作用。现代农业合作社也将应用与优化科技成果作为重要工作，并通过不断地探索与改良，与企业、科研单位、政府部门、学校等组织的合作，有效地推动了农业技术的应用与创新，更提高了农业科研成果的经济效益，降低了农业生产、交易等环节的不必要支出，这对进一步提高农村经济有很大帮助。
三、完善现代农业合作社的措施
农业合作社在我国已经存在了一段时间，但是根据相关人员的调查研究表明，现代农业合作社在发展过程中依然存在认识不到位、内部管理不完善等问题，直接影响着我国农业生产力、经济的提高。因此，相关工作人员必须提高重视，积极研究相关解决措施，以便更好地完善现代农业合作社。现代农业合作社的发展离不开政府的扶持，所以，国家相关部门与基层政府必须积极出台相关政策，同时加强组织领导，双管齐下，以便为农业合作社的发展构建良好的环境基础;农业合作社的组织与发展过程中，必须坚持“以人为本”思想，注重对农民群众的引导语组织，同时也要注意对理事会与监事会等基础组织人员的培训，以其提高工作人员的专业技能与综合素质，进一步提高农业合作社的服务质量与工作效率;现代农业合作社更加注重对对科研成果的转化，因此，相关工作人员可以以此为基础，对农业合作社实施产业化经营模式，注重品牌优势的利用，引进先进的信息与销售系统，提高信息流通的速度，统一对外营销，促进现代农业合作社的完善。
四、 总结
随着各种新型经营管理理念的创新与发展，传统的农业合作社存在着一些问题，需要相关人员提高重视，并针对农业合作社的组织结构与功能进行详细分析与总结，从而提出更加有效、创新的经营管理策略。